Как правило, «Ягуары» патрулировали над Боснией на высоте до 3000 м двумя парами: одна ударная, вторая – разведывательная. Вылет продолжался несколько часов, для чего приходилось дозаправляться над Адриатикой. Ударные самолеты брали под фюзеляж пару 1000-фунтовок. Применили они их только дважды. 22 сентября 1994 г. пара из 41-й эскадрильи отбомбилась по сербскому танку Т-55 в запретной 20-км зоне, установленной ООН вокруг Сараево. Результаты остались неизвестными. 21 ноября 1994 г. пара из 54-й АЭ приняла участие в операции против сербской авиабазы Удбина, сбросив бомбы на ВПП и «рулежки».
Ближе к завершению операции на ТВД появились 2 «Ягуара» GR. 1 В, предназначенные для лазерной подсветки наземных целей при помощи системы TIALD. Такие же самолеты приняли участие в операции НАТО Deliberate Force, проводимой против объектов боснийских сербов с 30 августа по 15 сентября 1995 г. Они обеспечивали вылеты «Харриеров» из 3-й АЭ, которые сбросили 48 КАБ Paveway II на 19 целей. На этом боевая работа британских «Ягуаров» завершилась.
Что касается французов, то их разведчики и ударные машины действовали с итальянских авиабаз Истрана и Ривольто. В целом оснащение и применение «Ягуаров» мало отличалось от иракских кампаний. Французы по-прежнему делали упор на управляемое оружие. На сей раз ракетами AS-30L было поражено 97% атакованных целей. Применялись также различные КАБ. Для их наведения использовали станции целеуказания ATLIS и Elias, установленные на самих носителях, а также на других самолетах. Например, можно отметить налет на авиабазу Удбина, в ходе которого пара машин, действуя в первой волне, отработала по ВПП и «рулежкам» четырьмя корректируемыми бомбами GBU-12.
«Лебединой песней» французских «Ягуаров» стало участие в операции Allied Force – воздушной кампании НАТО против Югославии, проводимой в марте-июне 1999 г. Тогда 6 машин из эскадрилий ЕС. 1/7, 2/7 и 3/7 совершили 341 боевой вылет, сбросив 108 корректируемых бомб: 12 BGL-1000 и 96 GBU-12B Paveway II. В ходе этой кампании в биографию «Ягуара» была вписана и одна из наиболее мрачных страниц. 14 апреля французские самолеты приняли участие в разгроме двух колонн албанских беженцев, принятых за сербские военные конвои.
Что касается боевой работы индийских машин, то она ограничилась разведывательными полетами в ходе миротворческой миссии в Шри-Ланке в 1987-90 годах, а также действиями против позиций пакистанцев и кашмирских боевиков во время Каргильской войны в мае-июне 1999 г. Тогда применялись НАР и обычные бомбы. КАБ использовались один раз, и результат не удовлетворил индийское командование.
«Ягуар» не имел бронезащиты, получал упреки в уязвимости силовой установки, и поначалу различные теоретики весьма скептично оценивали его выживаемость в боевых условиях. Однако действительность развеяла столь предубежденное отношение. Боевые потери «Ягуаров» составили всего 3 французские машины (см. таблицу). Все они были понесены при действиях с малых высот и от огня войсковой ПВО, хотя создатели самолета считали его главным противником истребители и мощные ЗРК. Столь низкие потери объясняются, прежде всего, грамотной тактикой применения самолета, высокой выучкой летчиков, эффективностью БКО, живучестью конструкции планера, которой досталась львиная доля боевых повреждений, ихорошей маневренностью, позволявшей быстро выходить из-под огня противника.
В ходе боевых действий куда больше «Ягуаров» было потеряно в летных происшествиях: 4 французских (3 в Чаде, 1 в Руанде) и 2 британских (по одному на Среднем Востоке и на Балканах). Погибли 3 летчика. В двух случаях причинами стали отказы двигателей, в остальных – ошибки пилотирования.