По результатам испытаний, завершившихся 21 июня 1947 г. главному конструктору ОКБ-155 было рекомендовано довести прочность самолета до норм 1943 г., уменьшить усилия на органах управления до требуемых по ТТТ, а также обеспечить время полета с отрицательными перегрузками до 15 сек. В целом истребитель получил неплохую оценку, а по скорости полета, высотности, скороподъемности на больших высотах, не говоря уже об огневой мощи вооружения, он существенно превосходил серийные истребители с поршневыми двигателями.
Однако во время госиспытаний, а также при эксплуатации самолета в течение 1947 г. в строевых частях ВВС на истребителях МиГ-9 был выявлен ряд недостатков, ограничивающих боевое применение. Основным из них являлась остановка двигателя при залповой стрельбе из трех пушек на высотах 7000 м и более. Пушечное вооружение не вызывало никаких проблем лишь до высоты 3000 м. Кроме того, непротектированные топливные баки давали течь после непродолжительной эксплуатации, а колеса 660x160 производства завода №279 МАП имели недостаточную прочность. Также указывалось на отсутствие на машине катапультного сиденья, что исключало возможность покидания самолета при скорости более 500 км/ч, бронезащиты и противопожарного оборудования. Много нареканий было к работе двигателей РД-20. Кроме того, военные просили ускорить предъявление на испытание самолета МиГ-9 оборудованного тормозными щитками.
Помимо этого в заключении акта по результатам госиспытаний также отмечалось, что чрезмерная нагрузка на крыло составляющая 275 кг/м
После окончания государственных испытаний истребителя МиГ-9, с целью устранения выявленных недостатков на нем, были проделаны следующие доработки:
– установлены специальные надульники на пушки для увеличения надежности работы двигателей при стрельбе на средних и больших высотах.
– усилено хвостовое оперение для повышения максимальной эксплуатационной перегрузки.
– установлена новая система перекачки топлива.
– установлен отечественный генератор ГСК-1500 вместо немецкого LK- 2000.
Кроме того, с июля по декабрь 1947 г. в ГК НИИ ВВС были проведены воздушные бои серийного истребителя МиГ-9 №106005 с самолетами Ла-9, Р- 63С-1 "Кингкобра", "Спитфайр-1Х", Як-15, "156" с форсажем и Ту-2. В тридцати воздушных боях МиГ-9 также продемонстрировал худшие маневренные качества, чем другие истребители. Они заходили ему в хвост на вто- ром-третьем вираже. Уйти МиГ-9 мог, только имея преимущество в скорости. Однако выполнять одну из главных задач, а именно борьбу с бомбардировщиками противника МиГ-9 мог вполне успешно, что подтвердили воздушные бои с Ту-2.
Отсутствие необходимого опыта в проектировании реактивных самолетов было главной причиной выявленных недостатков истребителя МиГ-9. Особенно это касалось проблемы размещения бортового вооружения. Проведенные в июне 1947 г. на опытном самолете МиГ- 9 №02 испытания пушечного вооружения выявили существенные недостатки вследствие самопроизвольного выключения двигателей во время залповой стрельбы из всех пушек особенно на высотах от 7000 м и выше, что существенно влияло на безопасность полетов.
Для устранения указанного дефекта конструкторами ОКБ- 155 были проведены работы по замене 57-мм пушки Н-57 на 37-мм пушку Н-37, а также разработаны и установлены на стволы пушек специальные газоотводные трубы-глушители для того, чтобы выводимые в стороны пороховые газы не влияли на поток воздуха идущего к двигателям. Наиболее примечательным был глушитель пушки Н-37, который выполнили в виде профилированной трубы, расположенной в вертикальной плоскости, за что он получил название "бабочка".
После завершения заводских испытаний самолет МиГ-9 №106004, оборудованный опытными глушителями, 23 сентября 1947 г. перегнали в ГК НИИ ВВС на государственные испытания. Ответственными за их проведение были назначены ведущий инженер В.А.Березин и летчик-испытатель А.П. Супрун.