Леди Гамильтон ежедневно проводила в обществе королевы по два-три часа, либо во дворце, либо катаясь в карете по улицам Неаполя, вечером — в оперном театре «Сан-Карло», славившемся высочайшим мастерством вокала выступавших там певцов. Королева не скрывала своей привязанности к жене посла: «Уже долгое время я живу подле нее, и наша близость длится более двух лет». Все это давало повод неаполитанским обывателям судачить о лесбийской любви между «Немкой» (такую кличку дали Марии-Каролине) и «Англичанкой». В своей книге Джованни Ла Чечилия вкладывает в уста королевы опасное признание: «Я делила с леди Гамильтон стол, купание и ложе». Трудно сказать, насколько верны эти слова. Однако доподлинно известно, что Мария-Каролина передавала Эмме секретные депеши, содержавшие частную информацию о политических интригах Франции с европейскими державами, причем делала это прежде, чем документы попадали в руки Фердинанда IV, которому были адресованы. Леди Эмма в своих письмах родственнику мужа Чарльзу-Фрэнсису Гревиллу, вице-гофмейстеру короля Георга III и члену Тайного совета, пела королеве самые настоящие дифирамбы:
«Если бы вы могли знать ее так, как я, как бы вы обожали ее! Ибо она — первейшая женщина в мире. Ее таланты превосходят дарования любой женщины в сем мире; и сердце ее суть самое превосходное, доброе и прямое. Вы скажете, сие мнение есть от того, что мы такие подруги, и я сужу предвзято; но спросите любого, кто знает ее. Она любит Англию и предана нашему министерству, желая продолжения войны как единственного средства покончить с этим ужасным французским консулом».
Положение фаворитки королевы открывало леди Гамильтон доступ к важной информации, значимость которой она прекрасно осознавала, как видно из торопливого письма все тому же Гревиллу от 21 сентября 1796 года:
«У нас нет времени писать вам, ибо мы уже три дня и три ночи готовим для отсылки с сим курьером важные письма для нашего правительства. Оно должно быть благодарно сэру Уильяму и в особенности мне, поскольку мое положение при дворе совершенно исключительное, какового не удавалось еще достичь ни одной особе. Но благодарности не дождешься…»
Известно, что впоследствии именно благодаря леди Гамильтон королевская семья под натиском наступления французских войск в декабре 1798 года смогла бежать в Палермо на Сицилию, откуда монаршая чета вернулась только спустя три года. Французский посол Алкье писал:
«Власть целиком и полностью перешла в руки королевы. Государственные секретари отчитывались только ей. Король получал сведения о событиях во время получасовой аудиенции, каковую королева условилась проводить с ним по понедельникам, и ради этого ей пришлось искать его по загородным домам, в которых он жил».
Но в январе 1806 года войска Наполеона вступили в Неаполитанское королевство, и королевской чете вновь пришлось бежать на Сицилию. Потеряв Неаполитанское королевство и не найдя поддержки в Европе, Мария-Каролина рассорилась со всем светом, включая своего зятя, императора Франца II. Тот, к ее негодованию, проиграл все сражения и отдал дочь Марию-Луизу ненавистному корсиканскому чудовищу в качестве «постыдной наложницы для негодяя, покрывшего себя всеми преступлениями, на которые способен человек». Далее дела королевы пошли хуже некуда. Мало того, что Наполеон сделал королем Неаполитанским сначала своего брата Жозефа, а потом — свояка, маршала Мюрата, так англичане еще и потребовали удаления Марии-Каролины с Сицилии, ибо подозревали ее в тайных сношениях с Наполеоном через внучку Марию-Луизу.