К своей профессиональной чести, гетманские юристы четко провели грань между «Боговым и кесаревым». Заведующий уголовным отделом Минюста по указанию министра 19 июля проинформировал министра исповеданий, что передать общественности следственные полномочия невозможно по Уставу уголовного судопроизводства, хотя неформальное расследование всегда может передать собранные сведения упомянутому следователю Миляшевичу. Сам глава Минюста М. Чубинский 24 июля проинформировал министра исповеданий о желательности «осветить с канонической стороны мотивы, связанные с преступлением», но вестись дело все же будет по процессуальным нормам.
Свое расследование проводил и известный монархист-киевлянин Василий Шульгин, прославившийся своим непримиримым отношением к «мазепинцам» – сторонникам государственной самостоятельности Украины. Нужно заставить «малороссов», говаривал Василий Шульгин, «на коленях просить прощения у монарха». В. Шульгин, правда, считал виновниками убийства большевистскую сторону. Сторонником версии о причастности к убийству автокефалов выступал протоиерей Федор Титов (хотя и слыл приверженцем государственной самостоятельности Украины), собравший по свежим следам свидетельства современников и успевший выпустить при гетмане сборник «Венок на могилу Высокопреосвященного митрополита Владимира». Не считал виновными большевиков и министр исповеданий гетманата Василий Зеньковский.
Отталкиваясь от показаний окружения митрополита, судебный следователь по особо важным делам Н. Лучицкий допросил иеромонаха Германа (Нетребко), названного одним из убийц митрополита своим родственником. Герман оказался родом из села Ладино Прилукского уезда Полтавской губернии. Монах показал, что действительно имеет дальнего родственника Трофима Харитоновича Нетребко, который в 1913–1914 гг. был послушником в Голосеевской пустыни, жил в Китаевской пустыни. Эти сведения совпадали с теми, которые сообщил о себе монахам один из явившихся к митрополиту солдат.
В Ладино направили сотрудника Киевского уголовно-розыскного отделения, установившего, что Т. Нетребко в январе 1918 г. находился в Киеве. Допрошенный 6 ноября в Прилуках Трофим Нетребко свое участие в убийстве митрополита отрицал. Был арестован, этапирован в Киев, показал, что и правда был послушником, но монахом не стал, работал до войны сторожем в Китаево-Голосеевской пустыни. В 1916 г. был призван, служил до 16 декабря 1917 г. в крепостной артиллерии Севастополя (ее чины носили общевойсковую форму, так что в Лавре «матросом» Нетребко не мог предстать). Поехав в отпуск, Трофим послушался родственника Макария Нетребко и в разваливавшуюся армию больше не вернулся. Поступил на службу в Сердюцкий артиллерийский горный дивизион армии УНР, размещавшийся в нынешнем центральном здании Министерства обороны Украины (бывший кадетский корпус).
Правда, на службе Украине Т. Нетребко долго не задержался (с 3 по 15 января), фактически дезертировал второй раз за один месяц и поселился у тетки Василисы Троянчук. Тут «классовое чутье» подсказало Трофиму переход на сторону красных, и он стал одним из защитников Арсенала от отрядов УНР. Попав в плен, содержался на гауптвахте, однако через сутки был освобожден красногвардейцами, зачислен ими в 436-й Новоладожский полк, но там прослужил лишь до 10 февраля и вернулся в родное село. Допрошенная 20 октября тетка Василиса сообщила, что Т. Нетребко проживал у нее, рассказывал, что 25 или 26 января (в дни убийства) был задержан красными на Александровской улице – у него нашли удостоверение военнослужащего армии УНР, чуть было не «вывели в расход». Вот и пришлось «искупать вину» поступлением на новую службу.
Честно говоря, трудно считать Трофима «идейным» борцом какой бы то ни было ориентации. УНР послужил символически, потом переметнулся к красным, хотя вроде бы рисковал при обороне Арсенала, в «Рабоче-крестьянской» армии также не проявил рвения. Типичная судьба крестьянского парня, попавшего в водоворот гражданского лихолетья. Сложно представить его свирепым убийцей по идеологическим или религиозным соображениям.
Поскольку свою причастность к убийству Т. Нетребко категорически отрицал, то в уголовно-розыскном отделении его предъявили на опознание монахам Александру и Иакову, келейнику Федору Кекало и «другим лицам». Однако все они (!) однозначно «не признали в нем того злоумышленника, который 25 января вел с ними беседу». Как это оценивать: как полное подтверждение алиби Нетребко или же братия руководствовалась какими-то не известными нам соображениями? Возможно, не случайно следствию поручили выяснить настроения в Лавре и причины недовольства митрополитом. Однако, по мнению следователей, по совокупности «косвенных улик» Т. Нетребко может считаться обвиняемым по делу.
Следствие принялось устанавливать, нет ли у монаха Германа других родственников, способных принять участие в убийстве. Параллельно искали какого-то прапорщика Суслова. К тому же расследование тормозилось неспешной работой розыскного отделения.