После этого обстановка на Корсике сложилась следующая - германские войска контролировали южные порты, восточное побережье и Бастию, а итальянцы и французские повстанцы - западное побережье и центр острова. Недостача пехоты у фон Зенгера не позволила ему вести активные наступательные действия, даже когда это было необходимо, а потеря контроля над центром острова была столь стремительна, что немецкие базы снабжения там оказались потерянными или окруженными. Так, базы бригады в Гизони и Куэнце быстро были блокированы партизанами и итальянцами. Эвакуировать их не успели, так как изначально оставлять Корсику не планировалось, а когда об эвакуации баз задумались, выяснилось, что враги уже перекрыли все дороги. Предпринятые частями 90- й панцер-гренадерской дивизии атаки в этом направлении провалились - итальянцы и маки устраивали засады на горных дорогах, и потому бронетехника дивизии оказалась бесполезной.
В итоге снабженцы и ремонтники эсэсовской бригады оказались предоставлены сами себе. 13 сентября погиб унтерштурмфюрер СС Оскар Бюттингер из ремонтной роты, скорее всего он стал жертвой партизан. Немецкий гарнизон Куэнце, самой крупной базы, насчитывал 120 человек, их окружили 3500 итальянских солдат и партизан при поддержке танков. Предложение сдаться гарнизон категорически отверг, и 16 сентября итальянцы пошли на штурм. Разгорелся жестокий бой, в ходе которого эсэсовцам удалось подбить два итальянских танка. Остатки гарнизона сумели прорваться сквозь боевые порядки врага и выйти к основным силам бригады.
После этого фон Зенгер отказался от атак вглубь острова, и когда 16 сентября пришел приказ Кессельринга взять под контроль горную дорогу, идущую с севера на юг через центральную часть Корсики, то он сумел добиться отмены приказа, так как в тех условиях данная атака была абсолютно бесполезной и малоперспективной. С этого момента эвакуация немецких войск с острова стала основной и первоочередной задачей.
По оценке фон Зенгера на Корсике находилось почти 30 000 немецких военнослужащих, из которых не менее 10 000 относились к различным частям и службам Люфтваффе (3- я группа 77-й истребительной эскадры, 2-й дивизион 5-го зенитного полка, связисты и так далее), а остальные принадлежали к армии и к войскам СС. На 16 сентября в штабе флота численность войск, которые следовало эвакуировать, оценивали в 26 000 человек. Кроме этого, были еще и итальянцы, желавшие продолжать войну на стороне немцев. Всего по нашим оценкам в общей сложности с острова предстояло эвакуировать до 35 000 человек.
Также необходимо было позаботиться о вывозе техники и военного имущества - 5000 различных автомашин, 100 танков и штурмовых орудий, 600 орудий и 4800 тонн материальных запасов. Людей должны были эвакуировать воздушным путем, технику и имущество - морем.
Фон Зенгер видел свою задачу в эвакуации минимум 3000 человек в день. Для установления воздушного моста немцы могли рассчитывать на два аэродрома - в Гизоначчи (недалеко от Аллерии) и в Борго-Бастии. Позже они также задействовали аэродром в Порете. Полеты на Корсику совершали 2-я группа 2-й транспортной эскадры и 290-я транспортная эскадрилья Люфтваффе. Для морской эвакуации имелись нескольких портов, главным из которых была Бастия, однако плавсостава остро не хватало, а в море свою добычу поджидали подводные лодки союзников. 13 сентября отвечающим за эвакуацию Корсики по морю был назначен фрегатен-капитан фон Либенштайн.
Внутриостровная логистическая схема была разработана следующая: перебрасываемые с Сардинии части высаживались на юге, после чего двигались на север, к Бастии, так как тамошний порт был наиболее подходящим для вывоза людей и техники морским путем. Марш проходил по длинной восточной дороге вдоль побережья, и постоянно нужно было думать о прикрытии растянутого западного фланга.