В том же 1457 году усилилось противостояние Фридриха с младшим братом Альбрехтом VI, претендовавшим на часть габсбургского наследства. В 1461 году Фридрих был осажден собственным братом в Вене, и лишь после смерти того в 1463 году он стал единственным правителем Австрии.
Постоянные конфликты с родственниками и набеги венгров заставили Фридриха переезжать из города в город, избегая австрийской столицы. Его двор располагался то в Граце, то в Линце, то в каком-нибудь замке или монастыре.
А вот в Чехии после смерти Ладислава удержать позиции Габсбургской монархии Фридриху не удалось. Королем Чехии в 1458 году стал Йиржи из Подебрад, и Фридрих был вынужден это признать после неудачной для Австрии войны.
Венгерскую же корону Фридриху пришлось продать Матьяшу Хуньяди за 80 000 золотых форинтов, но при этом он оставался номинальным королем Венгрии до 17 июля 1463 года. Потом Матьяш Хуньяди взошел на престол и вскоре развернул военные действия, которым Фридрих, испытывавший хроническую нехватку денег, не мог оказать действенного сопротивления. Австрия была разорена, и в 1485 году армия Матьяша Хуньяди, которого прозвали Корвин (Ворон), так как именно эта птица была изображена на его гербе, триумфально вошла в Вену. Кроме того, венгерские войска оккупировали Нижнюю Австрию и часть Верхней Австрии, а также восточные регионы Штирии, Каринтии и Крайны.
Завладев Веной, Матьяш Корвин сделал город своей новой резиденцией.
Лишь смерть короля Матьяша (страдавшего от подагры) в апреле 1490 года позволила освободить австрийские земли, что и было осуществлено уже сыном Фридриха Максимилианом, совместно с которым он правил последние десять лет своей жизни.
Что касается Вены, то следует отметить, что в XV веке значение этого города как центра Габсбургской империи, несмотря на экономические кризисы и войны, постоянно возрастало. Кроме того, в 1438–1439 годах Вена была возведена в ранг резиденции Священной Римской империи, а в 1469 году Фридрих добился от Папы Павла II (в миру – Пьетро Барбо) учреждения в Вене епископства (до 1469 года Австрия духовно подчинялась епископу Пассау).
В период правления Фридриха, который был императором Священной Римской империи под именем Фридриха III, австрийские земли пострадали из-за регулярных междоусобных конфликтов в доме Габсбургов, восстаний сословий и войн с венграми. Фридрих постоянно воевал то с одним вассалом, то с другим. А с 1469 года начались еще и набеги турок. Власть Фридриха сильно ослабела. Однако именно в этот период в результате династического брака в 1477 году между сыном Фридриха и Марией Бургундской к Австрии были присоединены обширные земли Бургундского герцогства, включавшие богатые Нидерланды и Люксембург, что стало первым шагом к созданию огромной многонациональной державы Габсбургов.
Супруг Марии Бургундской Максимилиан I Габсбург стал эрцгерцогом в 1493 году, а императором Священной Римской империи – с 4 февраля 1508 года.
Историк К. В. Рыжов пишет:
Он сумел освободить австрийские земли и добился заключения в ноябре 1491 года Пресбургского (Пожонского) договора, предусматривавшего право Габсбургов на наследство Венгерского престола.
Можно смело утверждать, что успехи в конце правления нерешительного Фридриха были достигнуты только благодаря энергичным действиям его сына. Именно Максимилиан вернул Вену династии Габсбургов, резко подняв ее престиж.
В 1493 году Максимилиан стал эрцгерцогом не только Австрии, но и Штирии, Каринтии и Крайны. А еще в 1490 году тирольский герцог Сигизмунд уступил ему свои владения – Тироль и Переднюю Австрию. Таким образом, под властью Максимилиана оказались все земли Габсбургов, а вековой раздел Австрийской монархии подошел к концу.
В 1500 году после исчезновения Горицкой династии Максимилиан I присоединил к своим владениям Горицкое графство, включая земли в Восточном Тироле. Затем эрцгерцог вмешался в династическую борьбу в Баварии и добился передачи ему Куфштейна и Раттенберга. Этим было завершено сложение ядра Австрийской державы Нового времени.