Первые серийные Т-43 поступили на вооружение полка ПВО, базировавшегося практически рядом с заводом №153, на аэродроме Толмачево. Это была обычная практика, рассчитанная на снижение издержек при освоении нового типа самолета за счет близости завода-изготовителя. Точно так же первые серийные МиГ-19 с завода №21 в Горьком попали на близлежащий аэродром Правдинск, а Су-7 с завода №126 в Комсомольске-на-Амуре – в дальневосточную Воздвиженку. Т-43 были переданы в часть в июне, одновременно из 148-го ЦБПиПЛС в полк прислали группу наиболее подготовленных летчиков для переучивания на новые самолеты. Командующий авиацией ПВО ген.-п-к Е.Я.Савицкий поставил перед личным составом задачу: в кратчайшие сроки освоить самолет и в дальнейшем участвовать в перегонке машин с завода в строевые части. Уже к началу июля на первых восьми самолетах было выполнено 72 полета с суммарным налетом около 30 часов, выпущено 6 строевых летчиков и прошли обучение еще 3. В дальнейшем переучивание было налажено следующим образом: на заводе №153 в Новосибирске и моторном заводе №45 в Москве летчики и инженерно-технический состав прослушивали теоретический курс, а практические навыки отрабатывались в учебном полку в Савостлей-ке. Переучивание каждой части начиналось с ее руководящего состава, после чего весь полк поэс-кадрильно переходил на новый перехватчик. Из-за отсутствия спарки вывозные полеты выполнялись на УТИ МиГ-15, затем, сдав зачеты, летчик начинал практическое освоение комплекса сразу на боевом самолете. Так продолжалось вплоть до 1962 г., когда с 30-го завода начали поступать Су-9У. Часть их направили в 148-й Центр, но по одной машине получил и каждый строевой полк. По неведомым причинам выпуск спарок был сильно ограничен, в строю их не хватало, поэтому в вооруженных Су-9 частях, наряду с Су-9У, продолжали использовать УТИ МиГ-15, а со второй половины 60-х гг. и Су-7У.
В 1959 г. освоение самолета проходило почти без происшествий, если не считать вынужденную посадку в Савостлейке заместителя начальника Центра п/п-ка М.К.Каснерика. Этот случай стоит описать подробнее, т.к. в дальнейшем подобное на Су-9 повторялось с пугающей периодичностью. 10 сентября, выполняя учебный перехват, по отказу РЛС летчик обнаружил отказ системы электропитания, прекратил выполнение задания и пошел на свой аэродром. Далее отказала автоматика двигателя, сильно упала тяга, самолет стал быстро снижаться, и лишь сброс ПТБ позволил вывести машину в горизонтальный полет на высоте 1200 м. После прекращения радиосвязи летчик попытался катапультироваться. Система притяга сработала штатно, но этим все и ограничилось, т.к. не сбросился фонарь кабины. В тот раз все закончилось благополучно: в довольно стесненных условиях Каснерик смог благополучно посадить аварийную машину, но сколько случаев, связанных с отказом в полете жизненно важных систем самолета, заканчивались катастрофами!
До конца 1959 г. с завода ушли 163 машины, из них более 150 – в строевые полки. Первыми перевооружались части, расположенные в Красно-водске на Каспии, Озерном и Стрые на Украине, Барановичах в Белоруссии, Килп-Явр под Мурманском, Карши в Узбекистане. Все самолеты перегонялись к местам постоянного базирования своим ходом. Из-за сравнительно малой дальности полета первых серийных машин это оказалось не такой уж простой задачей, т.к. требовалось иметь, на маршруте несколько промежуточных. аэродромов на расстоянии не более 1000 км друг от друга, что было весьма проблематично для Сибири и Дальнего Востока. В связи с этим у командования родилась мысль: для перегонки снабдить самолеты вместо штатных ПТБ специальным несбрасываемым баком увеличенной емкости. В ноябре 1959 г. конструкторы ОКБ предложили подвесить бак на существующие держатели снизу, вплотную к фюзеляжу (сейчас такой бак нарекли бы конформным, а тогда обозвали прилипалой). Расчеты показали, что с таким баком перегоночная дальность должна увеличиться чуть ли не вдвое. Но, выдвинув идею, военные в конечном счете сами ее и похоронили, т.к. начали требовать аварийного слива топлива из этого бака или его аварийного сброса, что реализовать практически оказалось невозможно.