18 ноября 1941 г. англичане начали наступление в Северной Африке (операция "Крусейдер"). В воздухе господствовала авиация союзников, а полевые аэродромы немцев из-за дождей больше напоминали болота. Воспользовавшись этим, англичане 20 ноября уничтожили и повредили в Тмими 18 Ju-87 из II./StG2. Усиление истребительной мощи союзников постепенно ослабляло боевые возможности "штук". Так, 30 ноября немецкие пикировщики, несмотря на достаточно сильное истребительное прикрытие, не смогли пробиться к цели и сбросили бомбы в буквальном смысле "в песок". Три машины были повреждены, два стрелка ранены.
13 января группу II./StG2 официально переименовали в III./StG3, командиром остался В.Эннекерус. Группу дооснастили новыми Ju-87D и в феврале перебросили на Сицилию на аэродром Сан-Пьетро. В то время на Средиземноморье перебрасывали 2-й воздушный флот с целью вытеснить союзные войска из Северной Африки и нейтрализовать Мальту. Под командованием фельдмаршала Кессельрин-га была эскадра StG3 в полном составе трех групп и еще одна группа из StGl.
Налеты на Мальту начались 1 апреля 1942 г., когда "штуки" из III./StG3 атаковали корабли в главной гавани Ла-Валетты. В ходе налета потопили две подводные лодки и тральщик, повреждения получили еще одна подводная лодка, тральщик, танкер и три буксира. Через четыре дня в доках главной гавани Ла-Валетты Ju-87 уничтожили эсминцы "Ланс" и "Гэллант". 8 и 11 апреля в налетах на порт и аэродромы Хал Фар и Лука летчики легко повредили крейсер Пенелопа" и "добили" эсминец "Кингстон", уничтожили один и повредили семь самолетов. Свои потери - две "штуки".
27 мая 1942 г. началось наступление войск Роммеля в Северной Африке. Несмотря на вдвое меньшее число танков по сравнению с англичанами, немецкие войска стремительно наступали и в начале июля вышли к Эль-Аламейну и дельте Нила в 100 км западнее Александрии. Ju-87 из StG3 атаковали позиции английской пехоты, танки и артиллерию. Пока им противодействовали только зенитчики, пикировщики успешно действовали в Северной Африке. Грамотная организация истребительного прикрытия позиций привела к тому, что англичане стали называть Ju-87 "психологическим инструментом воздействия, способным только к локальному и изолированному разрушению, неэффективному против стойких войск и очень уязвимым для наших истребителей".34 Наивысшим успехом "штук" стали бомбардировки Тобрука и содействие захвату Бир Хакима у армии "Свободной Франции". В июне 1942 г. пал Тобрук, немцы рвались к Суэцкому каналу. К этому времени всю StG3 с Ju-87В-2/Тгор перевооружили на Ju-87D-1/Тгор.
Англичане, поняв всю опасность потери своих позиций в Египте, начали срочно перебрасывать туда истребительные соединения. Вскоре дневные потери "штук" стали исчисляться десятками, так, 3 июля на базу вернулись только 2 из 15 самолетов I/StG3. 5 июля на аэродроме Даба среди прочих были уничтожены девять Ju-87.
Но если над сушей "штуки" все больше утрачивали свою грозную мощь, то над морем они по-прежнему оставались ударной силой. 14-15 июня 1942 г. пилоты StG3 атаковали конвои на маршруте Александрия - Мальта. Отличился командир 9./StG3 обер-лей-тенант Х.Пельтц, потопив на траверзе острова Гавдос 10000-тонный транспорт. Наутро "штуки" повредили так называемый "ложный" линкор "Центурион", крейсер "Аретуза", эсминцы "Эйредейл" и "Нестор". Оба последних пришлось затопить, эвакуировав команды.
В начале августа 1942 г. на Средиземноморье англичане начали операцию "Пьедестал" - проведение конвоев из Гибралтара на Мальту. Первый из них состоял из 13 скоростных транспортов в окружении четырех крейсеров и 11 эсминцев, а боевое прикрытие осуществляло соединение кораблей, включавшее два линкора, три авианосца, семь крейсеров и 26 эсминцев. Как только конвой оказался в пределах досягаемости "штук", начались непрерывные налеты. Вечером 12 августа 12 Ju-87 из I./StG3 атаковали авианосец "Индомитабл", точно "уложив" две бомбы на полетную палубу и три в непосредственной близости от борта. Как авианосец корабль вышел из строя. Зенитчики сбили лишь два немецких и два итальянских пикировщика, один из последних совершил огненный таран в корму линкора "Родней". На следующий день 15 Ju-87D тяжело повредили транспорт "Дорсет", и еще один итальянец вынужденно стал камикадзе, таранив поврежденный танкер "Огайо". 14 августа бомбардировщики атаковали крейсер "Кения". За одно точное попадание пришлось заплатить одной сбитой и двумя поврежденными "штуками". В конце-концов, на Мальту прибыло только пять транспортов, доставивших 32 тыс. т военных грузов из 85 тыс. т отправленных. Тем не менее это снаряжение сыграло существенную роль в победе англичан под Эль-Аламейном.
14 сентября английские корабли предприняли рейд на Тобрук, но неудачно. Ju-87D из 8./StG3 серьезно повредили крейсер ПВО "Ковентри", в конце концов затопленный экипажем. В следующем налете 19 "штук" из III./ StG3 потопили эсминец "Зулу" и торпедный катер.