…Прохожие обнаружили тело митрополита Владимира за оградой Лавры, недалеко от центральных ворот, между двумя валами (сейчас там проходит троллейбусный маршрут, на вершине вала установлен памятный деревянный крест), около 9 утра 26 января и сообщили монахам. Покойный, по словам допрошенного Ф. Рыбкина, лежал на спине, покрытый шубой, с палки был сорван серебряный набалдашник, отобраны драгоценности (крест на клобуке, панагия, золотые часы), мародеры не погнушались снять сапоги, галоши и теплые носки.
Судебно-медицинский осмотр тела в 2 ч дня произвел врач А. Городецкий, обнаруживший огнестрельную рану правой стороны головы, две – в области правой ключицы, резаную рану (штыком) на затылке, несколько колотых ран на лице и груди. Заключение врача: рана причинена «разрывными пулями и относится к разряду смертельных, как и колотая рана в поясничной области». По всему было видно, что преступники убивали владыку с большой жестокостью, остервенело измывались над телом уже убитого архиерея.
После отпевания покойного владыки в Успенском соборе его тело крестным ходом на руках перенесли в Крестовоздвиженский храм у Ближних пещер Лавры и похоронили в кирпичном склепе.
Начавшись в период правления Центральной Рады, следствие интенсивнее продолжилось после прихода к власти в результате переворота 29 апреля 1918 г. гетмана Павла Скоропадского, высоко чтившего убитого иерарха. Статус расследования повысили, передав материалы от следователя И. Новоселецкого в Главное военно-судебное управление. Производство держал на личном контроле министр юстиции Украинской Державы.
Основные усилия следователи сосредоточили на допросах монахов Лавры и приближенных митрополита. Подтвердилось, что преступников был пятеро, четверо в солдатских шинелях, один в черной кожаной куртке (о наличии у «Черного» матросской фуражки, часто фигурирующей в печатных работах об убийстве, не говорилось). Налетчики вошли через центральные ворота, где наткнулись на иеродиакона Иакова, спросив монаха: «Где живет митрополит, мы его сегодня заберем». Иаков нарочно неправильно направил их в трапезную, где те принялись ужинать, не забывая стращать монахов: «Признавайтесь, что у вас есть в пещерах, если окажется воск и тырса, то всех монахов перережем. А почему у вас нет комитетов?» Перед уходом «Черный» бросил: «Больше вы митрополита не увидите…»
Допрошенный келейник наместника Лавры М. Юзвюк сообщил, что после увода митрополита наместник тут же позвонил коменданту-большевику Сергееву, и группа солдат гарнизона кинулась вдогонку. Примерно через 5 минут М. Юзвюк услышал около 8 выстрелов. Погоня вернулась – дескать, из-за темноты никого не догнали.
В тот же вечер, показывали свидетели, в дворянскую столовую Лавры пришло десятка два «солдат-большевиков» и матрос: «Отворяй столовую, не то постреляем всех, как вашего митрополита», – орали проголодавшиеся творцы «нового мира». За ужином один из солдат сказал послушнику Василию: «Товарищ монах (!), вашего митрополита отправили в Петроград». «Да не в Петроград, – поправил сослуживца другой, – а в Кронштадт. Помолитесь завтра о вашем старшем монахе». Вскоре после их ухода в столовую вбежал сам Сергеев с фонарем и группой солдат: «Не было ли здесь матроса? Если бы я его застал, то сейчас же и расстрелял бы! Сукины сыны взяли митрополита и увели неизвестно куда, а мы их ищем».
Возможно, комендант оперативно организовал поиски, возможно – искренне возмущался. Однако странно – ведь убийство произошло в нескольких сотнях метров от комендатуры, в доступном месте, слышались выстрелы. Даже если убийцы и стремительно скрылись, поиски должны были обнаружить тело Владимира. Но оно пролежало всю ночь, к тому же часть солдат явно уже знала – владыка расстрелян.
В докладной записке от 17 мая 1918 г. констатировалось, что «следствием до настоящего времени не добыто никаких указаний» на то, кто убил митрополита. Тогда же следственная комиссия передала производство судебному следователю «по важнейшим делам» при Киевском окружном суде Миляшевичу.
Между тем безрезультатность расследования радикализовала настроения в среде активистов церковного движения. 10 июля 1918 г. Всеукраинский церковный собор обратился к министру исповеданий Украинской Державы с жалобами на то, что светская власть «неспособна осветить каноническую сторону убийства» (вероятно, содержался намек на инспирацию преступления автокефалами). Собор избрал свою следственную комиссию, куда вошли епископ Елисаветградский Прокопий, проректор Киевской духовной академии архимандрит Тихон, священник Гавриил Лобов, мировой судья с Херсонщины Николай Гаврилов и другие лица. Собор потребовал предоставить комиссии «права правительственного органа с функциями следственной власти».