Весна 1941 г. принесла некоторые изменения. Полк в апреле был выведен из состава 11-й НАД и переброшен с аэродрома Минск - Мачулище на аэродром в Белостоке, с включением в 9-ю САД. Кроме того, практически одновременно с перебазированием,личный состав полка начал перевооружение на новейшие истребители МиГ-1 и МиГ-3. Поэтому, как и в 1940 г., развернуть полноценную учебу весной 1941 г. части вновь не удалось. Вплоть до 1 июня 1941 г. личный состав налетал всего 667 ч 32 мин, из них всего 60 ч 50 мин (195 полетов) на МиГ-1/3, то есть меньше 10 ч налета на каждого из 82 пилотов полка. Еще хуже обстояли дела с боевой подготовкой: за пять месяцев 1941 г. пилоты полка выполнили всего 10 стрельб по наземным мишеням (в январе), а по конусу в воздухе не стреляли вообще. Новейшие самолеты МиГ-1/3 имели массу технических недостатков и детских болезней, были перетяжелены и обладали большой нагрузкой на органы управления, что сильно тормозило освоение самолета личным составом. 14 мая в катастрофе при облете МиГ-3 погиб один из опытнейших пилотов полка командир 4-й эскадрильи капитан Г.А. Тихонов, имевший более 1700 ч налета. Еще больше усугубило ситуацию то, что в первых числах июня полк передал 25 И-16 во вновь формируемый 184-й ИАП (в части в качестве переходного самолета для освоения МиГ-1/3 осталось всего четыре И-16), далее боевую подготовку необходимо было проводить исключительно на МиГ-3.
По сути, к началу войны 124-й ИАП представлял собой учебную часть, командный состав которой осваивал новые самолеты для того чтобы впоследствии организовать переучивание остального личного состава и развернуть полноценную УБП. В июне к уже имеющимся трудностям с техническим состоянием самолетов добавились серьезные проблемы с состоянием вооружения. При попытке начать учебные стрельбы выяснилось, что большая часть синхронных пулеметов банально отказывает, синхронизаторы выходят из строя, что привело к прострелу лопастей. При осмотре вооружения 4 июня 1941 г. на 50 самолетах полка было выявлено, что у большинства машин есть производственный дефект синхронизаторов. Бригада завода №1 и техсостав полка выполняли переделку синхронизаторов и пристрелку пулеметов, что в купе с приказом 10 июня 1941 г. года снять подкрыльевые пулеметы БК делало ситуацию с боеготовностью части угрожающей. Не так давно историк М. Мельтюхов опубликовал спецсообщение 3-го управления НКО №37928 от 15 июля 1941 г., о причинах потерь 41-го и 124-го ИАП 22 июня 1941 г. В части касающейся 124-го ИАП, отмечено что решить вопрос со штатной работой синхронизаторов до начала войны не удалось: «У большинства истребителей МиГ-3 не стреляли пулеметы, так как бригада завода № 1 не успела отрегулировать их...»
К 22 июня 124-й ИАП базировался на аэродромах Высоко-Мазовецк и Ломжа. В Высоко-Мазовецке располагались все боеготовые подразделения полка, перевооруженные на МиГ-3, в составе которых имелось 55 МиГ-3, один МиГ-1, 11 Ут-1 и три У-2. На аэродроме Ломжа базировались четыре И-16 и пять УТИ-4, на которых тренировались молодые пилоты перед выпуском их на МиГ-3. Кроме того, на аэродроме Белосток в ангарах стояли 9 законсервированных МиГ-3 и один неисправный МиГ-1. В части имелось 82 пилота, из которых 63 были выпущены на МиГ-3.
Как и большинство частей ВВС приграничных округов полк был поднят по боевой тревоге около 02:00 22 июня и был приведен в полную боевую готовность согласно Директиве №1, однако из-за противоречий в тексте директивы, как и в большинстве других частей и соединений, командование полка не пошло на решительные действия и выжидало. В 04:20 утра на аэродром Высоко-Мазовецк был совершен налет немецкими бомбардировщиками. Согласно документов полка всего в налете, а скорее в налетах в 04:20 и 04:55 принимали участие 16 Ю-88 и 14 Ме-110 (не верно идентифицированы). На самом деле налет производили Do17Z из KG2 и Bf 109Е из II/JG 27 - Прим. Авт.). После первых сброшенных бомб в воздух начали подниматься самолеты 124-го ИАП, всего с 04:30 до 05:10 взлетели несколькими группами 28 МиГ-3. Однако согласно приказу командования советским пилотам было разрешено стрелять по самолетам противника, только в ответ на огонь противника, перелетать границу так же было запрещено. Немецкие бомбардировщики первыми стрелять по советским истребителям не торопились, и пользуясь близостью границы, ретировались на сопредельную территорию, поэтому первые взлетевшие группы самолетов 124-го ИАП воздушных боев не вели. Судя по всему, лишь после повторного налета в 04:55 часть летчиков уже без разрешения командования приняла решение сбивать самолеты противника.