Результат налета на Берлин признали неудовлетворительным. Вину за неудачу в основном возложили на Водопьянова, с командования дивизии его сняли. Далее Михаил Васильевич продолжал летать рядовым пилотом, оставаясь при этом в звании комбрига. Отличный и опытный летчик, он прекрасно справлялся с выполнением сложнейших заданий. Впоследствии оставаясь командиром экипажа ТБ-7, Водопьянов получил генеральское звание.
При назначении нового командира 51-й авиадивизии Сталин вспомнил о другом пилоте, также писавшем ему письмо с предложениями о создании специального бомбардировочного соединения. А.Е. Голованов выучился летать, работая в ОГПУ («органы» имели свою авиацию, через общество «Динамо» обучали сотрудников летать). В 1930-е гг. он находился на летной и руководящей работе в ГВФ. В финскую войну Голованов летал на «Дугласе», выполнял специальные задания. Взаимодействуя со строевыми пилотами, он пришел к выводу, что подготовки, особенно по части навигации, армейским летчикам не хватает. В начале 1941 г. Голованов написал письмо Сталину, в котором предлагал сформировать специальное соединение из особо подготовленных пилотов, которые могли бы летать в любых условиях и в любую погоду. Как и Водопьянов, он определил материальную часть такой особой воинской части в 100 самолетов. Сталин предложением заинтересовался. В результате, в феврале 1941 г. сформировали Отдельный 212-й дальнебомбардировочный авиаполк. Гражданский пилот Голованов получил звание подполковника и был назначен командовать этой частью. Несмотря на особое подчинение, с началом войны полк попал в самое пекло боев и использовался, в основном, в дневное время без истребительного прикрытия. Уже 28 июля из семидесяти двух ДБ-ЗФ в строю остались 14. А в августе Сталин назначил Голованова командиром 81-й авиадивизии. Новый комдив прибыл не с пустыми руками, с собой привел личный состав 212-го авиаполка.
432-й ДБАП до октября 1941 г. продолжал работать с аэродрома Пушкин, откуда был выполнен ряд налетов на Берлин и Кенигсберг. С приближением немецких войск полк перебазировался в г. Ковров Владимирской области. Летать до Берлина стало заметно дальше, поэтому несколько самолетов с дизелями пришлось доработать.
Для обеспечения продолжительности полета в 15 ч на них установили дополнительные масляные баки емкостью по 400 л. По мере выработки борттехник подкачивал дополнительное масло в рабочие баки. Было это придумано, конечно, не от хорошей жизни, а в связи с тем, что расход масла на дизелях оказался значительным, и попытки его уменьшить результатов не дали.
Боевые вылеты ТБ-7 происходили не только ночью. Так, осенью 1941 г., когда вражеские танки вышли к Калуге, и возникла прямая угроза Москве, два ТБ-7, ведомые Водопьяновым, бомбили немцев в окрестностях города. Бомбовозы из этого ближнего рейда вернулись изрядно потрепанными наземным огнем. Решено было подобные эксперименты, по возможности, не проводить, а использовать тяжелые бомбардировщики для дальних целей, преимущественно ночью.
В ночь на 7 ноября 1941 г. одиночный ТБ-7 № 42025 под командованием Э.К. Пусэпа совершил налет на Данциг. Удар был нанесен по электростанции. При возвращении домой из-за небольшой навигационной ошибки самолет выскочил из облаков прямо над линией фронта и сразу попал под шквальный огонь с земли. Возникший в результате обстрела пожар 4-го двигателя ликвидировать имеющимися средствами не удалось, и командир приказал экипажу покинуть борт. Все благополучно приземлились на парашютах, а самолет с включенным автопилотом и с прибранными до минимальных оборотов двигателями самостоятельно приземлился в окрестностях г. Кашина Калининской области. Пожар двигателя прекратился еще в воздухе. Чуть позже этот ТБ-7 отремонтировали на месте, а затем перегнали на аэродром базирования полка.
Экипаж еще одного ТБ-7 (командир к-н Егоров) заблудился в начале 1942 г. Самолет № 4212 залетел в Кировскую область, где совершил вынужденную посадку. Хотя машина при этом была значительно повреждена, к весне ее удалось отремонтировать.