Наиболее грязными на вертолетах оказались воздухозаборники двигателей, маслофильтры и места с масляными пятнами. Среди тех, кто занимался дезактивацией вертолетов с помощью специальных жидкостей, был инженер-теплофизик А. Алексеев, который вспоминает, что, когда начали «промывку, все оказалось не так просто. Только потом, когда мы полезли на двигатели, то обнаружили, что мы к атомной войне были готовы не полностью, по крайней мере, по вертолетам. Если вертолет заходит в зону атомного взрыва и выходит из нее, то по инструкции его надо обмыть сверху, салон и пилотскую кабину. В военное время допускается 5 миллирентген, там было 150–180. После промывки по этой инструкции получалось 130–120. Все давал двигатель…»
Не обошлось в процессе ЛПК и без тяжелых летных происшествий. Так, 2 октября произошла авиакатастрофа прямо на глазах у собравшихся на митинг по случаю возведения «великой стены» на объекте «Укрытие». В 17.30, когда митинг подходил уже к концу, над реактором появились вертолеты, поливавшие его дезактивирующим раствором. И вдруг один Ми-8 зацепился хвостовым винтом за трос от 160-метрового подъемного крана. Винтокрылая машина упала всего в трех метрах от машинного зала. Погиб экипаж 112-го ОВП, в который входили: командир к-н В. Воробьев, летчик-штурман ст. л-т А. Юнгкинд и борттехник ст. л-т Л. Христич, а также ст. прапорщик Н. Ганжук из 51-го ОГВП, находившийся на борту по просьбе атомщиков (по другой версии, решивший «подскочить на попутке» на оперативный аэродром). Командир вертолета недавно вернулся из Афганистана, где выполнил 646 боевых вылетов с налетом 417 ч. Там его вертолет был сбит, Воробьев получил тяжелые травмы и был единственным, выжившим в экипаже. Он смог вылечиться и добился восстановления на летной работе.
Долгое время об этом происшествии официальные власти предпочитали не вспоминать. Кинокадры, запечатлевшие катастрофу, исчезли из фильма о ЛПК, а попытки журналистов узнать фамилии членов экипажа наталкивались на «вежливый» отказ. Причин катастрофы называли несколько. Так, очевидцы говорили, что строители недовернули стрелу злополучного крана, о чем экипажу не сообщили. Почему вертолетчики не заметили опасное препятствие, мы уже не узнаем никогда. По воспоминаниям п-ка С.И. Володина, командир вертолета, летевшего перед Воробьевым, предупредил его: «Смотри — стрела». На что получил ответ: «Хорошо». Возможно, причиной катастрофы стала усталость экипажа, притупившееся чувство опасности. Некоторые очевидцы склоняются к мнению, что на трос вертолет бросил внезапный порыв ветра.
Различные источники говорят о еще одном потерянном вертолете. Так, в историческом формуляре работавшего на ЧАЭС ворошиловградского сводного отряда противопожарной службы значится: «4 сентября дежурный караул принял участие в спасении экипажа упавшего вертолета и тушении пожара. Никто из членов экипажа не пострадал». По воспоминаниям п-ка Д.К. Кушнарева, причиной этой аварии стала ошибка в пилотировании во время приземления. П-к С.И. Володин дополняет, что данный Ми-8 перевозил разбившегося на автомобиле майора, и в результате нового происшествия невезучий офицер пострадал еще больше. Он также отмечает, что при той интенсивности полетов, которая была во время ЛПК, потеря всего двух вертолетов говорит о высоком уровне обеспечения безопасности полетов.
Уже в 8.00 26 апреля представители Министерства обороны, МВД, других центральных ведомств Советского Союза на военно-транспортном самолете вылетели из Подмосковья в Борисполь. В тот же день началась переброска по воздуху передовых групп мобильных подразделений войск радиохимической и биологической защиты (РХБЗ). К следующему дню было перевезено 272 человека и 65 единиц техники. В последующие дни была создана специальная группа экипажей ВТА под руководством подп-ка Н. Разинова. На начальном этапе операции особо отличился экипаж к-на В. Губко, выполнившего 30 полетов в зону ЛПК.
В целом, в ходе ЛПК военно-транспортные самолеты выполнили около 15000 самолето-вылетов, перевезли 200000 человек и 25000 т грузов. В основном, использовался аэродром Борисполь, откуда грузы вертолетами и наземным транспортом доставлялись в район катастрофы. Например, Ил-76, Ан-12 и Ан-26 перебрасывали личный состав, включая так называемых «партизан» — военнослужащих, призванных из запаса. Эти самолеты также привозили в Борисполь оружейную дробь из Бийска (Алтайский край) и свинцовые слитки из Челябинска, когда их нужно было сбрасывать в реактор. Еще одной из важнейших задач являлась ежедневная доставка проб воздуха, грунта и т. д. из зоны катастрофы в Москву.