Приказом РВСР от 25 марта 1920 г. все авиационное, воздухоплавательное и гидроавиационное дело Республики объединили в Главное управление Рабочее-Крестьянского Красного Воздуш-ного Флота (РККВФ), учредили должность помощника начальника Воздухофлота Республики по гидроавиации (с 24 апреля – М.Ф. Погодин, с 28 сентября – А.П. Онуфриев). Ввели также должность помощника начальника Воздушного флота действующей армии и флота по гидроавиации (с июля 1920 г. – С.Э. Столярский) и помощников начальников флотов приморских военных округов и фронтов по гидроавиации. Начальники воздушных дивизионов теперь подчинялись морскому командованию только в оперативном отношении.
О том, в каком состоянии находилась авиация, даёт представление доклад штаба Красного воздушного флота от 20 июня 1920 г., подписанный Врид. нач. Воздухофлота красным военным лётчиком Павловым.
«Боевой состав Красного воздушного флота, на котором всецело отзывается катастрофическое положение авиационной промышленности, иногда не в состоянии дать должный отпор противнику, снабжённому английскими и французскими системами самолётов последних выпусков. Жалкие остатки давно отжившего хлама ежемесячно готовят десятки дорогих могил…
Мы переживаем момент, когда снабжение армий самолётами и необходимыми техническими материалами для ремонта находятся в крайне тяжелом состоянии. Благодаря изношенности самолётов, системы которых давно уже забыты в западной Европе, получается громаднейший процент смертей, доходящий до сумасшедших цифр».
В сентябре-октябре 1920 г. РВСР принял также несколько организационных документов: «Положение о морской авиации РСФСР в военное время», «Положение о начальнике Воздушного флота моря и состоящем при нем штабе», «Положение о воздушном гидродивизионе».
По Положению морские самолёты соединялись в гидродивизионы из трёх отрядов, из которых два гидро- и один истребительный отряд. Каждый отряд состоял из четырех-шести самолётов. По местным условиям гидродивизионы могли иметь от двух до четырёх отрядов. При наличии в отдельном море свыше одного дивизиона, общее руководство и управление ими вверялось начальнику воздушного флота моря. В оперативном отношении морская авиация подчинялась командующему флотом, во всех остальных отношениях – начальнику главного управления РКК ВФ через его помощника на фронте – начальника авиации действующей армии.
Приказом РВСР № 2294/506 от 31 октября, № 2449/478 от 10 ноября 1920 г. и № 2666/506 от 27 ноября 1922 г. морскую авиацию подчинили Главвоздухофлоту, в оперативном отношении она оставалась в распоряжении морского командования.
В конце 1920 г. вся боевая авиация насчитывала 228 самолётов, сильно изношенных и разнотипных. Морская авиация, состоявшая из четырех разведотрядов, четырех истргидроотрядов и четырех дивизионов, имела всего 90 самолётов и штатную численность 2430 человек.
26 декабря 1920 г. воздушную бригаду переименовали в Воздушный флот Балтийского моря, его начальником назначили морского летчика Л.М. Перцеля. Сформировали 1-й и 2-й разведывательные авиаотряды и 1-й истребительный авиаотряд.
Тогда же воздушную бригаду Волжско-Каспийской флотилии переименовали в Воздушный флот Черного и Азовского морей. Начальником его назначили морского летчика М.М. Сергеева. К 23 марта 1921 г. формирование штаба Воздушного флота Черного и Азовского морей завершилось.
Вместо гидродивизионов, существовавших в морской авиации как основная организационная и административно-хозяйственная единица, перешли к отрядной системе (гидроавиационные и морские истребительные). После таких преобразований в воздушном флоте Черного и Азовского морей осталось три отряда: второй, третий и четвертый. Созданный в 1918 г. после разгрома Врангеля 2-й истребительный отряд под командованием морского летчика В.Н. Лаврова базировался в Одессе. Из остатков 12-го армейского авиационного отряда в Москве сформировали 3-й отряд, доукомплектовав его летчиками, матросами и солдатами. Он получил название гидроавиационного. После войны отряд базировался в Одессе. С 1922 г. им командовал А. Шляпников. С историей этого отряда связано имя С.П. Королева, который, будучи учеником строительной школы, проводил много времени на гидроаэродроме, выполняя обязанности нештатного механика на самолете М-9 пилота К. Боровикова. В бухте Нахимова базировался 4-й отряд, состоявший из трофейных самолётов «Альбатрос», захваченных у врангелевцев. В течение двух лет отрядом командовал морской лётчик Б. Чухновский. Центральную гидроавиационную станцию разместили в Киленбухте (Севастополь). Ее возглавил инженер-механик Е. Андреев. Личный состав станции ремонтировал самолеты и приводил в порядок авиационное имущество.
К концу 1921 г. в морской авиации оставалось 36 самолетов и 622 человека личного состава. На действующие части морской авиации возлагались следующие задачи: воздушная разведка и наблюдение за противником; охрана судов и береговых объектов от налетов вражеской авиации и их отражение; обеспечение воздушной связи флота (флотилии) со штабами фронта и армии.