Корпус и башня цельносварной конструкции. Бронирование комбинированное, причем слой композитного материала расположили между листами броневой стали. Более точные данные о характере бронирования отсутствуют. Из открытых источников известно, что лобовая деталь корпуса по стойкости эквивалентна гомогенной броневой плите толщиной 500-600 мм.
Конфигурация башни, в сравнении, с «Тип 98» также изменилась. За счет размещения дополнительного оборудования и ПТУР её пришлось сделать более массивной, что привело к образованию подзора между корпусом и башней. При попадании снаряда это увеличивает вероятность отрыва башни от корпуса.
Поверх основной брони разместили встроенные пакетномодульные блоки динамической защиты, причем в передней проекции башни их расположили «углом». Дополнительно ими закрыли борта и удлиненную кормовую нишу.
Вооружение осталось «классическим»: 125-мм пушка, 7,62-мм спаренный и 12,7-мм зенитный пулеметы.
Система управления огнем включает двухканальный прицел наводчика со встроенным лазерным дальномером, панорамный комбинированный прицел командира, двухплоскостной стабилизатор вооружения, набор датчиков внешних условий, износа канала ствола и цифровой баллистический вычислитель. Особенностью конструкции является способность командира управлять оружием помимо наводчика - включая целеуказание, сопровождение цели и стрельбу. Кроме того, для наблюдения за полем боя в его распоряжении имеются шесть панорамных перископов. «Тип 99» оснащен также системой обработки поступающей от средств наблюдения информации, включая данные с устройств навигации, оснащенных спутниковым (GPS) и инерциальным каналом. Обстановка «наносится» на цифровую карту местности и отображается на цветных мониторах, что позволяет в реальном времени следить за полем боя. Подобно «Тип 98», новый танк получил систему активного лазерного противодействия JD-3.
Силовая установка включает дизельный двигатель с турбонаддувом MTU WD396 мощностью 1200 л.с., что даёт величину удельной мощности, по меньшей мере, в 25 л.с./т (для сравнения, у американского «Абрамса» - 23,8 л.с./т) и позволяет развивать скорость по шоссе до 80 км/ч, по пересеченной местности - до 60 км/ч. Трансмиссия гидромеханическая, аналогичная таковой «Тип 98». Благодаря улучшенной, в сравнении с «Тип 90-П», компоновке, удалось снизить высоту моторно-трансмиссионного отделения.
Уже после начала серийного производства «Тип 99» китайские конструкторы продолжали непрерывно совершенствовать своё детище, что привело к появлению следующих модификаций:
- «Тип 99» - базовая модификация конца 1990 х гг.;
- «Тип 99G» - модернизированный вариант начала 2000- х гг.: внесены изменения в прицельный комплекс и добавлен ряд новых приборов, модернизирована система лазерного противодействия;
- «Тип 99А» - дальнейшее развитие «Тип 99G»;
- «Тип 99А1» - отличается обновленной динамической защитой.
Настоящей сенсацией стало поступление в 2009 г. в опытную эксплуатацию варианта «Тип 99А2», который ряд экспертов предлагают считать не модернизированным образцом, а новой моделью. Как и большинство образцов, в начальный период эксплуатации в войсках, «Тип 99А2» продемонстрировал множество «детских болезней», из-за чего доводка машины до приемлемого уровня затянулась примерно до 2013 г.
Имеются сведения, что «Тип 99А2» получил новые силовую установку и трансмиссию, причем двигатель расположили поперек корпуса, что позволило существенно уменьшить длину машины. Мощность двигателя оценивается в 1500 л.с., что при массе танка в 55-58 тонн, даёт значение удельной мощности порядка 25-27 л.с./т. Китайские источники утверждают, что «Тип 99А2» способен разгоняться на шоссе до 75-80 км/ч. Данные по запасу хода отсутствуют, но можно предположить, что они, в сравнении с предыдущими модификациями, несколько ниже.
Радикальной переработке подверглась и башня, которая получила новую многослойную броню, способную более эффективно противостоять противотанковым ракетам с тандемной боевой частью. Более рационально установили и блоки динамической защиты, что привело к значительному сокращению неприкрытых зон на корпусе и башне. Лазерный комплекс активного противодействия также модернизировали.
Вооружение осталось прежним (некоторое время в прессе циркулировали слухи, что на танк установили 140-мм орудие), но в систему управления огнем внесли существенные изменения. Обновили прицелы. Теперь тепловизионный канал прицелов командира и наводчика позволяет видеть цель на дистанциях до 8-9 км.
Впервые для спутниковой навигации используются комбинированные приемники, способные принимать сигналы как GPS, так и китайской национальной системы «Beidou» («Северный ковш»), причем считается, что в отдаленной перспективе следует полностью отказаться от использования GPS.