С 2001 г. авиабазу Манас используют страны НАТО, в том числе США, Испания и Франция. Через нее ежемесячно проходят около 15000 военнослужащих и 500 т грузов. В разное время здесь дислоцировались F-15E, F/A-18D, F-16, Mirage 2000. Начиная с 2009 г., власти Кыргызстана неоднократно заявляли о намерениях не продлевать срок аренды базы, через которую ведется снабжение воюющих в Афганистане западных войск. Однако в ходе различных переговоров американцы нашли убедительные аргументы в свою пользу, например, согласились поднять арендную плату почти в 3 раза (до 63 млн. USD в год) и модернизировать аэродром. В результате он продолжает действовать до сих пор, но уже в качестве Центра транзитных перевозок в международном аэропорту Манас, срок его аренды в очередной раз продлен, а если расформирование базы и состоится, то не раньше 2014 г.
На территории Таджикистана во времена СССР дислоцировался 23-й ОАП Погранвойск (Душанбе и Хорог, Ми-8, Ми-24, Ми-26 и Ан-26), а в Гиссаре (аэродром Айни) располагался АРЗ, ремонтировавший L-29, L-39, Ми-8 и Ми-24. После распада Союза Таджикистану практически ничего не досталось из военных летательных аппаратов, т.к. 23-й полк остался в российском подчинении и стал обеспечивать находившуюся в стране группу Погранвойск РФ (позднее ФПС РФ). Кроме того, на территории Таджикистана находилась российская 201-я мотострелковая дивизия, которой была придана 303-я ОВЭ, включавшая 12 Ми-8 и Ми-24.
Тем временем в стране усиливалось вооруженное противостояние правительственных войск и формирований оппозиции. Не располагая собственной авиацией, правительству пришлось обращаться за помощью к соседнему Узбекистану. В начале 1993 г. резко обострилась обстановка и на таджикско-афганской границе. После того, как 13 июля в ходе неравного боя погибли 25 российских пограничников, на территорию Узбекистана (аэродром Какайды) перебросили российский 186-й ШАП, штурмовики которого совместно с вертолетами пограничной авиации уничтожили основные силы боевиков. Со временем «Грачей» перебазировали в Душанбе, где организовали 670-ю авиагруппу ВВС РФ (5 Су-25). В 1995 г. на аэродроме Московский сформировали вертолетную эскадрилью ФПС РФ. В 1997- 99 гг. в Таджикистане находились и российские миротворцы, в распоряжении которых были 19 вертолетов, 7 Су-27, 1 Ан-30 и 1 Ан-26.
Параллельно при содействии России Таджикистан создавал собственные ВВС. На начало 1994 г. они располагали десятью Ми-8 и пятью Ми-24. В последующие три года от огня боевиков таджики потеряли Ми-8 и Ми-24. Была сбита и российская «восьмерка».
После относительной стабилизации обстановки и подписания мирного соглашения с оппозицией Россия стала сокращать свое военное присутствие в Таджикистане. Так, в 1998 г. сократили эскадрилью в Московском, а в ноябре 2005 г. 23-й авиаполк перебазировали в Новосибирск.
В 2006-07 гг. Россия безвозмездно передала Таджикистану 2 Ми-24, 4 Ми-8 и 4 L-39. В дальнейшем были поставлены еще 6-7 Ми-8. В настоящее время эксплуатация самолетов прекращена, а сами L-39 поставлены на хранение в нелетном состоянии. Парк авиатехники объединенных ВВС и ПВО Таджикистана на начало 2012 г. приведен в таблице. В подразделениях этого вида Вооруженных сил проходят службу около 1000 человек. Подготовка летного состава осуществляется, в основном, в России .
Силовая структура | ЛА | Аэродром | |
тип | кол-во | ||
ВВС и ПВО | Ми-24 | 4 | Душанбе, Худжанд |
Ми-8 | 12 | ||
МВД | Ми-24 | 2-5 | |
Ми-8 | 2 | ||
Погранвойска | Ми-24 | 2 | |
Ми-8 | 2 | ||
Нацгвардия | Ми-8 | 2-3 |
Один Ми-8 Национальной гвардии разбился в 2010 г. во время проведения операции по зачистке группы боевиков. В феврале 2012 г. в Афганистане таджикские ВВС и ПВО потеряли Ми-8, входивший в состав международных сил содействия безопасности.