25 июля 1950 года Понтекорво отправился на машине со своей женой и тремя сыновьями на отдых в Италию. Тем временем советская разведка разработала операцию по выводу Понтекорво в Москву. Окончательно все детали были согласованы с ним 22 августа в Риме. 1 сентября Понтекорво с женой и детьми сел на самолет шведской авиакомпании и вылетел в Копенгаген, а оттуда на поезде поехал в Стокгольм, якобы навестить родителей Марианны. Но, оказавшись в Стокгольме, Понтекорво не поехал к родителям жены, а на самолете 2 сентября вылетел вместе с семьей в-Хельсинки. В хельсинкском аэропорту их встретила машина советского посольства, на которой они добрались до советско-финской границы и пересекли ее без всяких осложнений. После этого Понтекорво и его близкие на поезде приехали в Ленинград, где на несколько дней остановились в гостинице, а затем поездом отбыли в Москву.
В Москве Понтекорво сразу же была предоставлена пятикомнатная квартира со всеми удобствами в доме на улице Горького (ныне Тверская). А спустя три месяца, в начале ноября 1950 года, вся семья прибыла в Дубну. В Дубне Понтекорво поселился в двухэтажном коттедже на главной улице этого научного городка, где в таких же коттеджах жили другие ведущие ученые-физики.
До 21 сентября 1950 года сотрудники службы безопасности Харвелла были уверены, что ученый продолжает отдыхать в Италии. Скандал разразился 20 октября 1950 года, когда итальянские газеты сообщили об его исчезновение вместе с семьей. Правда, тогда на Западе еще не знали, что ученый поселился в Советском Союзе.
Заместитель директора МИ-5 Гай Лидделл лично проинформировал премьер-министра Эттли. Его двухстраничный сверхсекретный отчет о встрече с руководителем Великобритании, датированный 23 октября 1950 года и опубликованный только в 2003 году, показывает, что он сильно преуменьшил доступ Понтекорво к секретам. Когда премьер-министр спросил Лидделла, “насколько Понтекорво имел доступ к важной информации”, ему ответили, что, по мнению его работодателей, “в течение нескольких лет он, казалось, почти не имел доступа к секретной информации”. Это полностью противоречило предупреждению, которое сама МИ-5 передала работодателям Понтекорво шестью месяцами ранее, подчеркнув, что ученый имел доступ к сверхсекретной информации и представлял потенциальную угрозу безопасности. То ли намеренно, из-за явной некомпетентности, то ли приняв чей-то совет, Лидделл серьезно дезинформировал премьер-министра таким образом, что это было выгодно тем офицерам МИ-5, репутации которым угрожала отставка из-за того, что они не смогли разоблачить Понтекорво.
25 октября 1950 года МИ-5 представила премьер-министру еще один отчет, озаглавленный «Действия, предпринятые Службой безопасности в связи с делом Понтекорво». Опубликованный в 2003 году документ признавал, что МИ-5 не знала, проверяла ли она ученого до того, как он в 1943 году переехал в Канаду. Записи Британской службы координации безопасности (Нью-Йорк) проверить невозможно — они были уничтожены после окончания войны.
В документе, отправленном премьер-министру, говорилось, что 27 ноября 1947 года МИ-5 “проверила Понтекорво для Министерства внутренних дел в связи с процедурой его натурализации”, но все, что она сделала, это ответила: “Против ничего не зарегистрировано”. Сразу после этого его снова проверили, потому что Харвелл мог в конечном итоге захотеть нанять его. В ходе этого процесса МИ-5 написала офицеру службы безопасности Харвелла Генри Арнольду, попросив его навести справки о “надежности и лояльности” Понтекорво. Поскольку Арнольд никогда не встречался с ним, все, что он мог сделать, это расспросить тех немногих ученых, которые там были. Он сообщил, что Понтекорво казался “прямым парнем без политических пристрастий”. На основании этих доказательств МИ-5 сообщила Министерству снабжения, его будущему работодателю, что оно “не хотело бы возражать против предоставления Понтекорво постоянного статуса на государственной службе”.
Почти невероятно, учитывая то, что Лидделл сказал премьер-министру всего двумя днями ранее, документ MИ-5 включал параграф, раскрывающий, что 25 апреля 1950 года MИ-5 проинформировала Министерство снабжения: “Поскольку Бруно Понтекорво имеет доступ к сверхсекретной информации, с точки зрения безопасности считается, что существует потенциальная угроза безопасности”. Было ли когда-либо доведено до сведения премьер-министра об этой вопиющей аномалии, неизвестно.