«Спустя короткое время по заранее подготовленным спискам из Ленинграда как социально опасный элемент была выслана большая группа бывших дворян, чиновников, царских учреждений и членов их семей», — вспоминал подполковник в отставке Станистал Антонович Давидович.
От прокуратуры СССР дело по убийству Кирова вел следователь по особо важным делам Лев Шейнин. Этот «деятель», впоследствии ставший писателем и драматургом, активно участвовал в фальсификации дела по убийству Кирова, в обвинении группы невиновных лиц. В начале 50-х сам, оказавшись на некоторое время в тюремной камере, Шейнин, наверно, мог поразмыслить о том, каково было людям, не совершившим преступления, расплачиваться за надуманные обвинения. После смерти Сталина Лев Романович Шейнин — уважаемый человек, писатель.
На квартире Николаева были изъяты все его писания, дневники… Он говорил, что войдет в историю, ему будут ставить памятники, и сравнивал себя с Желябовым и Радищевым. Все, что было известно о Николаеве, свидетельствовало о том, что он нуждался в направлении его на психиатрическую экспертизу. Однако требования закона на этот счет не было выполнено. Такая экспертиза не могла устраивать следствие и в случае невменяемости Николаева подрывала обвинение. Псих — стало быть, неподсуден. А нужен был обвиняемый, отвечавший за современное конкретное преступление. И к тому же его организатор. В поисках соучастников помогли дневники Николаева. Агранов сразу же ухватился за запись: «Я помню, как мы с Иваном Котолыновым ездили по хозяйственным организациям для сбора средств на комсомольскую работу. В райкоме были на подбор крепкие ребята — Котолынов, Антонов, на периферии — Шатский…». Котолынов, Шацкий — это ведь те, кто проходил по агентурному делу «свояки». 6 декабря арестовали Котолынова. Арестовали тех, кого назвал Николаев, тех, кого ему помогли «вспомнить» следователи.
Генеральный прокурор СССР Иван Алексеевич Акулов (расстрелян в 1937 году), его заместитель Андрей Януарович Вышинский стали очень кратко передопрашивать обвиняемых, а Лев Шейнин фиксировал то, что они показывали. При этом присутствовала и комиссия ЦК по этому делу в лице Николая Ежова и Александра Косарева. (Впоследствии оба были расстреляны.) Обвинительное заключение писал лично Вышинский. Он два-три раза ездил с Акуловым в ЦК к Сталину, который лично редактировал это обвинительное заключение.
Николаев же 4 декабря изменил свои первоначальные показания о том, что совершил убийство с целью личной мести. Он вдруг заявил, что является участником антисоветской подпольной троцкистско-зиновьевской группы, по поручению которой якобы и совершил убийство Кирова. Мотивами же убийства явилось стремление этой группы отомстить Кирову за разгром бывшей зиновьевской оппозиции, дезорганизовать советское и партийное руководство страны и добиться таким путем изменения его политики. Эта версия стала официальной. Она была изложена в «обвинительном заключении по делу Николаева Л. В., Котолынова И. И. Мясникова И. П., Шатского Н. Н., Мандельштама С. О., Соколова Г. В., Звездова В. И., Юскина И. Г., Румянцева В. В., Антонова Н. С, Толмазова А. И., Левина В. С, Соскицкого Л. И., Ханика Л. О., обвиненных в преступлениях, предусмотренных ст. 588 и 5811 Уголовного кодекса РСФСР». Все они были судимы выездной сессией Военной коллегии Верховного суда СССР 28 и 29 декабря, признаны виновными и расстреляны в ночь с 29 на 30 декабря 1934 года в Ленинграде. Котолынов, бывший член ЦК ВЛКСМ, на всем протяжении предварительного и судебного следствия отрицал, что причастен к убийству Кирова. Отрицали и другие двенадцать человек, имена которых назвал Николаев. На процессе его допрашивали отдельно от остальных подсудимых. Сначала он попытался говорить, что действовал в одиночку, никаких соучастников у него не было, в связи с чем председательствовавший Ульрих тут же позвонил в Москву Сталину и предложил вернуть дело на доследование. Однако Сталин ответил ему отказом и рекомендовал заканчивать процесс. После этого под нажимом Ульриха Николаев изменил свои показания. Ульрих заставил его вспомнить прежние. Потом, как бы опомнившись после допроса в суде, Николаев кричал: «Что я сделал, что я сделал! Теперь они меня подлецом назовут. Все пропало». По словам охранника Гусева, Николаев был уверен, что ему дадут не более трех-четырех лет. После объявления приговора Николаев выкрикнул, что его обманули, и стукнулся головой о барьер.
После суда
Казнили осужденных через час после объявления приговора, в ту же ночь. Расстрелом руководил комендант здания управления НКВД Михаил Матвеев. Вначале были расстреляны Николаев, Шатский, Румянцев и другие. Котолынов остался последним. С ним стали беседовать Агранов и Вышинский. Они ему сказали: «Вас сейчас расстреляют, скажите все-таки правду, кто и как организовал убийство Кирова». Иван Котолынов ответил: «Весь этот процесс — чепуха. Людей расстреляли. Сейчас расстреляют и меня. Но все мы, за исключением Николаева, ни в чем не повинны…».