Одновременно с наступлением в Греции начался захват Югославии. Ранним утром 6 апреля четыре Ju-87B из I./StG2 "точечными" ударами уничтожили зенитные батареи, прикрывавшие аэродром Петровац. Сразу после этого Bf-ПОС из II./JG27, штурмуя аэродром, за 20 минут уничтожили 14 Do-17K (около половины 64-й югославской бомбардировочной группы). В 6.45 начался первый массовый налет на практически беззащитный Белград. 74 "штуки" из StG77 вместе с 160 Не-111 под прикрытием 86 Bf-109 и Bf-110 очень быстро превратили небо над городом в серый зонтик из дыма и пыли. 34 югославских истребителя, из них 29 Bf-109E, ничего не могли противопоставить люфтваффе, хотя и сбили восемь самолетов, в том числе одну "штуку". Налеты на город продолжались весь день, сюда упало 360 т бомб, включая SC1000. Потери - четыре Ju-87. На следующий день "штуки" атаковали аэродром Лазаревац и железнодорожную станцию Приявора. В тот день у StG77 произошли небоевые потери: два Ju-87 столкнулись в воздухе над аэродромом в Араде, еще один скапотировал на посадке. Скорость продвижения немецких войск по Югославии впечатляла. Утром 12 апреля пикировщики уничтожили в районе Нови Сада речной монитор, обстреливавший аэродром в Мохаче, вечером немцы заняли Белград. "Штуки", взаимодействуя с танковыми частями, окружали и уничтожали хорошо укрепленные позиции. Летчики совершали не менее трех боевых вылетов в день. Пешие колонны бойцов югославской армии, растянувшиеся по узким дорогам горной страны, были совершенно беззащитны перед смертоносными Ju-87. 14 апреля дюжина "штук" проутюжила аэродром Биелина, куда высадился десант. 17 апреля Югославия капитулировала. StG77 перебросили в Грецию, и после ее захвата началась десантная операция на Крите.
Операцию "Меркурий" (захват Крита и других островов Эгейского моря, куда эвакуировали английские войска из Греции) разработал генерал Штудент, командующий 1-м авиакорпусом, в состав которого входили воздушно-десантные части. Стратегическое значение Крита усугублялось тем обстоятельством, что с его аэродромов английские бомбардировщики могли атаковать нефтяные месторождения в районе Плоешти, чего накануне войны с СССР Германия допустить не могла. Захват острова осуществлялся только частями люфтваффе, поскольку высадка морского десанта была невозможной из-за дислоцированного в районе Балкан мощного флота Англии. С начала мая Крит стал подвергаться регулярным налетам Ju-87 из StG2, базировавшихся на полевых аэродромах около Молаоя, а 14 мая 10 Ju-87B из III./StG2 перелетели на итальянский остров Карпатос (Скарпанто) северо-западнее Крита. Это было идеальное место для атак английских конвоев. Во второй половине мае, действуя с него против английского флота, Ju-87 из StG2 потопили 3 крейсера и 6 эсминцев, повредили 2 линкора, 3 крейсера и 6 эсминцев. 23 мая группа Ju-87 капитана Х.Хичхольда из I./StG2 потопила три британских эсминца: "Грэй-хаунд", "Кашмир" и "Китли". Через два дня палубные самолеты авианосца "Формидабл" нанесли удар по Скарпанто и уничтожили на земле около десятка Ju-87, серьезно повредив еще несколько. В ответ на следующий день "штуки" из StG2 (в1 эту атаку почему-то приписали StG3 майора Зигеля) на пределе радиуса действия между Тобруком и Критом нанесли удар по авианосцу, добившись двух прямых попаданий и отправив его "в компанию" к "Илластриесу" на ремонт в США. Эта операция стоила немцам четырех "штук".
Бомбардировки позиций английских войск на Крите, особенно в местах с сильной противовоздушной обороной, начались за несколько дней до дня высадки воздушного десанта 20 мая. Налеты "штук" также предшествовали высадке немецких парашютистов в операции по захвату мостов над Коринфским проливом.