В первые годы правления Фердинанда I в каждой из стран, объединенных под властью Габсбургов, сохранялись традиционные институты управления и их самостоятельность. Однако такая система управления, при которой король и главные органы власти инкорпорированных земель находились в разных местах, создавала большие неудобства, затрудняла решение неотложных вопросов как для каждой из стран в отдельности, так и для нового государственного объединения в целом. Начиная реформу Фердинанд I предложил чешским и венгерским сословиям перенести их важнейшие административные учреждения (Королевский совет Венгрии и Чешскую канцелярию) в Вену и создать при нем постоянно действующие институты для управления этими землями. На практике это привело бы к постепенному отрыву новых органов власти от сословий, сословных органов власти, превращению их в бюрократический аппарат, исполняющий волю монарха.
Вполне понятно, что эта инициатива Фердинанда I не нашла отклика у сословий и фактически провалилась. Так, члены Венгерского совета (после воцарения на венгерском престоле Габсбургов именно такое название получил Королевский совет), воспитанные в духе старой феодальной независимости и не привыкшие быть все время «на службе», а, кроме того, занятые войной с Османской империей, отказались постоянно присутствовать в Вене и превратить Венгерский совет в постоянно действующий орган при короле‘'I По мнению Д. Эмбера, венгерские советники понимали, что в Венфии, опираясь на Государственные собрания и имея поддержку дворянства, они смогут добиться большего, чем в Вене. Венгерские сословия видели в Венгерском совете своего представителя перед королем. Не соглашаясь принять его предложение, советники ссылались на то, что они якобы являются не официальными, а частными лицами, поэтому не имеют права высказывать свое мнение королю без согласования с Государственным собранием. Венгерский совет отказывался вступать в более тесные отношения с королем в ущерб своей связи с Государственным собраниемВ таком виде Венгерский совет не был полезен королю; в результате Габсбурги предпочли обходиться без его помощи. Подобная ситуация сложилась и в Чешском королевстве с Чешской канцелярией. Таким образом, сами сословия способствовали падению роли сословных органов власти в новых государственных структурах. В итоге, стороны достигли компромисса: общие, так называемые смешанные дела габсбургской монархии (связанные с войной и финансами) могли решать Придворное казначейство и Придворный военный совет, т. е. австрийские учреждения. В Вене расположились постоянно действующие венгерские и чешские органы власти — Венгерская канцелярия (до 1526 г. она называлась Королевская) и Чешская канцелярия (можно сказать, что это был филиал основной Чешской канцелярии, местоположением которой продолжала оставаться Прага). Кроме того, при дворе находились венгерские и чешские советники. Однако влияние названных выше учреждений и советников было невелико. Габсбурги предпочитали пользоваться услугами австрийских секретарей Венской канцелярии по венгерским и чешским делам.
Целью Габсбургов было не только создать центральные органы власти для нового государственного объединения, но и уменьшить роль сословий и их учреждений в управлении. Постепенно новые органы все больше распространяли свое влияние на сословные учреждения Австрии, Венгрии и Чехии. Однако степень этого влияния являлась для всех земель различной.
Центральные органы габсбургской монархии, а «по совместительству» и эрцгерцогства Австрии, больше всего вмешивались в дела австрийских провинций, в первую очередь, Нижней и Верхней Австрии, где Фердинанд I значительно ограничил власть сословий. Назначаемые эрцгерцогом главы провинций — Landeshauptmann (в Нижней Австрии — Landmarschall) — выполняли административные и судебные функции, и держали под своим контролем сословияПри этом в Нижней Австрии влияние центральных органов власти было больше, чем в других провинциях эрцгерцогства
Фердинанд I учредил в Нижней Австрии должность наместника, который в качестве чиновника государя, управлял владениями казны и доходами короны. С иси политические стремления сословия эрцгерцогства реализовали с помощью ландтагов; а в периоды между работой ландтагов их функции выполнял выборный сословный комитет. Поскольку в руках сословий находилось исполнение распоряжений эрцгерцога, то они, обладая определенной исполнительной властью, могли реально ограничивать власть центральных органов.