Новое более толстое и жесткое крыло выполнено с использованием геометрического уступа на передней кромке. Крыло с подобным уступом имел самый старый F/A-18 моделей А/В, а вот на усовершенствованной модели С/D применялось крыло без уступа… Крыло увеличенного размаха позволило также увеличить на два количество подкрыльевых пилонов для подвески вооружения
В крыле стало возможным разместить дополнительно 1360 кг топлива (суммарная емкость внутренних баков стала на 33 % больше, чем у F/A-18C). Топливные баки также расположены между килями и в верхней части фюзеляжа.
За счет удлинения стоек опор шасси стало возможным подвешивать на центральный подфюзеляжный пилон топливный бак емкостью 1800 л, в то время как на F/A-18C/D используются подфюзеляжные подвесные баки емкостью 1250 л. Общая масса топлива F-18E/F с пятью подвесными баками составляет 14 т.
Использование крыла большей площади положительно отразилось на управляемости самолета в области малых скоростей, посадочная скорость снизилась на 18 км/ч. А еще крыло большей площади в сочетании с усиленной конструкцией планера и шасси позволило устранить наиболее часто критикуемый недостаток исходного самолета — малую максимальную посадочную массу. Максимальная масса полезной нагрузки, с которой допускалась посадка на авианосец самолета F/A-18C, составляет 2495 кг, для F/A-18E этот параметр равен 4490 кг, для F/A-18F — 4080 кг.
Очевидное внешнее сходство провоцирует обманчивое представление о том, что «Супер Хорнет» представляет собой масштабно увеличенный F/A-18C/D. Однако согласно заявлениям представителей фирмы «Боинг» (фирма «Боинг» поглотила фирму «МакДоннелл-Дуглас», выпускавшей F/A-18), конструкция «Супер Хорнета» обновлена на 90 %. Планер радикально перепроектирован с целью снижения его массы. Объем использования композиционных материалов возрос вдвое: конструкции из композитов составляют 22 % массы планера, причем применяется более жесткий и прочный материал. Применение алюминиевых сплавов снизилось с 50 % в конструкции F/A-18C/ D до 29 % у F/A-18E/F. Из алюминия изготовлены носовая часть фюзеляжа, наплывы крыла и элероны; из КМ — центральная и хвостовая части фюзеляжа, кили, крылья и стабилизаторы. Силовой шпангоут с узлами крепления плоскостей крыла на F/A-18C/D изготавливался из алюминиевого сплава. По опыту эксплуатации самолетов этих модификаций прочность узлов крепления была признана недостаточной. На F/A-18E/F шпангоут выполнен из титана. Недостаточной также была признана и прочность опор шасси "Хорнета". На "Супер Хорнете" стойки опор выполнены из стального сплава Аэрмет-100 вместо сплава 300М. Сплав Аэрмет 100 имеет большую прочность и впервые используется в авиационных конструкциях.
На F/A-18E/F удалось резко уменьшить количество сборочных единиц, сократить время и стоимость обработки и сборки отдельных агрегатов и планера в целом за счет применения крупномерных деталей. Конструкция F/A-18C/D состоит из 14100 узлов, а конструкция F/A-E/F — только из 8100. К примеру, силовой шпангоут носовой части фюзеляжа сделан моноблочным вместо сборного, состоящего из 90 деталей, применяемого на F/A-18C/D.
Втрое уменьшено количество деталей в конструкции наплывов крыла. Крыло имеет на один лонжерон меньше. Меньше стало и нервюр.
При заданной по спецификации массе пустого самолета, предъявляемого к летным испытаниям в 13860 кг, первый опытный F/A-18E имел фактическую массу на 450 кг меньшую — достаточно редкий случай в истории авиации.