После прибытия в Уфу Чернов, фактически находившийся на нелегальном положении, от имени ЦК ПСР направил Чехословацкому национальному совету ультиматум, потребовав сотрудничества в борьбе против Колчака или окончательного разрыва отношений. Ультиматум помимо требований содержал краткий обзор событий на востоке России в сентябре — ноябре 1918 г., а также характеристику сложившихся политических сил. В тексте ультиматума командному составу чехословацких войск противопоставлялись старшие офицеры русской армии, которые якобы оттесняли
Любопытно, что в ультиматуме предлагалось создать объединённое русско-чешское военное ведомство, которое возглавил бы управляющий чехословацким военным ведомством подполковник (произведён 29 ноября 1918 г.) Рудольф Медек
Однако события развивались стремительно. Приказ об аресте бывших членов Комуча и их союзников был отдан адмиралом А.В. Колчаком 30 ноября 1918 г. В приказе говорилось:
Уже утром 2 декабря, в понедельник, в Уфу из Челябинска прибыл отряд командира 41-го Уральского стрелкового полка полковника А.В. Круглевского (450 штыков)[1291]
. А 3 декабря Генерального штаба генерал-майор С.Н. Войцеховский заявил В.К. Вольскому, что не может ручаться за безопасность съезда в Уфе, и предложил делегатам уехать в другое место[1292]. Получив такой ответ, депутаты пришли к выводу о необходимости привести в полную боевую готовность верные части. Здесь существует расхождение в изложении хода событий двумя съездовцами — С.Н. Николаевым и Н.В. Святицким. Первый утверждал, что преданных съезду войск в Уфе хватало, второй же считал, что войск не было, поскольку все верные эсерам формирования находились на фронте, в 200 верстах от Уфы. Тучи над эсерами сгущались, и, вероятно, поэтому лидер партии В.М. Чернов значительно усилил свою охрану — с 4–6 до 20 человек[1293].