Самолет вернули на завод для усиления моторам. Снова в НИИ ВВС он попал только в мае-июне 1944 г., когда Пе- 2И уже летал. Хотя по результатам госиспытаний Пе-2Б рекомендовали в серию, НКАП отклонил это предложение, сделав ставку на "суперпешку" – Пе-2И.
Самолет Пе-6 с моторами М-107А (прежнее название – Пе-2Д) являлся непосредственным развитием идеи Пе- 2Ф. Для его постройки использовали второй экземпляр самолета модификации "Ф", имевший заводской № 5/134. В этом варианте предполагались увеличение полетного веса до 9900 кг, реализация всех изменений аэродинамики по типу Пе-2В, в том числе перенос масло- радиаторов и всасывающих патрубков в крыло, улучшение формы мотогондол. Ожидалось получение максимальной скорости полета порядка 590 км/ч и дальности 1500 км при нормальной бомбовой нагрузке 1000 кг. Оборонительное вооружение самолета проектировалось по типу Пе-2В, включая увеличенный фонарь пилота со штурманской турельной установкой "ФЗ".
Осенью 1943г. Мясищева увлекла более радикальная идея коренной переработки концепции фронтового бомбардировщика. Новый взгляд базировался на успехе скоростных английских самолетов "Москито", лишенных оборонительного вооружения. Постепенно работа над Пе-6 прекратилась, зато "советский Москито" создавался ударными темпами. Мясищев пожертвовал "шестеркой" в пользу "журавля в небе" – будущего Пе-2И. Машину № 5/134 впоследствии использовали на заводе № 26 для отладки варианта "пешки" с моторами ВК-108.
Круг задач, поставленный главным конструктором перед ОКО-22 и опытным цехом, не исчерпывался перечисленными выше модификациями. В ноябре 1943 г. начались заводские летные испытания самолета Пе-2 с новыми моторами М-1. Двигатель, созданный под руководством С.Д. Колосова на заводе № 16, представлял собой непосредственное развитие М-105 с сохранением его внешних форм и основных размеров (диаметр цилиндров был незначительно увеличен). По расчетам, М-1 должен был обеспечивать максимальную мощность 1500 л.с. у земли и 1300 л.с. на второй границе высотности 5000 м (напомним, что М-105ПФ у земли имел мощность 1210 л.с, а на второй границе высотности 2700 м – всего 1180 л.с).
Для установки новых многообещающих моторов завод выделил серийный Пе-2 № 12/224. После выполненных переделок мотогондолы "пешки" заметно изменились внешне. Так, выхлопные патрубки переместились с боковых поверхностей капота на верхнюю, вместо двух симметрично расположенных всасывающих патрубков нагнетателя смонтировали один увеличенный – слева от мотора. Появились также специальные кожухи для продува пространства внутри развала моторов, где монтировались свечи, генератор ГС-1000 и другие агрегаты.
Испытания проводил заводской летчик Кондырев. Самолет с более мощными двигателями показал очень неплохие летные данные: максимальную скорость 475 км/ч у земли и 562 км/ч на высоте 6000 м при нормальной полетной массе 8300 кг. Время подъема на высоту 5000 м сократилось по сравнению с серийной машиной на 2,6 мин. В акте по испытаниям, которые закончились в феврале 1944 г., отмечалось, что данные могут быть еще улучшены. Для этого на самолете следовало реализовать комплекс мер по совершенствованию аэродинамики, предложенный ЦАГИ и осуществленный на Пе-2Б. Однако наркомат авиапромышленности уже связал свои планы с моторами М- 107А. Запускать в производство сразу два новых двигателя жидкостного охлаждения было неразумно. Поэтому у Пе-2 с М-1 шансов на серию не осталось.
Предпринимались попытки кратковременно повысить мощность обычных серийных моторов М-105ПФ за счет впрыска воды во всасывающие патрубки нагнетателей. С этой целью для проведения опытов был выделен Пе-2 № 14/226. Результаты оказались не впечатляющими, поэтому самолет весной 1944 г. снова переоборудовали, но уже с другой целью. Сущность модификации заключалась в следующем:
– носок консольной части крыла до 25% хорды заменялся на профиль NACA-230;
– переделывались законцовки консолей, в связи с чем размах крыла увеличивался на 0,92 м, а площадь – на 0,848 м
– изменялся передний лонжерон крыла, средние части нервюр и входная часть туннелей водорадиаторов.
В результате испытаний, законченных в мае 1944 г., было установлено, что модифицированное крыло заметно улучшает летно-технические свойства "пешки", особенно на малых скоростях. Заметно улучшилось поведение самолета при посадке, он перестал валиться на крыло, уверенно летал на одном моторе.
Новый профиль консолей, плюс усовершенствованная технология отделки крыла, в совокупности "добавили" машине 100 км дальности, способствовали увеличению потолка на 500 м и уменьшению длины разбега на 40 м.