Аральский гидроотряд (начальник до декабря — морской лётчик Б.В. Глаголев, с августа 1920 г. — морской лётчик Э.М.Лухт.) к маю 1920 г. базировался в Николаеве. Отряд начали формировать в начале декабря 1919 г. и предназначался он для Аральской флотилии, но по различным причинам его задержался в районе Самары. В конце апреля отряд направили на Юго- Западный фронт, и, в конечном итоге он оказался в Николаеве, имея, в боевом составе четыре лодки и пять лётчиков.
Одесский гидроотряд (начальник — морской летчик Гаркавин) и гидроотряд Днепровской военной флотилии имели один исправный самолёт (начальник — летчик В.Н. Филиппов).
После взятия Энзели боевые действия на Волге и в северной части Каспийского моря закончились и распоряжением штаба морских сил республики в июле 1920 г. на юг перевели два дивизиона Волжско-Каспийской воздушной бригады (начальник — морской лётчик С.М.Негеревич) за исключением одного гидроотряда. Дивизионы распределили по нескольким районам: 1-й дивизион убыл на Азовское море (четыре М-9 попали в Мариуполь, истребители базировались в 15 км от него у станции Сартана. Начальник дивизиона — морской лётчик К.Н.Ганулич). Эксплуатация летающих лодок М-9 затруднялась отсутствием оборудованных гидроаэродромов (единственный гидроспуск находился в Таганроге, ангаров не было, гидросамолёты стояли на земле). Вскоре на помощь ему прислали два М-9 из Туапсе. 2-й дивизион оставили в Николаеве, куда из-за обстрела с левого берега Днепра перебазировался и Днепровский гидроотряд. На берегу Днепровско-Бугского лимана в Очакове построили гидроспуск и площадку для самолётов истроотряда 2-го дивизиона.
С прибытием указанных подразделений была создана воздушная бригада Черного моря из 30 самолётов различного типа, оперативно подчинённая начальнику воздухфлота Юго-Западного фронта (помощник начальника воздушного флота фронта по гидроавиации — М.М.Сергеев). Штаб бригады располагался в Одессе.
Морской авиации предстояло вести воздушную разведку в районах Одесса — Очаков — Перекоп, северной и восточной части Азовского моря, Керченском проливе и Кавказском побережье; отражать налеты авиации противника на Очаков, Николаев, Мариуполь и наносить удары по его кораблям и войскам. Поскольку обстановка не способствовала организации централизованного управления, действия авиации носили эпизодический характер. Так, 19 июня начальник Азовского гидроотряда Б.В. Глаголев, при ведении разведки на М-9 в районе Николаев — Кинбурнская Коса — Очаков, обнаружил подводную лодку, обстрелял ее, а затем сбросил несколько бомб, правда, безуспешно. Начальник Одесского гидроотряда Гаркавин, выполняя 25 июня на самолёте «Эльфауге» полёт по маршруту, обнаружил у о. Долгий в Ягорлыцком заливе транспорт в охранении катеров и тральщиков. Гаркавин с высоты 50 метров сбросил несколько бомб: одна взорвалась на корме тральщика, вторая — у машинного отделения, третья — у борта. Корабль стал тонуть. С катеров открыли огонь по самолету, повредили крыло и хвостовое оперение, но летчик благополучно вернулся на свой аэродром.
Упорные бои развернулись 15 июня за переправы через Днепр под Херсоном. У противника был отбит г. Станислав и несколько других населенных пунктов на берегу Днепра. В успехе наших войск решающую роль сыграли действия гидросамолетов Днепровского гидроотряда, систематически бомбардировавших войска и переправы противника.
Готовясь к контрнаступлению, противник сосредоточил войска и технику в районе Алешки, Голая Пристань. Морские летчики В.Н. Филиппов, Э.М. Лухт, механики А.В. Шляпников и П. Орлов на самолетах М-9 нанесли внезапный бомбовый удар по пристаням и плавсредствам противника. Через несколько часов налет повторили, а экипажу Александра Шляпникова с механиком Петром Орловым удалось разрушить штаб неприятеля.
15 сентября в Тендровский залив вошел транспорт противника и стал на якорь около крейсера «Кагул». Морские летчики В.Н. Филиппов, С.Е. Семененко и П.И. Гарусов, вылетев из Очакова на гидросамолетах М-9, атаковали корабли и сбросили на них 9 бомб. 21 сентября они вновь бомбили корабли, плавучую батарею противника в Тендровском заливе и авиабазу на полуострове Тендра, сбросив семь пудов бомб. Отмечались попадания в корму одного из эсминцев и пожары на базе противника.
Приданный Азовской флотилии 1-й воздушный дивизион принимал непосредственное участие в борьбе за господство на море. 14 сентября отряд из семи кораблей белой армии обстрелял побережье в районе Бердянска и ушёл в море. Для выяснения обстановки подняли самолёты. На следующий день экипажам удалось обнаружить отряд кораблей противника и выявить его состав. Используя получённые данные, отряд кораблей Азовской флотилии из трёх канонерских лодок под командованием С.А. Хвицкого вступил в бой с противником у косы Обиточная, длившийся семь часов, и нанёс ему поражение.