Международное сообщество 20 декабря 1996 г. добилось заключения перемирия между сербами, хорватами и боснийцами. Через месяц были подписаны Дейтонские соглашения, положившие конец войне и открывшие сухопутным войскам НАТО дорогу на Балканы. Самолеты НАТО продолжали патрулировать воздушное пространство Боснии в целях предотвращения возможного проявления активности авиации недавних противников. Дейтонские соглашения ограничивали количественный состав ВВС Югославии 155 боевыми самолетами. Чтобы выполнить ограничения, сербам пришлось снять вооружение с некоторого количества самолетов G-4 «Галеб», после чего они получили обозначение N-62S.
В югославской провинции Косово отношения между проживавшими здесь сербами и албанцами никогда не отличались особой теплотой. Распад СФРЮ в начале 90-х годов подвигнул подавляющее большинство албанского населения (порядка 1 млн. 800 тыс. человек) на выступления за отделение края от Сербии. Поначалу эти выступления носили характер мирных демонстраций, однако в марте 1998 г. демонстрации вылились в кровопролитные столкновения между силами безопасности сербов и вооруженными группами албанцев, объединившихся в армию освобождения Косово (УЧК). Косово погрузилось в пучину этнической войны. Сербские истребители-бомбардировщики «Орао» с аэродромов Ладевчи и Ужице, G-4 «Галебы» из Ниша наносили удары по позициям косоваров, вторгаясь в «запрещенную для полетов зону» порой на несколько десятков километров. Ударные самолеты на маршрутах к цели и обратно шли на предельно малых высотах с большой скоростью, набирая высоту только для выполнения атаки. Полеты выполнялись в режиме радиомолчания, задания на боевой вылет ставилось по обычному телефону. Американские АВАКСы смогли засечь истребители- бомбардировщики всего несколько раз и ни разу не навели на них истребители. Сербские пилоты отмечали, что приемники предупреждения об электромагнитном облучении фиксировали работу РЛС только в момент набора высоты для выполнения атаки. По официальным югославским данным за десять дней истребители-бомбардировщики «Орао» выполнили 31 боевой вылет. Не сумев справиться с сербскими самолетами в воздухе, авиация НАТО нанесла удары по аэродромам базирования истребителей-бомбардировщиков. С разрушенных ВПП «Орао» летать уже не могли.
Разведывательные полеты над Косово выполняли оснащенные фотоаппаратурой самолеты МиГ-21 П и IJ-22 «Орао», не исключено, что часть самолетов была оснащена аппаратурой радиотехнической разведки. Югославские разведчики летали не только над Косово. Один западный тележурналист заснял пару IJ-22 над городом Тропоя в северной Албании.
В Косово очень широко применялись вертолеты Ми-8 и «Газель», выполнившие 179 боевых вылетов, в ходе которых было перевезено 94 раненых и 113 пассажиров, пять тонн грузов. Также как и истребители-бомбардировщики, вертолеты летали на предельно-малых высотах, маневрируя ниже горных вершин, часто меняя курс и скорость. Интенсивно использовались вертолеты спецназа. В ходе выполнения боевого задания 1 марта 1998 г. повреждения получил вертолет Ми-24. «Крокодил» выполнил вынужденную посадку, позже Ми-24 отремонтировали. Вертолеты Ми-24 наносили удары по военным лагерям косоваров, расположенным не только в Косово, но и в западной части Албании. 27 июня четыре вертолета эвакуировали сотню полицейских и спецназовцев, которые шесть дней держали оборону в окруженной отрядами УЧК деревне Кичево. В августе в районе Печа действовали противопартизанские самолеты J-20 «Крагуй» спецназовской эскадрильи.
В Косово летали транспортные самолеты Ан-26. Вероятно, некоторые полеты выполнялись не только с целью перевозки людей и грузов. Западные аналитики полагают, что Ан-26 вели разведку.
НАТО реагировало на события в Косово угрозой нанесения воздушных ударов по Югославии. В июне с целью демонстрации силы были проведены учения «Determined Falkon», в которых приняли участие 68 боевых самолетов. В Белграде угрозы со стороны НАТО воспринимали очень серьезно, но что могли сербы противопоставить качественно и количественно превосходящему противнику? Перебазирование звена МиГ-29 из Батайницы в Ниш? Успехом стало само по себе перебазирование, выполненное скрытно: истребители выполнили перелет в радиолокационной тени транспортного Ан-26.
Дипломатические усилия, предпринятые в октябре 1998 г. несколько успокоили ситуацию. В соседнюю Македонию на случай обострения обстановки прибыл контингент НАТО – по батальону англичан, французов, голландцев, немцев и итальянцев. Группировка имела в своем составе вертолеты. Хрупкое перемирие продержалось в Косове до весны 1999 г. Западные дипломаты на переговорах во Франции дважды пытались добиться от обеих сторон приемлимого компромисса. В конце марта окончательно стало ясно, что переговоры провалились. НАТО получило карт-бланш на использования для решения проблемы косоваров воздушной мощи. Налетами авиации Запад надеялся принудить Милошевича принять план мирного урегулирования ситуации в Косово.