Первый выход на боевое патрулирование состоялся 10 августа 1942 г. вместе с ПЛ «Л-3» (П. Д. Грищенко) вслед за тремя тральщиками в эскорте 2 катеров — морских охотников. После «паузы» — лежки на грунте в течение дня 11 августа у о. Лавенсари — «М-96» вышла в море. При преодолении Гогландской противолодочной позиции лодка была обнаружена противолодочными кораблями противника. Командир, резко маневрируя курсом, глубиной погружения и скоростью, направляет лодку к минному полю и отрывается от преследования. Затем — разведывательный поиск в районе Хельсинки — Таллин в течение 4 суток. На десятые сутки похода обнаружен транспорт в районе маяка Порккалла-Каллбодс. Вместе с транспортом — две шхуны и три противолодочных катера, периодически сбрасывающие глубинные бомбы — «для профилактики». Сближение на дистанцию залпа. Залп одной торпедой из правого торпедного аппарата. Транспорт водоизмещением 7000
тонн, задрав вверх корму, пошел на дно. Интенсивное преследование. На лодку сброшено 12 глубинных бомб. Лодка получила повреждения: лопнул шов прочного корпуса, вышел из строя гирокомпас, погас свет, вышла из строя часть измерительных приборов. Началась борьба за живучесть. А командир лодки повел ее в сторону вражеской базы (Палдиски), вблизи которой и находилась лодка в течение всех 4 суток, пока шел ремонт и устранение неисправностей. Находясь днем в подводном положении и всплывая на подзарядку батарей ночью, командир лодки вел интенсивное наблюдение за деятельностью противника в районе ВМБ: движением судов, системой корабельных дозоров, интенсивностью полетов самолетов, порядком обмена опознавательными сигналами. Затем лодка вернулась в базу. В общей сложности за поход лодка трижды касалась минрепов, преодолела 20 минных заграждений, половину времени похода провела в подводном положении. При подходе к своей базе попала под обстрел своих катеров-охотников и бомбежку глубинными бомбами (после срочного погружения). Быстрое всплытие между катерами, с одного из которых ударила пулеметная очередь, но быстро смолкла: ошибка по вине командира базы, не предупредившего дозорные катера, что 22 — 24 августа «М-96» должна возвращаться из похода. За поход и проявленное при этом мужество и отвагу командир ПЛ получил орден Ленина, 4 человека были награждены орденом Красного Знамени, 8 человек — орденом Красной Звезды, остальные — медалями.8 ноября 1942 г. — снова боевой поход. Успешная высадка десанта разведчиков в глубоком тылу в Нарвском заливе. После дерзкого налета разведчиков на вражескую комендатуру, захвата документов и штабного офицера при возвращении к лодке шлюпка была опрокинута волной: кроме лейтенанта и одного разведчика, все погибли.
…1 октября 1944 г. «С-13» вместе с «Л-3», «Лембит» и «Д-2» вышла из Кронштадта для перебазирования в Хельсинки (в сентябре 1944 г. Финляндия вышла из войны, и по мирному договору правительство ее предоставило для базирования советским лодкам некоторые базы).
3 октября — выход на очередное боевое патрулирование. Через несколько суток в районе маяка Хел (в Данцигском заливе) обнаружен крупный транспорт, идущий с большой скоростью. Неудачная торпедная атака. Решение командира: потопить транспорт артогнем. Транспорт начал огрызаться: открыла огонь 4-ствольная зенитная установка. Несколько точных выстрелов из 45-мм орудия, и транспорт, окутанный дымом и пламенем, застопорил ход. Еще несколько залпов («для верности»): транспорт «Зигфрид» водоизмещением 5 тыс. тонн ушел на дно.
По результатам похода командир лодки и несколько офицеров получили ордена Красного Знамени, другие члены экипажа — ордена Красной Звезды и медали.
… Несколько строк об атаке «Генерала фон Штойбена». Как выше сказано, этот военный транспорт имел на борту 3600 человек. Это были танкисты танковой дивизии, которые перебрасывались для защиты Берлина. После торпедной атаки «С-13» спасти немцам удалось лишь 300 человек из числа экипажа и пассажиров.
Встреча «С-13» со «Штойбеном» произошла 9 февраля 1945 г. (после того, как лодка потопила «Густлоф», «зализала раны», лежа несколько часов на песчаном грунте у о. Гогланд, и снова вот уже шестые сутки вела патрулирование). Обнаружение из-за сильно ограниченной видимости произошло на очень короткой дистанции и внезапно. «Штойбен» шел в охранении 6 (!) новейших эсминцев типа «Карл Гастер» с большой скоростью. Разошлись на контркурсах, атака состояться не могла.
Командир принимает решение снова начать погоню в надводном положении, используя форсированный режим работы дизелей. Инженер-механик Коваленко, снова с большой тревогой и надеждой на своих «коломенцев» (дизели изготовлены на заводе в Коломне), дает команду дизелистам дать самые полные обороты.