Военным испытателям предстояло определить влияние стрельбы на работу двигателей РД-20 и установить предельные высоты и скорости безопасного полета при залповой стрельбе из всех пушек. Кроме того, необходимо было проверить надежность и безопасность работы вооружения на земле и в воздухе, а также определить максимальные скорости по высотам и характеристики управляемости и устойчивости самолета. Испытания проходили в период с 1 октября по 27 ноября 1947 г. на Чкаловском аэродроме и с 7 декабря по 14 января 1948 г. в крымском филиале ГК НИИ ВВС на Сакском аэродроме. За это время было выполнено 24 полета с общим налетом 13 час 51 мин, из них: 2 полета пробных, 3 полета для снятия летных характеристик без отстрела оружия и 19 полетов с отстрелом оружия на различных высотах и скоростях.
Испытания показали, что установка глушителей несколько снизила основные летные данные самолета. Максимальные горизонтальные скорости уменьшились на 9-24 км/ч и составили на высоте 5000 м – 854 км/ч, на высоте 8000 м – 832 км/ч. Время виража на высоте 5000 м равнялось 39-41 сек.
Без стрельбы из оружия двигатели работали устойчиво в диапазоне от 8500 до 9500 об/мин на высотах до 12160 м. Влияние залповой стрельбы на работу силовой установки проверяли в режиме набора высоты и горизонтальном полете до высоты 12160 м на номинальном, пониженном и переменных режимах работы двигателей. А также на различных боевых эволюциях самолета на высотах от 500 до 7000 м.
В ходе воздушных стрельб было установлено, что залповая стрельба из всех пушек приводит к самовыключению двигателей на высотах выше 7000 м при одновременной даче газа от 9000 об/мин до номинальных. При этом запуск двигателей после остановки, выполняемый в соответствии с инструкцией на высоте 1000-3000 м, происходил безотказно после 1-2 попыток.
Без проблем залповую стрельбу из всех пушек можно было вести до высоты 7000 м на допустимых режимах работы двигателей и на любых возможных скоростях, а также на номинальном режиме работы при приборных скоростях выше 320 км/ч и высотах до 11600 м. Не оказывала влияния на работу силовой установки залповая стрельба из одних пушек НС-23, при одновременной даче газа с 8500 до 9500 об/мин, на высотах до 10700 м и приборных скоростях более 330 км/ч, а также залповая стрельба из всех пушек с одновременной уборкой газа от 9500 до 8500 об/мин на высотах 8220 м и 9700 м при приборных скоростях полета 462-430 км/ч.
По оценке летчика-испытателя А.П. Супруна ведение прицельной стрельбы затрудняли сильные колебания самолета после 3-5 выстрелов, особенно на больших высотах. Помимо этого плохой стрельбе способствовали недостаточная путевая устойчивость, проявляющаяся в значительной раскачке самолета на скоростях 550-600 км/ч, а также поперечная раскачка, особенно на разворотах, на высотах 11000-12000 м и скорости 400 км/ч. Кроме этого, в отличие от глушителей пушек НС-23 глушитель-"бабочка" пушки Н-37 обладал недостаточной живучестью и после 813 выстрелов разрушился. Это делало полет со стрельбой опасным, так как осколки разрушенного глушителя могли попасть в воздухозаборник и привести к печальным последствиям.
В итоге государственные испытания самолет МиГ-9 №106004 с опытными глушителями не выдержал. В связи с этим военные потребовали обеспечить безотказную работу двигателей РД-20 на установившихся и переходных режимах при залповой стрельбе из всех пушек на высотах вплоть до практического потолка, а также обеспечить живучесть глушителя пушки Н-37 в соответствии с живучестью пушки.
Тем не менее, проблему заглохания двигателей при воздушной стрельбе надо было как-то решать, так как истребители МиГ-9 уже эксплуатировались в частях ВВС. Для выработки и дачи рекомендаций строевым частям в мае-июне 1948 г. в ГК НИИ ВВС были проведены контрольные испытания двух серийных истребителей – № 109006 с серийным вариантом вооружения и №106004 с газоотводными трубами-глушителями, установленными на пушках НС-23. В ходе испытаний было выполнено 6 полетов на первой машине (на Чкаловском аэродроме) и 10 на второй (на аэродроме в г. Саки). По результатам испытаний была составлена временная инструкция по особенностям стрельбы с самолета МиГ-9, которую 29 июля 1948 г. утвердил главком ВВС маршал авиации К.А.Вершинин.