Повышение выживаемости стояло в числе приоритетов при разработке «Супер Хорнета» на третьем месте. Аналитики считают, что живучесть F/A-18E/F удалось повысить по сравнению с «Хорнет» в пять раз. «Супер Хорнет» не является самолетом «стелс», но его ЭПР существенно ниже, чем у истребителей 4-го поколения. В конструкции планера использованы элементы технологии «стелс». Масса элементов, изготовленных из радиопоглащающих материалов, составляет 70 кг. РПМ использованы, главным образом, при изготовлении передних кромок крыла, килей и стабилизатора, из них изготовлены обтекатели приводов элеронов и шарнира посадочного гака. Снижению ЭПР также способствуют зигзагообразные передние и задние кромки створок ниш основных опор шасси и уменьшение зазоров между панелями обшивки и лючками. С оглядкой на технологию «стелс» выполнены воздухозаборники двигателей. Им придано ромбоидальное сечение, как у воздухозаборников истребителя F-22. Каналы подвода воздуха к двигателям слегка искривлены в двух плоскостях и частично экранируют компрессоры двигателей; в каналах перед лопатками компрессоров установлены радиальные пластины, рассеивающие электромагнитное излучение, отраженное лопатками компрессора… В результате этих усовершенствований ЭПР "Супер Хорнета" даже уменьшилась по сравнению с F/A-18C/D, хотя размеры планера значительно возросли.
К средствам снижения заметности разработчики самолета справедливо относят аппаратуру бортового комплекса обороны. В его состав входят усовершенствованный приемник предупреждения об электромагнитном облучении, аппаратура постановки помех и буксируемая ложная цель ALE-55. Количество отстреливаемых ИК-ловушек (или дипольных отражателей) увеличено вдвое (с 60 у «Хорнета» до 120 у «Супер Хорнета»).
Важнейшим фактором повышения боевой живучести считается установка сухой системы пожаротушения, срабатывающей в автоматическом режиме по сигналам одного или нескольких из 14 оптических датчиков. Баллоны с инертным газом установлены в нижней части фюзеляжа рядом с магистралями гидросистемы и электропроводкой системы управления полетом.
Компьютерное моделирование показало, что по сравнению с F/A- 18С выживаемость F/A-18E/F в воздушных боях с истребителями увеличена на 40 %, а в случае противодействия только наземной ПВО — на 80 %.
Увеличение массы и размеров планера привело к увеличению моментов инерции "Супер Хорнета" относительно всех трех осей, поэтому, дабы сохранить маневренность нового истребителя-бомбардировщика на уровне F/A-18C/D, разработчики увеличили скорость отклонения всех управляющих поверхностей, для чего давление рабочей жидкости в гидросистеме повышено с 210 до 350 кг/ см^2.
Серьезной модернизации подверглась система управления полетом. На F/A-18E/F используется цифровая электродистанционная САУ с четырехкратным резервированием, разработанная фирмой «Локхид-Мартин». При этом от резервной механической системы, установленной на модели C/D, полностью отказались. Тросовая проводка сохранилась только в механизме выпуска посадочного гака. Использование полностью электронной системы управления позволило уменьшить запас статической устойчивости, за счет чего стало возможным сохранить маневренные характеристики на уровне меньших по массе и габаритам F/ А-18 предыдущих вариантов. Новая ЭДСУ вкупе с аэродинамическими улучшениями позволяет F/A-18E/F маневрировать с углами атаки 40 град. В случае отказов или повреждений элементов системы управления или поверхностей управления ЭДСУ «переконфигурируется» без вмешательства летчика. Так, при повреждении одной из консолей стабилизатора, управление осуществляется с помощью других аэродинамических поверхностей. Более сложная ЭДСУ потребляет большую мощность, поэтому количество источников электроэнергии пришлось увеличить с трех на С/D до девяти на E/F.
Наиболее бросающимся в глаза внешним отличием "Супер Хорнета" от просто "Хорнета" являются прямоугольные воздухозаборники, имеющие большую площадь сечения по сравнению с полукруглыми воздухозаборниками F/A-18C/D. Применение новых воздухозаборников вызвано установкой на самолет новых двигателей с большим расходом воздуха; воздухозаборники данного типа также позволяют расширить допустимый диапазон углов атаки.
На F/A-18E/F установлены два ТРДДФ Дженерал Электрик F414, разработанные на основе ТРДДФ
F404 самолета «Хорнет». В определенной степени двигатель F414 является увеличенным вариантом ТРДДФ F404, вместе с тем в его конструкции использованы решения, апробированные на перспективном двигателе Дженерал Электрик YF120, предназначенном для установки на истребители, и ТРДД F412, разрабатывавшемся для малозаметного ударного самолета А- 12. Мощность ТРДДФ F414 увеличена на 35 % в сравнении с двигателем F404-400 самолетов F/A-18A/ В и на 25 %, больше, чем у ТРД F404- 402 самолетов F/A-18C/D.