Витберг позднее рассказал о посещениях Авдотьи-на в записках, написанных им в Вятке, куда он был сослан по ложному обвинению в растратах на строительство храма. В ссылке он познакомился с А. И. Герценом и также написал его портрет. Витберг, в частности, вспоминает, «что согласился позировать только Новиков, а Гамалею я не мог уговорить».
Семен Иванович Гамалея был и остался до самой смерти Новикова его самым близким и верным другом, разделившим с ним все долгие годы добровольного затворничества. Начиналась их дружба с совместной деятельностью в «Дружеском ученом обществе» и Типографической компании. Выпускник Петербургского университета, Гамалея, владея несколькими европейскими и восточными языками, перевел на русский много книг по философии, истории, богословию и медицине и был признанным авторитетом в области этих наук. Еще в 1776 году в Петербурге им была переведена с немецкого книга «Легчайший способ прививания оспы», которая стала ценным вкладом в развитие отечественной медицины и спасла многие тысячи человеческих жизней. Позднее Гамалея, прославившийся своей образованностью и бескорыстием, был приглашен на службу белорусским генерал-губернатором 3. Г. Чернышевым и в 1782 году вместе с ним приехал в Москву. Вскоре он, однако, ушел с поста правителя канцелярии московского главнокомандующего и всецело посвятил себя просветительской и издательской деятельности. Среди друзей, высоко почитавших его исключительные душевные качества, был и будущий автор «Истории государства Российского».
С конца 1780-х годов Гамалея почти постоянно жил у Новикова в Авдотьине. После заключения Новикова в Шлиссельбургскую крепость Прозоровский несколько раз учинял Семену Ивановичу допросы, но все же оставил его на свободе. Все четыре года отсутствия Новикова Гамалея заменял его осиротевшим детям отца. Живя в Авдотьине, он продолжал заниматься переводами, но у него всегда оставалось время для страждущих и нуждающихся в помощи и внимании. Каждое утро к дому на берегу Северки приходили бедные и нищие, и Гамалея, выйдя на крыльцо, беседовал с ними, раздавал им, если сам имел, мелкие деньги. Современников восхищал этот человек, живший по самым строгим заповедям христианства. Историк В. О. Ключевский сказал о нем: «Я недоумевал, каким образом под мундиром канцелярского чиновника, и именно русской канцелярии, мог уцелеть человек первых веков христьянства».
Гамалея никогда не позволял себе сердиться на кого-либо и только одну непримиримую войну вел в течение всей жизни — против своего собственного порока — нюхания табака: он считал, что отбирает от бедных те пятнадцать рублей, которые тратит ежегодно на его покупку. За долгую и безупречную службу хотели его наградить 300 душами крепостных. Он отказался по той причине, «что со своей душой не умеет справиться». Слуге, укравшему у него пятьсот рублей и пойманному с поличным, он отдал деньги и «отпустил с Богом», подобно священнику из романа В. Гюго «Отверженные», который в сходной ситуации возвратил похищенные героем романа ценности и тем спас его от суда и каторги. Справедливо заметил историк В. О. Ключевский, что людям, подобным Гамалее, подобает «житие», а не биография. «Нюхать табак и есть картофель не грех, а грех ненавидеть своего ближнего, завидовать, желать зла»,— пишет Новиков, как бы продолжая разговор со своим другом. Наверное, беседы эти проходили все больше по вечерам, возможно, в воскресенья и праздники, после посещения церкви Тихвинской богоматери: ведь остальные дни были отданы труду и хозяйственным заботам.
До конца дней в Новикове жила страстная любовь к книге. Несмотря на скудность средств, он то и дело обращался в письмах к друзьям с просьбой достать какую-нибудь редкую книгу для пополнения библиотеки. Если книгу не удавалось приобрести в собственность, Новиков вместе с Гамалеей переписывали ее.
В 1815 году Карамзин, собираясь ехать из Москвы в Петербург для печатания «Истории государства Российского», посетил Авдотьино. Лонгинов, ссылаясь на изустный рассказ графа Д. Н. Блудова, пишет, что между ним и Новиковым произошел разговор «о путях познания Бога, природы и человека». Их мнения на эти проблемы оказались различными, «что, впрочем, не помешало тому, что они расстались в лучших отношениях».
Для Новикова наступили годы полного разорения, болезней, тревог и огорчений. Все чаще в его письмах стало появляться изображение креста: им обозначал Новиков жизненные невзгоды и страдания. В письме к Ключареву есть такие строки: «Истинные + + + весьма огненны». Из-за дрожания рук он уже не мог писать письма сам, их писала младшая дочь Вера, которая до последних дней была ему опорой и утешением и которую он ласково называл «мой секретарь». Вот что мы знаем о последних днях Новикова и обстоятельствах его смерти со слов М. Н. Лонгинова: «3 июля 1818 г. с ним случился удар, а через три дня