В то же время 595 бомбардировщиков (из них 324 «Ланкастера»), ведомых известным асом Бомбардировочного командования групп-кэптеном Дж. Г. Сирби (J.H. Searby), ударили по Пенемюнде. Самолеты сбросили около 2000 т бомб, но, поскольку объекты комплекса были рассредоточены на довольно большой площади, повреждения оказались гораздо меньшими, чем можно было ожидать. Более того, жертвами налета стали несколько сот узников концлагеря, используемых немцами в качестве рабочей силы. Да и потери Бомбардировочного командования оказались значительными — домой не вернулись 40 самолетов, в т. ч. 23 «Ланкастера». Основные потери понесли на обратном пути эскадрильи последней волны, так как к тому времени противник успел перенацелить ночные истребители. Тем не менее, британские аналитики посчитали, что благодаря налету программа создания баллистических ракет М-2 была задержана на 3 месяца.
Теперь, когда немецким промышленным центрам удалось нанести значительный ущерб, а численность сил Бомбардировочного командования возросла, британцы решили вспомнить о Берлине. 23 и 31 августа 1943 г. были организованы два массированных налета на столицу нацистской Германии. Потери бомбардировщиков были очень высокими, особенно среди эскадрилий, вооруженных «Стирлингами» и «Галифаксами». Поэтому в следующий рейд 3 сентября отправились лишь «Ланкастеры», но и этот налет стоил 20 бомбардировщиков. Тем не менее, маршал Артур Гаррис продолжал упорствовать. 3 ноября в докладной записке Черчиллю он отмечал: «Мы можем разрушить Берлин до основания, если американцы нам помогут. Это обойдется нам в 400–500 самолетов. Но Германии это будет стоить проигранной войны».
Американское руководство не поддержало энтузиазма Гарриса, и Бомбардировочному командованию пришлось продолжить налеты на Берлин собственными силами. С октября 1943 по март 1944 гг. было выполнено 16 таких налетов. Потери оказались такими, как и предсказывал Гаррис — 492 бомбардировщика. А вот нанесенный ущерб оказался далеким от ожидаемого.
В рейдах на Берлин и другие объекты на территории Германии в конце 1943- начале 1944 гг. «Ланкастер» завоевал реноме лучшего британского бомбардировщика и начал постепенно вытеснять из авиачастей самолеты других типов. Забегая вперед, отметим, что к апрелю 1945 г. «Ланкастерами» были вооружены 56 эскадрилий. На этот тип полностью перевооружили 1-ю, 3-ю и 5-ю группы Бомбардировочного командования. 8-я группа «следопытов», наряду с «Ланкастерами», эксплуатировала легкие «Москито». Лишь 4-я группа летала на «Галифаксах», а 6-я (канадская) имела смешанный состав — 7 эскадрилий «Галифаксов» и 10 «Ланкастеров». Там, наряду с самолетами британского производства, служили и канадские «Ланкастеры» Мк. Х. Первой строевой частью, получившей такие машины в апреле 1944 г., стала 419-я эскадрилья.
Самолет 617-й эскадрильи во время учебного сброса бомбы «Апкип»
Весной 1944 г. взаимодействие Бомбардировочного командования и американской 8-й воздушной армии удалось- таки наладить. Плодом сотрудничества стала серия комбинированных налетов под названием Big weeks. Так, в ночь с 22 на 23 марта 1944 г. британцы отправили 800 самолетов на Франкфурт. 31 марта 795 машин атаковали Нюрнберг. Но к тому времени германская ПВО достигла вершины своего могущества. Ночные истребители получили аппаратуру, засекавшую излучение радаров «Моника» и H2S, а в состав их вооружения вошли установки Schrage Musik — пушки, стрелявшие наклонно вверх. Это позволяло атаковать «Ланкастеры» со стороны незащищенного «брюха». Как следствие, над Нюрнбергом британцы понесли самые высокие потери за все ночные налеты времен войны — 95 бомбардировщиков, в т. ч. 64 «Ланкастера». Тем не менее, было организовано еще несколько массированных рейдов. Так, в ночь с 24 на 25 апреля удару подвергся Мюнхен. Фактически эта операция стала последним массированным налетом на города в 1944 г. — союзники готовились к высадке в Нормандии, и перед Бомбардировочным командованием встали новые задачи.
Главными целями для «Ланкастеров» стали железные дороги, объекты береговой обороны, аэродромы и порты. 15 апреля 1944 г. был введен в действие т. н. «Транспортный план», предусматривавший нанесение сокрушительных ударов по объектам железнодорожной инфраструктуры. К 3 июня британские бомбардировщики выполнили в рамках этого плана 8800 вылетов, сбросив 42000 т бомб. В итоге железнодорожная сеть северо-запада Франции была парализована, что существенно ограничило возможности германского командования по переброске подкреплений в Нормандию.