Речушка Фонтаноне перед фронтом армии Наполеона представляла собой большое препятствие для разворачивания австрийских войск, которые ничего заранее не подготовили для того, чтобы облегчить проход, и долго находились зажатыми в это узкое пространство, из которого они никак не могли выбраться. В конце концов им это удалось. Они захватили ферму Стортильяна, обошли левый фланг французов, и находившаяся здесь часть французской армии была приведена в большой беспорядок.
Французские войска, имея реальную угрозу с обоих флангов, начали оставлять Маренго и отступать, правда, медленно и в полном порядке. Было взято направление на Сан-Джулиано, причем движение осуществлялось параллельно большой дороге. Кровопролитное сражение сократило численность практически всех батальонов на четверть, и почти все французские орудия были повреждены: их осталось только пять, способных отстреливаться при отступлении.
Наполеон послал адъютантов за Дезэ и Лапуапом. Его послание к Дезэ было похоже на мольбу. К счастью, войска Дезэ, задержанные разлившейся рекой, не успели отойти слишком далеко, и адъютант Наполеона настиг их примерно в час дня. До Лапуапа же удалось добраться лишь к вечеру, и тот просто физически уже не мог принять участия в сражении.
В это время Наполеон ввел в бой резервы. Это ненадолго укрепило корпус Ланна и центр французской позиции. Однако, убедившись, что все возможности французов уже исчерпаны, австрийцы усилили натиск. Тогда в бой были брошены гренадеры консульской гвардии, то есть последнее, что оставалось у Наполеона. Гренадеры как «гранитный редут» встали под атаки австрийской пехоты и конницы, но решить участь сражения уже не могли.
В 15 часов после отчаянного сопротивления, французские войска стали отступать под прикрытием корпуса Ланна и консульской гвардии. Это героическое отступление запомнилось австрийцам. За три часа Ланн, отступая, прошел четыре километра. Неоднократно он останавливался и под картечным огнем бросал своих солдат в штыки. При этом 24 австрийских орудия палили по нему практически в упор. Ядра пробивали в плотных каре целые коридоры, куда стремительно бросались австрийские кавалеристы и гренадеры, но французские гвардейцы еще теснее сжимали свои ряды и отражали атаки.
Однако мужество и героизм французов не могли спасти положение. Им грозило полное поражение, и поле боя оставалось за австрийцами. Счастливый барон фон Мелас даже послал в Вену курьера с известием о своей грандиозной победе. Австрийский двор в полном составе пустился в пляс, и шампанское полилось рекой. Сам Мелас, получив легкое ранение, уехал на отдых в Алессандрию, поручив преследование французов своему начальнику штаба генералу Антону фон Цаху. Цах, построив войска в походную колонну, пошел следом за отступавшими по всему фронту войсками Наполеона.
Было около 16 часов. Фактически Наполеона ждало бы полное фиаско, если бы генерал Дезэ с дивизией Буде в последний момент не подоспел ему на выручку.
Историк Жан Тюлар пишет:
Дезэ, ставший дивизионным генералом в возрасте 25 лет, обогнал быстро шедшую на помощь погибающей армии дивизию Буде и явился к первому консулу. Он нашел состояние дел ужасным и высказал об этом свое мнение. Не слезая с лошадей, генералы провели импровизированный военный совет. После этого Дезэ вынул часы и хладнокровно сказал:
– …Первое сражение проиграно. Но еще есть время начать второе.
Затем он повернулся к начальнику артиллерии генералу Мармону и приказал:
– …Надо обрушить на противника мощный огонь артиллерии, а уже затем предпринимать атаку; без этого она обречена на провал. Нам необходим хороший артиллерийский огонь.
Мармон смог составить батарею лишь из 18 оставшихся у него орудий. Как и предполагал Дезэ, сильный и внезапный артиллерийский огонь сначала вызвал замешательство в рядах уверенных в своей победе австрийцев, а затем и остановил их.