Первой реакцией Командования ВВС на катастрофу было Представление от Главкома о передаче суду Военного Трибунала старшего военного представителя ВВС на заводе № 156 Гвардии инженер-подполковника С.Д. Агавельяна (в годы войны главного инженера полка "Нормандия-Неман"), как главного виновника катастрофы. Представление готовил офицер МГБ при Главкоме ВВС.
Появились и первые "смелые" версии, объясняющие катастрофу, развитые и поддержанные в двигательном отделе при Главкоме и самими двигателистами из ОКБ-276. Все в этой версии объяснялось просто: разрушилась моторама третьего двигателя, двигатель оторвался, хлынуло топливо, и начался пожар. Все предельно ясно. Предпосылка катастрофы – халатность военного представителя завода № 156 С.Д.Агавельяна и старшего военного представителя в ЦАГИ инженер-полковника А.И.Соловьева, ответственного за приемку результатов статиспытаний моторамы. Идея разрушения моторамы была подхвачена и приобрела законченные формы в Заключении начальника двигательного отдела Управления опытного строительства авиационной техники ВВС. Начальник этого отдела генерал Заикин составил Приказ Главкома ВВС о предании суду обоих старших военных представителей. (К версии о "плохой" раме подталкивал ряд недавних катастроф из- за разрушений моторам на Ту-4).
Главком ВВС П.Ф.Жигарев, прочитав проект Приказа, быстро сообразил (на то и Главком), что дело явно не закончится расстрелом двух старших офицеров. При жизни Сталина он каждый день докладывал ему о ходе работ и испытаний "95-ой". Тема была под пристальным вниманием Правительства, МГБ и лично Берия. Жигарев точно знал, что многие генералы и, того и гляди, сам Главком ВВС, весьма скоро окажутся в одной компании со своими подчиненными (хотя шел май 1953 года, Сталин был мертв, его наследники откровенно грызлись за власть, в том числе и всесильный Берия, но система продолжала четко работать и хлопнуть могли за милую душу, без оглядок на смену хозяев на верху). Поэтому П.Ф. Жигарев вызвал к себе обоих намеченных в качестве жертв офицеров, внимательно выслушал их информацию о безупречном контроле с их стороны за разработкой и испытаниями самолета "95" и принял решение об их полной невиновности и не дал хода проекту подрастрельного Приказа.
Тем временем в МАП уже несколько дней заседала комиссия по катастрофе. Двигателисты и многие члены комиссии дружно громили А.Н.Туполева, обвиняя его во всех смертных грехах. Некоторые в стиле того времени договорились до того, что нельзя было доверять проектирование советского стратегического самолета бывшему "врагу народа". А.Н.Туполев угрюмо молчал, на все вопросы комиссии отвечали его заместители Н.И.Базенков, С.М.Егер, К.В.Минкнер (руководитель отдела силовых установок в ОКБ) и другие.
На месте катастрофы один из солдат, откапывавший мотогондолу третьего двигателя, нашел крупный обломок шестерни редуктора двигателя 2ТВ-2Ф. Его передали для исследований в ЦИАМ. Крупнейший специалист по прочности авиационных материалов Р.С. Кинасошвили определил по структуре излома шестерни, что разрушение носит явно усталостный характер, однако члены комиссии не соглашались с подобным заключением, так как шестерня в составе двигателя наработала всего лишь 10 часов. Двигателисты настаивали на том, что шестерня сломалась от удара и что причина катастрофы – разрушение моторамы. Над А.Н.Туполевым сгущались тучи…
А дальше произошла почти детективная история с неожиданным концом.
В один из этих суматошных дней, как вспоминал С.Д.Агавельян, он шел по коридору четвертого этажа ОКБ и вдруг услышал за собой звук шагов. Когда шаги приблизились к нему, раздался глухой голос:"Вы не туда смотрите! Смотрите Дела Отдела технического контроля №34 и №35." Наступила тишина. Не оглядываясь, С.Д. Агавельян пошел дальше. Подумав, он решил передать эту информацию А.Н. Туполеву, а тот, в свою очередь, поставил в известность М.В. Хруничева и высокую комиссию по катастрофе. На очередном заседании комиссии информация была оглашена и произвела эффект разорвавшейся бомбы. Поскольку речь шла о Делах Отдела технического контроля ОКБ-276 и опытного завода №276, до того невозмутимый Главный конструктор Н.Д.Кузнецов вдруг побледнел и упал в обморок. Дела №34 и №35 были доставлены на комиссию. В них черным по белому было написано, что на 30-м и 40-м часах работы двигателей 2ТВ-2Ф на стендовых испытаниях имело место разрушения шестерен редукторов с пожаром в испытательных боксах.