Между тем по воле Божьей владыка Михаил вновь оказался на пастырском служении в Украине. К началу 1921 г. особое беспокойство Патриарха Московского и всея Руси Тихона вызывала ситуация на Украине, тем более что к сентябрю 1921 г. (время переезда владыки Михаила в Киев) кафедра Киевской митрополии уже полтора года как пустовала. Поэтому, опираясь на решение собора епископов от 19–20 мая 1921 г., Патриарх назначил митрополита Михаила «Патриаршим экзархом на Украине, с возведением его в сан митрополита и предоставлением ему прав, принадлежащих митрополиту Киевскому». Отметим, что к 1924 г. в советской Украине действовало восемь наиболее многочисленных епархий РПЦ во главе с Патриаршим экзархом Украины, функционировало 4900 приходов канонической РПЦ, которую еще называли «старославянской» или «тихоновской» за верность Патриарху.
В «Обращении» к верующим Украины от 23 июля 1921 г. Патриарх Тихон с озабоченностью отмечал: «С глубокой скорбью извещаем мы про нестроения и распри, имеющие теперь место в общественной жизни на Украине. Враги векового единения православных украинцев со всей Русской православной церковью произвели рознь и вражду между членами Православной церкви на Украине, сказавшуюся в нарушении церковной дисциплины и самовольном насильственном введении в некоторых храмах богослужения на украинском языке».
Речь шла о раскольнической деятельности Украинской автокефальной православной церкви (УАПЦ). Возникнув еще в период Центральной Рады 1917–1918 гг., это течение оформилось в октябре 1921 г. на Первом Всеукраинском Православном соборе УАПЦ. Одним из лидеров движения за образование УАПЦ был протоиерей Василий Липковский, который 22 мая 1919 г. отслужил первую литургию на украинском языке в когда-то построенном гетманом Иваном Мазепой Никольском соборе. Иерархи РПЦ дважды запрещали В. Липковского в служении. Епископат УАПЦ, рукоположенный из белого духовенства, и рукоположенные ими безблагодатные иереи получили в народе название «самосвятов». Автокефалисты подчеркивали свое «революционное родство» с советской властью, прямо призывая к расправе с канонической церковью.
Еще одним инструментом подрыва канонического православия служила Обновленческая («Живая») церковь, возникшая в 1922 г. в результате раскола РПЦ и при активном содействии органов госбезопасности. Выступала за возврат к «апостольскому христианству», активное участие верующих в церковной жизни, против безбрачия епископата и «засилья монашествующих», упрощение богослужения, его ведение на национальных языках, ликвидацию монастырей и «социальное христианство». Хотя Поместный собор РПЦ запретил обновленческие группы, а лидер «Живой церкви» В. Красницкий стал на путь примирения с Патриархом Тихоном, это раскольническое движение продолжало пользоваться поддержкой властей и ГПУ, выступало и в Украине главным раскольническим инструментом (что не спасло его от репрессий в 1930-х гг.). Созданный в мае 1925 г. Синод обновленцев в Украине ежемесячно получал от ГПУ 400 рублей. Укрепление обновленчества, по замыслу чекистов, позволяло оттягивать на борьбу с ним силы как РПЦ, так и УАПЦ.
Судя по материалам дела, накопление «компрометирующих», по понятиям чекистов, материалов на иерарха велось через агентуру и путем перехвата (перлюстрации) направленной ему корреспонденции, а также анализа публичных выступлений и действий Патриаршего экзарха Украины. В составленных Л.П. Рылковой «Биографических сведениях о братии Киево-Печерской лавры, пострадавшей за православную веру в ХХ столетии» (К., 2008) отмечается, что одним из осведомителей ГПУ выступал бывший прапорщик, освобожденный осенью 1918 г. из австрийского плена, сын школьного товарища известного церковного деятеля России и Украины, православия в зарубежье митрополита Антония (Храповицкого). Информатор заведовал охраной Лавры и проживал на ее территории, «наградой» за усердное «освещение» братии стало необоснованное обвинение в шпионаже и расстрел в 1937 г. (в 1959 г. реабилитирован). Трудно сказать, его ли «авторства» приобщенные к делу сообщения, однако очевидно, что их составитель принадлежал к кругу доверенных лиц, вхожих к митрополиту Михаилу.
Принципиальная позиция экзарха Украины по отношению к обновленцам и автокефалам Украины беспокоила не на шутку чекистов. Так, 11 октября 1921 г. он писал, что «никто из уважающих каноны Православной церкви не согласится искренне признать» решения Всеукраинского церковного собора (автокефалистов) в качестве «правильных и законных». Он «скорбил всей душой о том, что часть клириков и мирян Украинской православной церкви прервала общение со своими епископами и что вследствие сего произошли печальные нестроения в церковной жизни на Украине», считал своим «священным долгом употребить все усилия для восстановления нарушенных церковного мира и единения всех чад Украинской православной церкви». Владыка категорически отказывался проводить епископскую хиротонию представителей УАПЦ.