Активно применялись в боевых действиях и эквадорские «Миражи» F1. 10 февраля 1995 г. пара истребителей совершала боевой вылет, пытаясь перехватить воздушные цели, замеченные над спорной территорией. Перед входом в зону боевых действий у эквадорских самолетов сработала система оповещения о радиолокационном облучении (предположительно, «Миражи» F1 были засечены перуанскими истребителями «Мираж» 2000). Однако, невзирая на опасность, эквадорцы продолжали полет. Вскоре БРЛС одного из «Миражей» F1 зафиксировала два перуанских самолета (предположительно Су-22). Эквадорские летчики выпустили три ракеты R.550 «Мажик» и, по их докладам, сбили обоих перуанцев. Так как станция оповещения об облучении продолжала выдавать тревожный сигнал, «Миражи» F1 спустились на предельно малую высоту («на уровень джунглей»), разогнались до сверхзвуковой скорости и вышли из боя.
Однако по официальным данным ВВС Перу, потерь истребителей-бомбардировщиков в воздушных боях с ВВС Эквадора вообще не было: один Су-22 был сбит эквадорской зенитной артиллерией, а другой разбился по техническим причинам (потерю штурмовика А-37В в воздушном бою командование Перу, тем не менее, подтвердило).
В феврале 1995 г. бои на земле и в воздухе прекратились. Эквадор и Перу подписали т.н. «Декларацию Монтевидео», положившую конец военному противостоянию сторон. Война была официально завершена.
А в конце 1997 г. эквадорский «Мираж» F.1AJ провел, пожалуй, самый необычный в своей истории воздушный бой. Он обстрелял из 30-мм пушки патрульный самолет ВМС США Р-3 «Орион», нарушивший воздушное пространство страны. В результате американский самолет получил повреждения и с трудом совершил вынужденную посадку.
За последующие годы парк эквадорских ВВС заметно обновился, причем летательные аппараты производства США, Израиля и европейских стран потеснили самолеты и вертолеты из Канады, Венесуэлы, Индии, Бразилии.
В 2009 г. в Эквадор начались поставки шести «бывших в употреблении» истребителей-бомбардировщиков Дассо «Мираж» 50 (доработанные во Франции истребители типов «Мираж» IIIE и «Мираж» V). Кроме того, Эквадор приобрел еще четыре самолета «Мираж» 50, которые предполагалось использовать в качестве источников запасных частей.
Последнее приобретение, направленное на повышение боевого потенциала эквадорских ВВС – 12 южно-африканских истребителей Атлас «Чита» C/D (доработанные в ЮАР в конце 1980-х гг. с использованием опыта создания израильского самолета «Кфир» все те же истребители «Мираж»ШЕ). Следует сказать, что «Читы» С/D были получены от Венесуэлы (где они раньше эксплуатировались) в 2012-2013 гг., после того, как правительство Боливарианской Республики приобрело российские Су-30МКВ.
Кроме того, в Бразилии для пополнения парка учебных Т-34 (сейчас на вооружении 12 таких машин) было закуплено 18 учебно-боевых самолетов ЕМВ-314 «Супер Тукано», которые в Эквадоре классифицируются как «легкие истребители». С 2012 г. эти машины заменяют устаревшие штурмовики американского производства А-37В «Дрэгонфлай» производства 1960-1970-х гг. ВВС Эквадора также проявляют интерес к относительно недорогим реактивным учебно-тренировочным самолетам углубленной подготовки CATIC К-8 (Китай) и FADEA АТ-63 (Аргентина), которые в случае необходимости могут быть использованы и как легкие штурмовики. В марте 2012 г. из Канады было получено 12 самолетов первоначального обучения Диамонд DA-20G-1. Приобретены также две наземных радиолокационные станции дальнего обнаружения и две маловысотные РЛС.
Однако следует сказать, что техническое состояние вновь полученных машин не всегда находится на должном уровне. Так, половина «Супер Тукано» в настоящее время еще небоеспособны. Имеются проблемы с эксплуатацией истребителей «Кфир» и «Чита» (на данный момент все «ягуары» и «миражи», включая относительно недавно приобретенные «пятидесятки», находятся на хранении). Закупка этих самолетов, изначально находящихся в эксплуатации уже в течение многих лет, может рассматриваться лишь как временная мера по повышению боеспособности эквадорских ВВС. Перед министерством обороны страны стоит проблема неизбежной замены этих самолетов в обозримой перспективе на новый тип истребителя (который еще нужно определить). Похоже, правительственное решение по этому вопросу потребуется принимать уже в ближайшее время.
Что касается военно-транспортной авиации, то четыре устаревших самолета Хоукер Сиддли HS.748, созданных еще в 1960 г. (один на хранении), заменяют тремя испанскими С-295М (один уже поставлен). В более отдаленной перспективе рассматривается возможность приобретения в Бразилии и новейших средних военно-транспортных самолетов/самолетов-заправщиков Эмбраер КС-390. В настоящее время в составе военно-транспортной авиации ВВСЭквадораимеютсятакжетри ВТС С-130 (один на хранении), два «Твин Уоттера», два реактивных «Сейбрлайнера». К воздушным перевозкам привлекаются два пассажирских реактивных лайнера Эмбраер ЕМВ-190 и один ЕМВ-170.