Впрочем, основные события кризиса развернулись на суше: китайские власти заявили протест особоуполномоченному РСФСР в Харбине Д.Д. Киселеву. В ответной ноте говорилось, что "суда Амурского водного транспорта по Сунгари не ходят, т.к. Сунгари является территориальной рекой Китая. Власти РСФСР не препятствуют китайским судам плавать по Амуру в той части его, которая является рекой общего пользования, но в то же самое время Дальревком не находит возможным допустить китайские суда в ту часть Амура, которая протекает по советской территории". Отстаивая свое право на свободное судоходство в нижнем течении реки, китайские власти в июне приняли жесткие меры, запретив отправку экспортных грузов по Сунгари и по КВЖД в направлении Уссурийска, а также передачу товарных вагонов на Забайкальскую железную дорогу. Уже 20 июля все эти ограничения были сняты.
Поначалу Чжан Цзолинь мало интересовался развитием флота. Отношение изменилось в ходе 1-й Чжили-Фэнтяньской войны, когда маньчжурские войска понесли болезненные потери от огня крейсеров "Хайчоу" и "Хайжун". После этого главным советником Чжан Цзолиня по вопросам морской войны стал начальник штаба Цзилинь-Хэйлунцзянской флотилии Шэнь Хунле, получивший образование в Японии.
По его инициативе состоялись кадровые перестановки в штабе соединения: вместо Ван Цзунвэня на пост командующего был назначен командир канонерской лодки "Цзянхэн", выпускник Гуандунской военно-морской школы Мао Чжунцай. В январе 1923 г. в порту Хулудао (провинция Фэнтянь) было организовано военно-морской училище[1 После японской оккупации Маньчжурии училище было эвакуировано в Циндао, где вновь открылось в 1933 году, став главной кузницей офицерских кадров китайских ВМС.]. В октябре 1924 г. было организована флотилия морской охраны Северо-Восточного Китая, состоявшая из четырех кораблей и базировавшаяся на порты Инкоу, Хулудао и Циньхуандао. Следующей весной морские и речные силы Маньчжурии были объединены под единым командованием, во главе которого стоял Шэнь Хунле.
В августе 1924 г., по соглашению с советским правительством, Япония вернула ему наиболее сильные корабли царской Амурской флотилии, во время Гражданской войны угнанные на Сахалин. Баланс сил в бассейне Амура вновь изменился не в пользу Китая. Это побудило Чжан Цзолиня через два года вновь выделить речные канонерки в особое соединение, получившее название Флотилии речной охраны войск Северо-Восточного Китая (Дунбэйцзюнь цзянфан цзяньдуй)[2
В отечественной литературе именуется Сунгарийской флотилией.]. Во главе ее был поставлен Инь Цзуинь, а штат командования разросся до 46 человек. В 1927 году флотилия пополнилась канонерками "Цзянтай" и "Цзянцин", переоборудованными из бывших пароходов Общества КВЖД.В конце 1920-х годов еще одним фактором, осложнявшим советско-китайские отношения, была Китайско-Восточная железная дорога. С 1924 г. она находилась под совместным управлением двух стран. В Харбине действовало советское консульство, а в администрации и на линии КВЖД трудилось множество советских граждан. Многие из дипломатов и путейцев небезосновательно подозревались китайскими властями в шпионаже. Более того, существует версия, согласно которой конфликт, разразившийся летом 1929 года, был спровоцирован тем, что советская прибыль от эксплуатации КВЖД шла на финансирование коммунистического движения в Китае. Как бы то ни было, первый шаг к усугублению конфронтации сделал "молодой маршал" Чжан Сюэлян, контролировавший Маньчжурию после гибели своего отца Чжан Цзолиня. Его раздражение вызывал еще и тот факт, что соглашение, узаконившее советское присутствие на КВЖД, было заключено Пекинским правительством. Его власть Чжан Сюэлян, как и прочие региональные китайские милитаристы 20-х годов, фактически не признавал.
9-10 июля 1929 г. КВЖД перешла под полный контроль китайской стороны, все советские учреждения и совместные советско-китайские предприятия в Маньчжурии прекратили свою деятельность. Советские служащие железной дороги были уволены, после чего около 200 из них угодили под арест. Протестные ноты Наркоминдела, несмотря на жесткость содержания, игнорировались китайской стороной. Обе державы охотно устраивали друг другу демонстрации силы: маньчжурские власти прекратили железнодорожное сообщение на границе, а СССР захватил на Амуре несколько китайских пароходов.