После окончания войны в системе организации учебы отказались от поточного обучения летчиков, необходимого для скорейшей подготовки как можно большего количества пилотов. Стране стали нужны высококвалифицированные кадры. В конце 1940-х гг. курсант учился уже 3 полных года с получением при выпуске квалификации «пилот-техник». На вооружение стали поступать самолеты новых типов, в том числе Як-18 и Ла-9 уже послевоенного выпуска. В 1946 г. вновь был образован морской учебный полк, в котором обучение проходило на самолетах МБР-2, Бе-4, «Каталина». В 1949 г. морской полк провел крайний выпуск, в последующем он был переучен на самолеты Ли-2.
А в 1950 г. реактивная эра докатилась и до Ейска: летом в разобранном виде прибыл первенец МиГ-15, уже 28 сентября самолет совершил свой первый полет. За зимне-весенний период данный вид техники освоили летчики-инструкторы, а уже весной 1951 г. началось обучение курсантов. Через год Ейское училище впервые закончили летчики-истребители, освоившие реактивную технику. А еще в 1950-е гг. в училище стали готовить техников-метеорологов.
В 1956 г., вслед за переподчинением училища из состава флота в ВВС, училище вновь меняет название: сначала на Ейское ордена Ленина военное авиационное училище имени Сталина, а с октября 1957 г. – на Военное ордена Ленина авиационное училище летчиков имени Сталина.
15 ноября 1959 г. училище приобретает статус высшего учебного заведения, с этого времени выпускники стали обретать квалификацию «летчик-инженер». Был введен четырехгодичный курс обучения, кардинально изменена система обучения, появились научные и технические кафедры, созданы новые лаборатории, тренажеры. Для повышения квалификации инструкторского состава и авиационных специалистов, на базе училища создается заочное отделение.
В 1961 г., на фоне борьбы с культом личности, из названия училища изымается имя Сталина. В том же 1961 г. изменяется профиль подготовки на истребительно-бомбардировочную авиацию, а со следующего года для повышения уровня подготовки, в программу обучения вновь вводят ночные полеты.
24 августа 1962 г. небо над Ейском разрезает новейший сверхзвуковой истребитель-бомбардировщик Су-7. Уже в 1963 г. часть курсантов сдавали летный экзамен на этом самолете. Сама система летного обучения проходила в несколько этапов: первоначально курсантов «вывозили» на Як-18, с последующим переходом на МиГ-15 (до 1964 г.) и МиГ-17 (с 1963 по 1978 гг.). Начиная с 1964 г. курсанты 4-го курса осваивали одноместный боевой Су-7, а с 1968 г. – учебные Су-7У. В конце 1963 г., в училище начался закат «поршневой эры», на вооружение стали поступать чешские учебно-тренировочные Л-29, которые полностью вытеснили Як-18.
В 1967 г. училище получило имя летчика-космонавта Владимира Михайловича Комарова. С этого времени полным наименование учебного заведения стало Ейское высшее военное авиационное ордена Ленина училище летчиков имени дважды Героя Советского Союза летчика-космонавта В.М. Комарова. С 1968 по 1972 гг. в Ейске также готовили штурманов наведения, в последующем этот курс был переведен в Крым с переподчинением училищу штурманов в Ворошиловграде (Луганск).
Весной 1981 г. в Ейск поступают первые Су-17, один из них стал символом города, расположившись в 1988 г. на постаменте на Площади авиаторов. В 1986 г. в училище стали поступать первые Л-39 «Альбатрос», заменяя собой не только «Дельфины», но и Су-17. С 1989 г. курсанты заканчивали обучение именно на Альбатросах.
Кроме основных полков, в училище еще существовало до четырех учебных авиационных полков. Авиационно-технические базы и учебные полки располагались не только в Ейске, но и в Буденновске, Таганроге, Миллерово, Зернограде, Егорлыкской, Батайске, Погорелово. В последующем, Таганрогский учебный полк был выведен в самостоятельную единицу, на базе которого с 1989 г. проходили переподготовку на боевые Су-17МЗ летчики, в том числе и выпускники Ейского авиационного училища.
В 1992 г. из стен училища вышел крайний выпуск летчиков. В стране началось закрытие военных ВУЗ-ов. Спасением альма-матер стало перепрофилирование ее на обучение специалистов по управлению воздушного движения.
И все же, Ейское училище было упразднено, хотя на его базе и создали филиал Качинского высшего военного авиационного училища летчиков. В марте 1995 г. Ейская альма-матер переходит в переподчинение Краснодарскому высшему военному авиационному училищу имени Серова. У школы появилось новое имя: Ордена Ленина имени дважды Героя Советского союза летчика-космонавта СССР В.М. Комарова филиал КВВАУ. В 2000 г. училище вновь переподчиняют, оно становится филиалом Военно-воздушной Краснознаменной ордена Кутузова академии имени Ю.А. Гагарина.