Стабилизатор, как и на обычных "пешках", выполнялся подвижным. При отклонении щитков-закрылков более чем на 22…25° он автоматически переставлялся на угол -3°. Тормозных решеток и автомата пикирования опытный Пе-2И не имел. Пятнадцать бензобаков вмещали максимально 1844 кг горючего и размещались в центроплане, консолях, средней части фюзеляжа и мотогондолах. Все баки были протестированы. Маслобаки емкостью 160 л находились в мотогондолах. Водяные радиаторы были смонтированы в носке центроплана, а маслорадиаторы и всасывающие патрубки – в носках консолей. В отличие от серийных Пе-2, выход воздуха из туннелей радиаторов осуществлялся вниз, под крыло. На выходе из туннелей устанавливались заслонки с электромеханическим управлением, обеспечивавшие эффективное регулирование температуры воды (жалюзи на серийных "пешках" работали неважно). Первый опытный экземпляр самолета имел систему нейтрального газа "первой зоны", при этом охлажденные выхлопные газы подавались только внутрь бензобаков. На "дублере" и серийных Пе-2И предусматривалось создание "второй зоны" в отсеках, где были установлены баки и куда могли попасть пары бензина при прострелах крыла.
Экипаж самолета состоял из двух человек – летчика и штурмана. Фонарь кабины хорошо обтекаемой формы обеспечивал пилоту удобную посадку и отличный обзор. Неподвижная пушка УБ-20 (на опытных машинах вместо нее сохранили пулемет УБК калибра 12,7 мм) размещалась под сидением летчика, что исключало его ослепление при ночной стрельбе – пламя от выстрелов закрывал нос самолета. Дистанционно управляемый пулемет УБК устанавливался в хвостовом коке и обеспечивал углы обстрела вверх – 18°, вниз – 12° и влево-вправо – по 16°. Его патронный ящик вмещал ленту со 100 патронами. Электромеханическая система обеспечивала отслеживание стволом пулемета прицельной линии. Для отражения атак истребителей в нижней полусфере штурман использовал оптический прицел-перископ ОПСК. Наблюдение в верхней полусфере производилось через остекление фонаря, а прицеливание с использованием коллиматорного прицела К8-Т. Хотя углы обстрела подвижной установки были сравнительно невелики, но с учетом большой скорости полета бомбардировщика они, по расчетам, обеспечивали удовлетворительную защиту сзади. При догоне истребитель противника мог пристроиться для атаки в относительно небольшом угловом секторе. Однако военные специалисты скептически отнеслись к расчетным оценкам и предпочли подождать результатов воздушных боев с трофейными немецкими истребителями.
Защита экипажа самолета от огня противника включала бронеспинку, заголовник и бронированное сидение летчика, а также две вертикальные плиты, прикрывавшие штурмана, то есть радикально не отличалась от примененной на серийном Пе-2. Дополнительные оборонительные возможности обеспечивали два гранатомета ДАГ-10. Эти нехитрые приспособления уже доказали на фронте свою эффективность. Взрыв 1,8-килограммовой гранаты на небольшом расстоянии от неприятельского самолета сулил ему крупные неприятности.
Бомбоотсек Пе-2И по сравнению с Пе-2Ф удлинили: в него можно было упрятать на выбор одну бомбу ФАБ- 1000М43 (для этого пришлось-таки немного укоротить ей стабилизатор), одну ФАБ-500М43 (тоже "обрезанную"), пару штатных ФАБ-250, либо девять ФАБ- 100. Большая часть вариантов предусматривала применение их как с горизонтального полета, так и с пикирования под углом 40-70°. На внешней подвеске два замка МДЗ-40 обеспечивали возможность подвески еще двух ФАБ-500 (или бомб меньшего калибра). Максимальная бомбовая нагрузка по сравнению с серийной "пешкой" возрастала в полтора раза, зато нормальная, при которой впоследствии снимали летно-технические характеристики, даже уменьшилась до 500 кг.
По расчетам бомбардировщик Пе-2И был способен развить максимальную скорость 640 км/ч на высоте 5850 м, а у земли – 525 км/ч, то есть даже немного больше, чем серийный Пе-2 на боевой высоте. Его практический потолок должен был составлять не менее 10500 м, а время набора высоты 5000 м – всего 6,8 минуты. Нормальный полетный вес машины определялся равным 8430 кг, перегрузочный – 9600 кг, а длина разбега и пробега, соответственно, 430 и 410 м.