В последнее время эти идеи были вновь поставлены под сомнение, однако привычные возражения приобрели новое звучание. Кое–кто прилагает все усилия в поисках альтернативных представлений о раннем христианстве и доказательств, что некоторые писания были исключены из Основного канона с целью подавления живого проявлений свободы, характеризующей раннее христианство. В этом особенно преуспели как некоторые протестанты, недовольные столь очевидно «католической» позицией ранней церкви, так и поздние модернисты с их стремлением к религии самопостижения вместо искупления. Подобные точки зрения получают широкое распространение благодаря тому, что вполне соответствуют общему настрою, царящему в западной культуре периода позднего модернизма, в частности в Соединенных Штатах. Считается, что традиционное христианство оказывает пагубное влияние на отдельных людей и на общество в целом, а его деспотичная природа, всегда служившая интересам поработителей, прослеживается уже в самом создании современного библейского канона и возвышенному отношению к нему.(Следует отметить, что эти взгляды популярны как в научных кругах, так и среди широкой общественности. Ведь огромный интерес к фантастическому роману «Код Да Винчи» объясняется теми же причинами, что и ликование ученых по поводу открытия коптских или сирийских источников, якобы проливающих свет на истинные). Иногда можно даже услышать, что сам процесс канонизации свидетельствует о желании церкви присвоить себе верховную власть. Подобные предположения исходят чаще всего от консервативных католиков, утверждающих превосходство церкви над Библией, а иногда и от скептически настроенных постмодернистов, заявляющих, будто сам канон, а значит и включенные в него книги — не что иное, как орудие в борьбе за власть в церкви и за общественное признание. Столь очевидную ошибку мог бы совершить солдат, который, получив по почте приказ к выступлению, принял почтальона за своего командира. Те, кому поручено передать послание, недостойны занять место его автора.
Подобные предположения несерьезны с исторической точки зрения, несмотря на горячую поддержку, которую они встречают в определенных кругах. Помимо всего прочего, они лишают христианство его живой связи с иудейской традицией. Процесс канонизации Писания как иудейского, так и христианского, без сомнения, осложнялся несовершенством человеческих мотивов, однако то же можно сказать и о создании самого Писания. Но канонизация не заключалась в простом предпочтении одних книг перед другими. Предназначение этого процесса заключалось в том, чтобы поведать людям главную историю, создать повествовательный контекст, привносящий смысл и порядок в Божий мир и в жизнь Божьего народа. Большое значение в ранней истории церкви, сохранившей приверженность Библии, имеет тот факт, что христиане, сожженные заживо, брошенные львам и претерпевшие всевозможные другие гонения, пытки и мучения, как правило, читали Матфея, Марка, Луку, Иоанна, Павла и им подобных. Духовность читателей «Фомы» не вызывала обеспокоенности у Римских властей. Причины этого были непосредственно связаны с тем, что эти собрания идей не носят повествовательного характера и даже не пытаются вписать свои идее во всеобъемлющий контекст истории Израиля. В последнее время можно часто услышать мнение о том, что, в отличие от апокрифов, канонические книги были написаны с целью добиться признания в общественном и культурном окружении. Ириней увидел бы в подобных заявлениях мрачную иронию. Он сам вернулся в Лион в качестве епископа после того, как его предшественник вместе с другими христианами принял мученическую смерть в 177 году. Ириней всю жизнь оставался непримиримым противником богословских учений, содержащихся в «Евангелии от Фомы» и других апокрифах, и посвятил свою жизнь толкованию и проповеди Писания. Его труды красноречиво свидетельствуют о том, что именно канонические писания поддерживали раннюю церковь в ее неустанном служении и ее необъяснимой для наблюдавших за ней язычников приверженности совершенной святости.