За контроль над башкирскими формированиями на востоке России развернулась негласная борьба. Формально башкиры подчинялись Народной армии Комуча, однако подчинить их себе стремилось ещё и Временное Сибирское правительство (по всей видимости, это была инициатива управляющего Военным министерством Временного Сибирского правительства генерал-майора А.Н. Гришина-Алмазова)[924]
. Последнее летом 1918 г. отказало башкирам в финансовой поддержке, тем самым вынудив их распустить часть добровольцев по домам[925]. Дутов, судя по всему, также претендовал на управление башкирскими войсками, хотя бы в рамках Оренбургского военного округа, на территории которого в основном формировались и дислоцировались эти части. Не случайно он инспектировал эти формирования, стремился создать видимость активного участия в башкирском военном строительстве. 10 августа в Оренбург из Челябинска переехал Башкирский военный совет[926], оттуда же в Оренбург были передислоцированы 1-й и 5-й Башкирские пехотные полки. 11 августа Дутов посетил батальон 1-го Башкирского полка, расположенный в лагере 2-го Оренбургского кадетского корпуса на Маячной горе[927]. При этом сами башкирские лидеры стремились к полной самостоятельности в отношении собственных вооружённых формирований[928], причём в результате их активности создавалась значительная путаница в деле мобилизации у правительств, власть которых распространялась на заселённую башкирами территорию[929]. На практике башкирские войска подчинялись всем трём правительствам (самарскому, омскому и оренбургскому), а также и своему собственному руководству, что не могло не вызывать противоречий. Осенью 1918 г. были случаи неподчинения в 1-м и 2-м Башкирских стрелковых полках даже собственному башкирскому командованию, причём после беспорядков в 1-м полку во дворе Караван-сарая в Оренбурге зачинщики были расстреляны[930].В середине октября 1918 г., вскоре после образования Временного Всероссийского правительства, башкирские части были подчинены в военном отношении Дутову, а дальнейшая мобилизация башкир и формирование 2-й Башкирской стрелковой дивизии в связи с финансовыми затруднениями прекращены[931]
. По заявлению Валидова, ДутовБашкирские части принимали активное участие в операциях на Южном Урале, в частности во взятии Орска. Практически полное отсутствие у казаков пехоты обусловливало особую ценность башкирских частей, которые являлись в основном пехотными.
Один из современников, Н. Стариков, описал то впечатление, которое произвели на него башкиры во время пребывания в Оренбурге во второй половине октября 1918 г.: