В особенности подвергался он насмешкам за то, что его не было в Кронштадте в 1906 году, когда там были крупные революционные беспорядки с участием матросов военного флота. В своём некрологе об отце Иоанне Кронштадтском некто Б.Г., защищая отъезд отца Иоанна из Кронштадта в эти тревожные дни, пишет, что если бы отец Иоанн во время беспорядков погиб, хотя бы от шальной пули, то «за кровь отца Иоанна настоящая, подлинная чернь ответила бы таким потоком крови интеллигенции, что, быть может, именно эти соображения и побудили его «временно удалиться из родного города».
Нападки не остановили обличений отца Иоанна, направленных против революционных течений, напротив, они сделались более резкими. Так, в одном своём слове в 1907 году он говорил:
«Царство русское колеблется, шатается, близко к падению… Если в России так пойдут дела и безбожники и анархисты не будут подвержены праведной каре закона и если Россия не очистится от множества плевел, то она опустеет, как древние царства и города, стёртые правосудием Божиим с лица земли за своё безбожие и за свои беззакония». Обвинял он в том и правительство, потворствовавшее беспорядкам: «Безнаказанность в России в моде, ею щеголяют. А оттого непрестанные у нас аварии с морскими и даже императорскими судами. Везде измена, везде угрозы жизни и государственному имуществу. Так и впредь будет при слабом управлении. Бедное Отечество, когда-то ты будешь благоденствовать?»
В дневнике отца Иоанна есть такая запись: «Был я в селах и видел крестьянское житьё, – пишет он. – Какая бедность везде, какие рубища с бесчисленными заплатами! Какие измождённые лица от недостатка питания! Какие скорбные лица! Что это – наёмники, а не чада Божии?»
«О Господи! Спаси народ русский, Церковь Православную в России – погибают! Всюду разврат, всюду неверие, богохульство, безначалие! Господи, всё в Твоих руках, Ты – Вседержитель».
«Главная же ненависть и злоба, доходившие до оскорблений и даже физической расправы, – пишет отец Сергий Четвериков, – обрушилась на него в годы первой революции за то, что он открыто и резко выступил против революционного движения и разошёлся с русской передовой общественностью».
«Мир, говорит один глубокий мыслитель, не будет привлечён ко кресту, но он будет привлечён к распятию, – пишет протоиерей Александр Преображенский. – Картина страшного распинания, представленная в пламенных словах отца Иоанна, всегда будет сильна для воздействия на массы». Не учит ли нас, с другой стороны, почивший пастырь, что наша собственная богословская работа, наши успехи в постижении христианской истины более всего зависят от силы личного проникновения духом Христовым, от силы нашего стремления устраивать свою жизнь в свете вечности. Плох тот богослов, тот пастырь, тот проповедник, который, трактуя о Божественном мире, ни разу не воспарил собственным духом к этому миру, не почувствовал на собственном существе соприкосновения с благодатною силою христианства, с тайнами вечности. Высшая богословская школа не должна заниматься только теоретической разработкой богословских проблем, но должна являться центром, в котором сосредоточивалась бы и била живая мощная струя деятельной христианской жизни, местом, в которое направлялись бы и из которого в разные стороны расходились живительные течения истинно христианской жизнедеятельности. Христианская истина о человеке должна быть выявлена человеком в процессе его жизни, в конкретных делах».
«В сгущающейся тьме отступления всё ярче вырисовывается значение личности отца Иоанна, – напишет эмигрант архимандрит Константин (Зайцев) в 1961. – Его ни на кого не похожесть, его единственность на фоне всей истории христианства получает всё большее оправдание. Он замыкает историческую жизнь нашего Отечества, давая некий ослепительный итог нашего исторического бытия – у срыва в бездну отступления. Предельное напряжение зла предварено было предельным обнаружением Добра – как бы открывая последнюю возможность русскому народу опамятоваться и возвратиться на стези служения Богу, как то свойственно было Руси на всём протяжении её исторической жизни. И не случайно под этим углом зрения являет собою о. Иоанн разительный контраст между своим обликом, на мерку земную, и той насыщенностью благодатью Божией, которая в нём получила воплощение. В немощи была явлена сила – не имеющая подобия на всём протяжении вселенского христианства. И эта сила не малится, а растёт – выходя за пределы нашего исторического бытия и образуя некий центр, к которому естественно тянуться всему спасающемуся человечеству – а, прежде всего, русскому народу во спасение самих себя, а, может быть, мира, если таких спасающихся окажется достаточно для того, чтобы оправдать дальнейшее существование мира».