Все тревоги и несчастья — болезни, нужду, неурожаи и т. п. Новиков старался переносить бодро, иной раз с шуткой. Часто приятелям он предлагал в шутку рецепт «элексир универсалиссиме» от разных горестей, вроде следующего: «На все происшествия с вами, любезный друг, внутри и снаружи рецепт один: терпение, покорность, преломление собственной воли и проч. и проч.; все смешав, употреблять поутру и вечеру по столовой ложке».
В эти годы Новиков достроил пять кирпичных крестьянских домов, которые не успел закончить до своего ареста. Он собирался поставлять сукно в армию и для этого увеличил количество ткацких станков. К сожалению, с этой затеей ничего не получилось. В 1803 году Новиков занял в Опекунском совете Московского Воспитательного дома 7500 рублей серебром (под залог 150 крепостных), потом получил еще 3000... Обесценивание бумажных денег увеличило долг в два с половиной раза. Неурожаи и расширение суконной фабрики, которая не принесла дохода, лишили его возможности уплатить долг в срок. Он был вынужден покупать зерно, чтобы прокормить своих крестьян. «Хозяйственные мои обстоятельства становятся мне все тягостнее и тягостнее»,— признается он в письме к Ключареву в 1807 году.
Но несмотря на бедственное материальное положение и болезни свои и близких (Авдотьино он так и называет «моя больница»), Новиков не терял интереса к окружающему миру. В том же 1807 году после заключения Тильзитского мира он писал одному из друзей: «С французами заключен мир, весьма выгодный и полезный для России, с чем и поздравляю».
Война 1812 года застала Новикова в родном Авдотьине. Больному и старому Новикову, обремененному больными детьми и стариками (кроме Гамалеи на его попечении были вдова брата, умершего в 1799 г., и вдова Шварца), некуда было уезжать.
Остались в своих домах и авдотьинские крестьяне. Так же, как крестьяне других, занятых французами деревень, авдотьинцы участвовали в партизанских действиях против наполеоновской армии. В Бронницком уезде крестьянские партизанские отряды объединили до 2 тысяч человек. Они неоднократно нападали на большие партии противника и разбивали их. История сохранила нам имена наиболее отличившихся крестьян-партизан из Бронницкой округи. Среди них есть фамилии Кондратьев, Тимофеев, совпадающие с фамилиями новиковских крестьян, которые мы знаем по описи. Нельзя точно сказать, что это были именно авдотьинцы, но такое предположение не исключено. А вот о чем можно говорить с уверенностью, так это о необычайном обращении авдотьинских крестьян с пленными. Обессиливших и голодных французских солдат приводили в Авдотьино, там их кормили, снабжали теплой одеждой, а затем под конвоем отводили в Бронницы к военному коменданту. Гуманизм к врагу они проявляли под влиянием своего хозяина. Так еще раз проявились мужество и милосердие Новикова.
Война 1812 года закончилась великой победой русского народа. Когда неприятель был изгнан из пределов России, император Александр издал манифест, в котором давал обет воздвигнуть в Москве храм во имя Христа Спасителя. Проект храма поручили подготовить молодому архитектору Александру Лаврентьевичу Витбергу. В один из приездов в Авдотьино в 1816 году Мудров привез с собой А. Л. Витберга, только что закончившего этот проект. Храм намечалось соорудить на Воробьевых горах. Проект Витберга, исполненный религиозной "поэзии и состоявший в том, чтобы, используя архитектурные формы, выразить дух народа, не мог не заинтересовать Новикова, одобрившего его.
По замыслу Витберга главное здание храма — пантеон Славы должен был превосходить по своим размерам собор Святого Петра в Риме. На стенах галереи в нижнем ярусе здания предполагалось разместить хронику войны 1812 года с перечислениями имен всех погибших воинов. По краям галереи намечалось установить отбитые у неприятеля пушки. От храма до набережной Москвы-реки планировалось устроить величественные спуски. Однако в дальнейшем проект был отвергнут.
Витберг несколько раз посещал Авдотьино и в один из приездов сделал карандашный портрет Новикова, который является последним прижизненным портретом просветителя. Широко известен другой его портрет, написанный Д. Г. Левицким в Петербурге. На портрете, исполненном Витбергом, овал лица стал другим — вместо удлиненного округлым: или пополнел Новиков к старости, или это было следствием болезненного отека. Но черты лица те же: взгляд прямой и спокойный — в глаза собеседнику. Поредевшие волосы, как и прежде, зачесаны назад. И одет Новиков совсем не по-домашнему — на нем темный кафтан с белым батистовым галстуком. Наверное, Новиков всегда отличался в одежде особой строгостью и аккуратностью, потому-то и напоминал он когда-то княгине Дашковой немецкого пастора. Подлинник этого портрета хранится сейчас в Русском музее в Ленинграде.