И Конрад, и Франц Фердинанд усердно заботились о перевооружении и боевой подготовке армии и флота. Последний являлся предметом особых забот наследника, который в 1902 г. был произведен императором в адмиралы. Во многом его стараниями на развитие флота выделялись дополнительные средства, на которые строились новые боевые корабли; один из них получил в 1909 г. имя «Эрцгерцог Франц Фердинанд». Два года спустя наследник участвовал в церемонии спуска на воду крупнейшего военного корабля в истории Австро-Венгрии — дредноута водоизмещением свыше 20 тысяч тонн. К началу Первой мировой войны под императорским флагом на Адриатике, в портах Пула и Котор, находились уже четыре дредноута («Святой Стефан», «Вирибус унитис», «Тегетхофф» и «Принц Евгений»), 8 линейных кораблей, 7 тяжелых крейсеров, 55 торпедных катеров и 6 подводных лодок. Конечно, этот флот не мог составить конкуренцию британскому или германскому, но его оказалось вполне достаточно для того, чтобы успешно противостоять главному сопернику Австро-Венгрии на море — Италии.
Эрцгерцог интересовался и внешней политикой, однако здесь у него было меньше простора для действий: Франц Иосиф считал дипломатию своей епархией и любил самостоятельно принимать важнейшие решения в этой области. Консервативное политическое мышление наследника престола отразилось и на его внешнеполитической концепции: Франц Фердинанд считал возможным и необходимым не только ставший традиционным союз с Германией, но и сближение с Россией, т. е. постепенный возврат к «союзу трех императоров». Неудивительно, что действия Эренталя, спровоцировавшего боснийский кризис, вызвали резкую критику со стороны эрцгерцога: «К чему нам эти дешевые лавры, если из-за этого может возникнуть европейский конфликт, а затем, быть может, война на два или три фронта, которую мы вести не в состоянии?» Наследник и в дальнейшем настаивал на необходимости мира для сохранения монархии и проведения назревших внутриполитических реформ.
С Вильгельмом II, чья империя оставалась главным союзником Австро-Венгрии, Франц Фердинанд поддерживал ровные приятельские отношения. Они были на «ты», хотя в переписке эрцгерцог обращался к императору «Ваше Величество». Вполне вероятно, что Вильгельм «купил» расположение Франца Фердинанда своим почтительным и благожелательным отношением к его жене, с которой многие Габсбурги вели себя демонстративно холодно. После этого эрцгерцог изменил свой взгляд на германского императора, о котором в молодости не раз отзывался довольно критически. В то же время политические воззрения Гогенцоллерна и Габсбурга далеко не совпадали. Если Вильгельм II был ярым противником всего славянского и именно в славянах видел главную угрозу целостности дунайской монархии и интересам Германии, то Франц Фердинанд, как уже говорилось, опасался прежде всего венгров. Особенно неприязненным было отношение эрцгерцога к венгерскому премьер-министру И. Тисе, которого он считал воплощением надменности, национализма и сепаратистских устремлений мадьярской аристократии. Стань наследник императором и королем, эта разница во взглядах союзников могла бы оказать большое влияние на ход европейской истории...