Завершив подготовку самолета к перелету на аэродром ГК НИИ ВВС, в ОКБ-115 ожидали соответствующего указания военных на его выполнение. Однако такового так и не последовало ни в конце июня, ни в начале июля. Военные считали, что ОКБ-115 необходимо устранить все выявленные при осмотре Як-50 №02 замечания. В связи с этим 8 июля в АТК ВВС состоялось совещание с участием главного конструктора по вопросу приемки машины на госиспытания. В итоге было достигнуто соглашение по всем пунктам перечня за исключением вопроса по установке на самолет автономного запуска, по которому требовалось принятие совместного решения ВВС и МАП.
После состоявшегося у заместителя председателя Совета Министров СССР Н.А. Булганина совещания, 21 июля ГК НИИ ВВС получил указание главнокомандующего ВВС П.Ф. Жигарева о приемке самолета на госиспытания. Через пять дней представители института произвели осмотр самолета. Замечаний по материальной части у комиссии не было, и после проведения контрольного полета Як-50 №02 планировалось передать военным. Однако на этом снова все замерло, а в начале августа ВВС потребовали от ОКБ-115 проведение полетов на высший пилотаж. Также стоит отметить, что в ходе заводских испытаний не проводились испытания машины на штопор.
Для разъяснения позиции ВВС П.Ф. Жигарев направил 22 августа на имя Н.А. Булганина докладную записку о причинах, препятствующих принятию самолетов Як-50 и И-320. В ней в частности отмечалось, что ВВС не могут принять Як-50 на госиспытания, так как на самолете не установлен автономный запуск двигателя и во время заводских испытаний не были выполнены вертикальные фигуры высшего пилотажа. В связи с этим главком просил дать указание МАП об ускорении доводки самолета.
Главному конструктору пришлось опять договариваться с П.Ф. Жигаревым, которому он обещал провести полеты на штопор в конце госиспытаний, а полеты на фигуры высшего пилотажа до передачи самолета военным. Главком ВВС пообещал дать указание о приемке самолета. Но и в этот раз чуда не произошло. Лишь в октябре 1950 г. ситуация с передачей истребителя-перехватчика Як-50 №02 на государственные испытания сдвинулась с мертвой точки.
В своем письме от 5 октября на имя Н.А. Булганина главный конструктор А.С. Яковлев высказал свою позицию по поводу установки на Як-50 системы автономного запуска двигателя. По его мнению, это лишние килограммы и для легкого дневного перехватчика эта система не обязательна. А 7 октября, пока на «Дублере» занимались доводкой шасси и тормозов, на первом опытном экземпляре С.Н. Анохин выполнил вертикальные фигуры высшего пилотажа. На высоте 4000 м он сделал иммельман с набором 2000 м и выполнением на высоте 6000 м двух переворотов. Также с высоты 4000 м была выполнена мертвая петля. На иммельмане и в первой половине петли Як-50 №01 вел себя нормально. Во второй половине петли на приборной скорости порядка 580 км/ч перед выходом машины из отвесного пикирования возникла сильная тряска ручки и педалей, которая прекратилась при переходе самолета на меньшие углы атаки.
Стоит отметить, что 21 июня на Як-50 №01 также проводилась оценка вертикальной маневренности самолета. По заданию летчику наряду с определением взлетно-посадочных характеристик предстояло сделать на высотах 2000 и 8000 м горку и боевые развороты, правый и левый. Но из-за облачности фигуры удалось выполнить лишь на высоте 3000 м. Поведение самолета при выполнении указанных фигур было нормальным.
10 октября С.Н. Анохин выполнил на «Дублере» рулежку и скоростную пробежку после замены подкрыльных стоек новыми и установки на них колес с металлическими цепочками. Самолет на рулежке вел себя нормально и в этот же день был выполнен контрольный полет на высоте 3000 м. После полета летчик отметил, что самолет незначительно валит влево и необходимо уменьшить радиус разворота на рулежке.
Правительственная комиссия по проведению государственных испытаний истребителя-перехватчика Як-50 была назначена Постановлением Совета Министров СССР 24 октября. Ее возглавил председатель – генерал-майор авиации Ф.Ф. Жеребченко. В состав комиссии также вошли заместитель председателя – генерал-лейтенант авиации А.С. Благовещенский и члены: генерал- майор авиации С.И. Миронов, полковники А.И. Покрышкин и Ю.А. Антипов, подполковник А.И. Заморин, инженер-майоры В.П. Белодеденко и В.Б. Лагунов.