Американский историк Энно Эдвард Крейе пишет:
Это произвело на Австрию ошеломляющее воздействие. Людвиг фон Кобенцль ушел в отставку, и пост министра иностранных дел был передан графу Иоганну Филиппу фон Штадиону, состоявшему до этого послом в Санкт-Петербурге. А послом Австрии в Париже был назначен Клеменс Венцель Лотар фон Меттерних, имя которого еще не раз появится на страницах этой книги. 2 августа он прибыл в Париж и встретил там весьма холодный прием. Оно и понятно: «Австрия теперь попала в то же незавидное состояние, в котором находились малые государства».
В это время Австрии ничего не оставалось, как быть нейтральной – частично из-за истощения средств, частично из-за отсутствия приемлемых решений в Вене. В австрийской столице шли споры: граф фон Штадион и его сторонники поддерживали идею продолжения войны, а эрцгерцог Карл считал, что надо сохранять полный нейтралитет. По сути, дебаты выражали противоречия между сторонниками ориентации на Францию и сторонниками ориентации на Россию. Штадион желал освободить Германию, а Карл, который тоже вовсе не был франкофилом, опасался усиления русского влияния на Балканах.
Когда начались бои Пятой антифранцузской коалиции 1809 года, эрцгерцог Карл, третий сын императора Леопольда II и Марии-Луизы Испанской, командовал австрийскими войсками. Еще в 1805 году по его настоянию гофкригсрат (придворный военный совет) был преобразован в военное министерство, и первым министром там стал сам Карл.
После этого император Франц II присвоил своему брату Карлу чин генералиссимуса и главнокомандующего австрийской армией. Таким образом, Карл получил полные административные и командные права над всей императорской армией и продолжил осуществлять свои реформы.
В январе 1806 года в отставку было отправлено не менее 25 старых генералов. Их заменили на более молодых и энергичных. Был реорганизован и практически создан новый гофкригсрат, который теперь был способен решать военные задачи быстрее предыдущего. Вся армия теперь имела фиксированную расстановку на мирное время. Была также усовершенствована рекрутская система. Карл не стал создавать новые войсковые подразделения, однако провел реорганизацию структуры пехотных полков: они должны были состоять из двух полевых батальонов, по шесть рот в каждом, и резервного батальона из четырех рот. Две лучшие гренадерские роты каждого пехотного полка в случае войны должны были быть объединены для создания гренадерских батальонов.
Плюс Карл приступил к реорганизации артиллерии. Он также развил идею территориальных резервов, основывавшуюся на концепции, основу которой должно было составлять народное ополчение. Такая система должна была носить оборонительный характер.
При эрцгерцоге Карле к 1809 году общая численность австрийских войск была доведена до 630 000 человек.
В мае 1809 года Наполеон сделал попытку переправиться через Дунай и остаться незамеченным противником. Но ему это не удалось. Эрцгерцог Карл атаковал переправляющихся солдат Наполеона под Асперном, и это сражение стало первой серьезной неудачей Наполеона на поле боя (не считая Египетского похода), однако фактически он не был разбит, и обе стороны вернулись на исходные позиции.
Военный историк Дэвид Чандлер пишет:
У Карла не было недостатка в решительности, но он не всегда умел заставить своих братьев, командовавших отдельными армиями, подчиняться своей воле. Но зато он доказал, что есть возможность одержать верх над непобедимым дотоле французским императором.