Закончив Великую Отечественную войну в Австрии и Чехословакии, Родион Малиновский был переведён на Дальний Восток, где в ходе советско-японской войны вступил в командование Забайкальским фронтом, который совершенно неожиданно для японского командования прорвался через пустыню Гоби в центральную часть Маньчжурии, довершив окружение и полный разгром японских войск. Малиновскому за эту операцию было присвоено звание Героя Советского Союза.
Маньчжурская операция – 9.08.1945 – 2.09.1945, против Квантунской армии Японии.
Замысел операции и стратегическая обстановка требовали стремительного наступления. Первоначально предусматривалось иметь в первом эшелоне фронта общевойсковые армии, а в глубине ввести в сражение 6-ю танковую, то есть так, как это делалось в большинстве операций на полях Великой Отечественной. Но Малиновский, с учетом конкретных условий обстановки, решил иметь на главном направлении в первом эшелоне танковую армию. Это обеспечивало нанесение более мощного первого удара и быстрое развитие наступления в глубину. Это стало особенно очевидным через несколько дней после начала наступления, когда дороги оказались настолько забитыми техникой, что горючее к действующим впереди танковым и механизированным бригадам пришлось доставлять самолетами. Таким образом, принятие им нестандартного, но отвечающего конкретной обстановке решения во многом предопределило успех операции.
Родион Яковлевич принял и ряд других мер. Были подготовлены и высланы усиленные передовые отряды, которые непрерывно поддерживались авиацией. Активные боевые действия осуществлялись непрерывно – днем и ночью. На важнейшие аэродромы в расположении противника были внезапно высажены воздушные десанты. От стрелковых, кавалерийских и танковых соединений первого эшелона потребовали блокировать и обходить наиболее сильные узлы сопротивления и без задержки продвигаться в глубину с тем, чтобы по частям разгромить подходящие резервы противника. Войска развивали наступление с темпом по 100–120 км в сутки.
Все это, а также тесное взаимодействие с 1-м и 2-м Дальневосточными фронтами обеспечило блестящий успех всей Маньчжурской операции. В Малиновском видели стратега, способного лучше других организовывать высокомобильные операции с большим пространственным размахом, и потому его называли "генерал Вперед".
В марте 1956 года Родион Малиновский был назначен первым заместителем министра обороны и главнокомандующим Сухопутными войсками, в том же году стал членом ЦК КПСС. В октябре 1957 года сменил Георгия Константиновича Жукова на посту министра обороны СССР.
26 октября 1957 года назначен министром обороны СССР и оставался на этой должности до своей смерти. На Октябрьском (1957 года) пленуме ЦК КПСС, где обсуждался вопрос о «бонапартизме» Жукова и его выводе из состава ЦК КПСС, выступил с критикой Жукова. Член ЦК КПСС (1956–1967).
Когда Жуков узнал, что снят Хрущёвым с поста министра обороны, то спросил: «А кого назначили?» – «Малиновского». – «Ну, это ещё ничего, а то я подумал – Фурцеву».
О Малиновском имеется известный анекдот: некий полковник написал в Министерство обороны жалобу на то, что зимой полковники имеют право носить папаху, а в летней форме одежды ничем от прочих старших офицеров не отличаются. Министр наложил ироничную резолюцию: Разрешить просителю носить папаху и летом.
Своим возвышением Малиновский во многом обязан Никите Сергеевичу Хрущеву, хорошие отношения с которым у него сложились еще в годы Великой Отечественной войны. Несмотря на это, Малиновский поддержал заговор против Хрущева в 1964 году, активно участвовал в его смещении с высших государственных постов.
На посту Министра обороны СССР Малиновский, с одной стороны, осуществлял политику наращивания военной мощи, приоритетного развития ракетно-ядерных сил стратегического сдерживания, с другой – выполняя директиву партийного руководства, провел массовое сокращение Вооружённых Сил. Внёс большой вклад в усиление боевой мощи СССР, в стратегическое перевооружение армии.
В 1966 году у маршала был диагностирован рак поджелудочной железы. Умирал он тяжело, со страшными болями, метастазы проникли уже в кости, однако в госпиталь маршал лёг только после парада 7 ноября 1966 года. Скончался 31 марта 1967 года в Москве. После кремации прах 3 апреля был захоронен у Кремлёвской стены на Красной площади в Москве.
«Как-то я заприметил, что маршалы Жуков и Малиновский повадились ловить рыбу с Рублёвской плотины. Интересно то, что они никогда не рыбачили там вместе. Жуков подъезжает – Малиновский сворачивает удочки. И наоборот. Видимо, крепко не любили друг друга.»
– из воспоминаний Михаила Смиртюкова, управляющего делами Совета министров СССР
В гражданской жизни он увлекался шахматами, составитель множества шахматных задач, печатался в шахматных журналах. Владел французским и испанским языком.
После возвращения из Хабаровска в Москву в 1956 году поселился с семьёй в доме № 3 по ул. Грановского (в квартире 95), где жил до конца своей жизни.