Будучи назначенным Патриархом Тихоном «Патриаршим экзархом на Украине» с возведением в сан митрополита Киевского в мае 1921 г., владыка поселился в двух комнатах на втором этаже дома наместника Киево-Печерской лавры и сразу же подпал под оперативную разработку. Владыку обложили агентурой ГПУ, честно доносившей о «тишайшем» иерархе: «Человек глубокого религиозного настроения, молитвенник и монах по призванию, …уделяет незначительное внимание чуждым его духовному складу практическим деловым вопросам. Лаврская братия любит его за простоту, доброту и непритязательность». Но и эти качества не уберегли иерарха, путавшего верностью единству православия оперативные карты ГПУ, от арестов и ссылок. Оперативный источник («№ 650») сообщал, что в «полуофициальной беседе» митрополит четко формулировал свою позицию: Украина является лишь частью России, для Православной церкви в Украине достаточно автономного статуса, церковь должна оставаться единой, с институтом патриаршества, недопустимы «реформы» канонического строя.
Уже 25 января 1923 г. органы госбезопасности завели на владыку уголовное дело. Обосновывая возбуждение уголовного дела по ст. 57 УК УССР, уполномоченный 3-й группы (оперативная работа по «церковникам») 5-го отдела ГПУ Секретно-оперативной части Полномочного представительства ГПУ Николай Ляшко сформулировал политические (по сути) обвинения: митрополит Михаил «изобличен в том, что, проживая в пределах У.С.С.Р., он не только не примирился с существующей в течение пяти лет рабоче-крестьянской властью, но и систематически проводит работу, направленную к ее свержению».
Показательно, что готовящейся «органами» расправе предшествовало постановление Президиума Высшего Церковного Управления по делам православной Российской церкви (обновленцев) от 17 ноября 1922 г. об освобождении митрополита от Киевской кафедры, увольнении его на покой… в Холмогоры Архангельской губернии (где в Гражданскую войну был создан известный лагерь смерти и куда вскоре планировали сослать владыку чекисты!).
5 февраля последовал арест митрополита. Дальнейшие действия чекистов убедительно показали, какое значение придавалось работе по подрыву единства церкви. Во внутренних чекистских документах реальная «необходимость удалить его во что бы то ни стало» прозрачно пояснялась тем, что владыка, «пользуясь своим авторитетом и “канонической” властью, срывал подготовительную работу и самый съезд Всеукраинских обновленческих групп в Киеве 12.02., а также тормозил работу ГПУ по расколу духовенства Киевской губернии и Правобережья». 6 февраля на допросе Н. Ляшко выдвинул владыке ряд обвинений: «агитация против обновленческих движений» и распространение «ложных слухов о государственной поддержке этих движений», дискредитация советской власти. Особо подчеркивалась «вина» пастыря в том, что он не предпринял мер к пресечению «больших волнений и беспорядков» (по сути, протестов верующих) против передачи киевских храмов обновленцам.
«Гражданин Ермаков, – гнул линию следствия Н. Ляшко, – есть упорный и глубоко преданный сторонник патриарха Тихона». Кампанию по изъятию церковных ценностей считает «походом советской власти против церкви», по отношению к обновленцам занял «непримиримую и упорно враждебную позицию», пользуясь своим авторитетом, способен организовать среди духовенства «крепкий контрреволюционно-тихоновский фронт». Митрополита решили выслать в Москву в распоряжение ГПУ РСФСР. В Бутырской тюрьме столицы СССР им занималась (под руководством начальника 6-го отделения Е. Тучкова) секретарь «антирелигиозного» 6-го отделения Секретного отдела ГПУ Якимова. Следственные действия вел Яков Агранов (Соренсон), будущий комиссар государственной безопасности 1-го ранга, работавший тогда начальником Особого бюро ОГПУ СССР по административной высылке «антисоветских элементов», а с 1923 г. – заместителем начальника Секретного отдела ОГПУ СССР (20 июля 1937 г. арестован, расстрелян 1 августа 1938 г. по приговору Военной коллегии Верховного суда СССР, в реабилитации отказано).
Начальник Секретно-политического отдела ОГПУ СССР Яков Агранов
Светлое Христово Воскресение митрополит Михаил встретил в камере вместе с архимандритом Ермогеном (Голубевым, будущим архиепископом Калужским и Боровским, получившим известность своим несогласием с давлением на церковь при Н. Хрущеве, и также похороненным в Киеве) и киевским священником Анатолием Жураковским. Арестованный незадолго до Пасхи отец Ермоген, строгий аскет, на этапе на Лубянку всю дорогу в вагоне-заке вместе с тремя епископами и священниками-подельниками служил Страсти Христовы, по очереди читали они Святые Страстные Евангелия. Как писал киевлянин, будущий архиепископ Буэнос-Айресский, Аргентинский и Парагвайский Леонтий (Филиппович), уже в камере на Лубянке митрополит Михаил возложил на о. Анатолия Жураковского искусно изготовленный им из хлеба и раскрашенный карандашом крест.