11 сентября Мальи под давлением фон Зенгера согласился отвести итальянские войска в центр острова, дабы избежать столкновений, и усилить береговые батареи немецким персоналом, однако ответил отказом на требование о передачи Бастии (контроль над которой был для немцев критически важен во всех смыслах) и нескольких других пунктов под немецкое управление. После этого «стало ясно, что обстановку в Бастии можно нормализовать только с помощью оружия». Вывод был достаточно смелым, так как немцы не имели сил для разоружения всех итальянских войск, не говоря уже о подавлении партизанского движения, и о взятии под контроль всей Корсики, которую они, тем не менее, планировали оборонять. Дело в том, что переброска 90-й панцер-гренадерской дивизии несколько затягивалась, так как для этого имелось всего лишь пять паромов, а войска фон Зенгера были сосредоточены на юге, и частично распылены вдоль восточного побережья. Из-за этого фон Зенгер должен был юлить, изворачиваться и хитрить перед итальянцами, убеждая их в том, что немцы не намерены задерживаться на Корсике и планируют оставить остров, так же как и Сардинию, при этом подтягивая к Бастии подразделения штурмовой бригады СС, для удара. Одновременно фон Зенгер распорядился вывести из Бастии все немецкие части, чтобы избежать возможного столкновения (управление морского транспорта передислоцировалось в Порто-Веккьо).
Между тем, 11 сентября передовые части 90-й панцергренадерской дивизии высадились в Бонифачо. Они сменили подразделения бригады СС на южном плацдарме, и оберштурмбаннфюрер СС Гезеле получил от фон Зенгера новую задачу - его бригада должна была двигаться вдоль восточного побережья на север, чтобы взять под контроль Бастию и аэропорт в Борго. 12 сентября к Бастии были отправлены части пехотного батальона бригады, и некоторые прибывшие подразделения 90-й панцер-гренадерской дивизии. В качестве огневой поддержки Гезеле имел штурмовые орудия и установленные на грузовики легкие зенитки, в то время как 88-мм орудия оставались в Бонифачо для прикрытия плацдарма. Там же оставался и 3-й батальон 870-го пехотного полка. При этом окончательного приказа на применение оружия против итальянцев все еще не было отдано, так как фон Зенгер рассчитывал договориться с Мальи, и не знал, как они себя поведут.
Итальянский гарнизон Бастии насчитывал не менее чем одну дивизию, при поддержке 15 артиллерийских батарей и танков. Фотографии свидетельствуют, что на Корсике у итальянцев были слабенькие танкетки C.V.3/35 и самоходные орудия «Семовенте» (Semovente da 75/18), а также бронеавтомобили «Автоблинда». Так что превосходство в силах было на стороне итальянцев - немцев то было всего от силы два батальона, при легких зенитках и нескольких штурмовых орудиях.
Несмотря на это 12 сентября фон Зенгер выдвинул ультимативные требования о выводе итальянских войск из Бастии и ряда других населенных пунктов, а в случае отказа пригрозил применить оружие против бывшего союзника. Мальи, уже имея приказ начальника штаба сухопутной армии Италии Роатта от 9 сентября «на применение силы отвечать применением силы», и приказ Бадольо от 11 сентября считать немцев врагами, ответил как мог уклончиво, и к согласию стороны снова не пришли.
В итоге Кессельринг, потеряв терпение, отдал фон Зенгеру приказ разоружать всех итальянцев, которые оказывались в районах сосредоточения немецких войск. В этот же день передовые подразделения бригады СС двигающиеся в Бастию захватили населенный пункт Казамоцци, сломив там довольно сильное сопротивление итальянцев, и достигли обозначенного района сосредоточения южнее Бастии.
В ответ итальянцы подорвали большой путепровод в районе Борго, после того как по нему прошла одна эсэсовская рота. Пострадавших не было, однако дальнейшее сосредоточение частей бригады замедлилось, что задержало наступление на Бастию. В этих условиях лежащий восточнее железнодорожный мост был спешно переоборудован под движение обычного транспорта, тем самым сосредоточение войск было продолжено. Фон Зенгер назначил атаку на Бастию на следующий день, 13 сентября, ожидая поддержки авиации, и выехал в войска.