Первая серийная машина поднялась в воздух в июле 1962 г. Производство самолета постепенно набирало обороты, и тут случилась трагедия. 31 октября при облете первого серийного Су-11 испытателем ГК НИИ ВВС В.М.Андреевым остановился двигатель. Самолет в тот момент находился над городом, и летчик решил не покидать машину. Посадить ее он попытался на окраине бывшего городского аэродрома, но погиб из-за больших ударных нагрузок. Эта катастрофа крайне негативно отразилась на судьбе нового перехватчика. Командующий авиацией ПВО Е.Я.Савицкий, и без того сильно обеспокоенный высоким уровнем аварийности при освоении Су-9 в строевых частях, получил лишний довод против Су-11. В тот момент А.С.Яковлев настойчиво пробивал в серию свой новый перехватчик Як-28П, всячески рекламируя его действительные и мнимые преимущества по сравнению с Суховскими машинами. Вскоре появилось решение, что впредь для повышения надежности на перехватчиках необходимо иметь два двигателя, с дублированием на каждом приводов систем электро- и гидропитания. В ОКБ П.О.Сухого как раз разворачивались испытания нового Т-58Д (будущего Су-15), который идеально вписывался в эту концепцию. На него и была сделана ставка, а в отношении Су-11 создателям самолета и двигателя было предписано принять серьезные меры для повышения надежности своих изделий, в частности, путем внедрения на борту системы автоматизированного контроля. Заказ на Су-11 был резко сокращен в пользу производства на заводе №153 Як-28П. Поэтому, хотя выпуск самолета и продолжался вплоть до начала 1965 г., но собрано было всего около ста машин, то есть в 10 раз меньше, чем Су-9!
Су-9 из 894-го ИАП на пробеге. Озерное, 1976 г.
Су-9 of the 894th ИАП landing roll operation. Ozernoye, 1976
T-5. Работы по этой теме велись по требованию заказчика для отработки силовой установки, включавшей два двигателя Р11Ф-300 (изделие 37Ф разработки ОКБ-300, главный конструктор С.К.Туман-ский). С октября 1957 г. по июнь 1958 г. в ОКБ переоборудовали Т-3 в самолет Т-5 (изделие 81-1). Хотя новые двигатели имели меньший диаметр по сравнению с АЛ-7Ф, для их размещения пришлось сильно расширить ХЧФ. Из-за меньшей длины Р11Ф-300 эксплуатационный разъем фюзеляжа пришлось перенести назад, с 28 на 34 шп. В промежуточной зоне фюзеляж расширялся, а единый воздушный канал разделялся на 2 отдельных рукава. За счет увеличения размеров топливного бака №3 суммарную емкость топливной системы удалось довести до 3480 л против 3180 л на Т-3. (Правда, при испытаниях, чтобы не превысить максимальную взлетную массу, в крыльевые баки пришлось недоливать около 150 л керосина.) Кроме того, на самолете установили новую носовую часть по типу Т43-1, доработали крыло в месте стыка с уширенной частью фюзеляжа, немного подрезав закрылки, и заменили проводку управления на жесткую. Т.к. новые двигатели имели систему запуска от стартер-генератора, а не от турбостар-тера, как АЛ-7Ф, то вместо одного генератора ГС-12Т были установлены 2 агрегата ГСР-СТ-9000А. Бустера БУ-30 и БУ-34 заменили на новые БУ-49. Ведущим по испытаниям самолета остался М.И.Зуев.
18 июля Ильюшин выполнил на Т-5 первый полет. Заводские испытания самолета велись без особой спешки – работа была чисто экспериментальная и предусматривала только определение основных ЛТХ. Всего сделали 26 полетов. В ходе испытаний, в частности, установили, что новая силовая установка дает на форсажных режимах большой избыток тяги и, несмотря на явное ухудшение аэродинамики самолета, в принципе обеспечивает достижение скоростей гораздо больших ограничений, налагаемых по прочности той же силовой установки (М‹2,0). Но неотработанность топливной автоматики Р11Ф-300 приводила к неустойчивой работе и частому погасанию форсажа при наборе высоты. Отмечалась и неустойчивая работа двигателей в процессе запуска, что объяснялось питанием обоих от одного общего воздухозаборника. Кроме того, самолет обладал неприемлемо малой степенью продольной устойчивости, точнее, он был практически нейтрален, что объяснялось сильным смещением центровки назад. В начале мая 1959 г. летные испытания Т-5 прекратили. Эта работа дала ОКБ необходимый опыт, пригодившийся при создании Су-15.
Т-39, Т-49. В рамках работ по повышению потолка Т-3 в 1958-1959 гг. в ОКБ спроектировали и начали изготовление опытного самолета Т-39, на котором предстояло опробовать возможность увеличения тяги двигателя путем впрыска воды в форсажную камеру. Для доработок был выделен третий предсерийный экземпляр самолета Т-3 (№00-03). На нем заменили ближайший к двигателю третий фюзеляжный топливный бак на 700-литровый бак с водой и установили в носовой части фюзеляжа дополнительный топливный бак. Самолет на испытания так и не вышел, т.к. в 1959 г. тему передали в ЦИАМ для стендовой отработки.