Озабоченный и раздраженный, Ленин отправил записку губернскому комитету РКП(б) с требованием «принять все меры к ликвидации восстания Колесникова в связи с угрозой захвата губернского города Воронеж». В район восстания были направлены эшелоны с тремя полками, но разгромить или локализовать восстание тогда не удалось.
Отдельные отряды Колесникова «разбрелись» по Орловской, Воронежской, Тамбовской, Донецкой, Ростовской, Харьковской губерниям. В феврале–марте 1921 года бои на повстанческом фронте шли с переменным успехом. Несколько раз Колесников уходил в Тамбовскую губернию, но, не желая подчиняться руководству атамана Антонова, возвращался обратно.
9 февраля повстанцы захватили Россошь. Через два дня отряды Колесникова потерпели серьезное поражение у станции Лиски, после чего снова направились на Тамбовщину. 20 февраля Колесников на несколько часов занял Новохоперск. 25 февраля его отряд (1 тысяча конницы, 500 бойцов пехоты, 10 пулеметов) вышел из-под Богучар на соединение с Антоновым, а на следующий день на станции Терновка разгромил крупную часть красных, взяв в плен до 800 красноармейцев.
Вскоре отряд Колесникова, причем под красным знаменем, неожиданно атаковал Воронеж. На несколько часов повстанцы захватили окраины города и тюрьму. Но в этот момент атаман начал вести переговоры по телефону с начальником 10-й дивизии Кауфельдтом о возможных условиях сдачи повстанцев и амнистии. Весной 1921 года в Воронежскую губернию были переброшены крупные соединения Красной армии, из которых была создана Подвижная группа для борьбы с бандитизмом. Эта группа разгромила ядро повстанческой «армии» Колесникова, после чего одна часть повстанцев ушла к Махно, другая — к Антонову.
Незадолго до этого чекисты внедрили в штаб Колесникова своего агента — красивую двадцатилетнюю чекистку Екатерину Вереникину. Под видом жены погибшего от рук красных эсера она прибыла к Колесникову. Атаман был очарован девушкой и, на свою беду, дал ей работу при штабе повстанцев. Вскоре благодаря информации Вереникиной был уничтожен лучший Старокалитвенский полк повстанцев, вышедший на линию артиллерийского и пулеметного огня красных. В бою погиб командир полка, брат атамана Колесникова Григорий. Тогда красным удалось захватить канценлярию и архив частей Колесникова.
В начале апреля того же 1921 года отряд Колесникова был разбит в Тамбовской губернии «летучими» формированиями красных. После этих поражений отряд, разбившись на три части, ушел в Воронежскую губернию, где, вновь соединившись, представлял значительную силу числом в 1500 бойцов. Но в конце апреля в бою у села Дерезоватое Воронежской области Александр Колесников был убит. По другой версии, он погиб через две недели — 12 мая, когда в районе Коротояка его отряд принял бой против «Подвижной группы» из трех кавалерийских полков, стрелкового батальона и батареи.
По объявленной советской властью амнистии после гибели Колесникова сдалось до тысячи его бойцов, еще около двух тысяч повстанцев рассеялись по Острогожскому и Богучарскому уездам, создав мелкие подвижные отряды. В июне 1921 года в чекистских сводках фигурировали сведения о «банде Колесникова» в составе тысячи сабель при 13 пулеметах, действовавшей в районе Луганска. Возможно, атаманом этого отряда был Каменюк. В июле 1921 года остатки «банды Колесникова» под командованием некоего Лухачева вернулись из Украины в Воронежскую губернию, где продолжили борьбу до октября 1921 года, пока не исчезли окончательно в круговороте братоубийственной войны...
Член Кавбюро ЦК РКП(б) А. Белобородов писал: «Единственно правильной мерой для Северного Кавказа... является оккупация этого района советскими войсками... Донская область является одной из баз контрреволюции... Нужно вычистить железной рукой. Армия разложена, и в случае восстания Советская власть на Дону — да, пожалуй, и во всем крае, — не будет иметь достаточной надежной вооруженной силы, что и подтверждают факты перехода к бандам целых войсковых частей».
Большевики спешно создавали отряды по борьбе с повстанцами из бывших красных партизан, передавали полномочия советов президиумам, вводили систему заложников и карательных отрядов: «В отношении станиц и деревень, упорно, активно содействующих бандам и неисправимо контрреволюционным, необходимо после исчерпания всех указанных мер применять меры карательные вплоть до полного уничтожения станицы или села и массовых расстрелов». В мае 1921 года тем же бюро был разослан приказ: арестовывать и представлять в ревком «заложников из всех имеющих семей бандитов по два человека с семьи». Дезертирам нужно было в трехдневный срок явиться в регистркомы, в противном случае «дезертир и глава семейства будут на месте расстреливаться».