Два наркома-хозяйственника исходили из своих ведомственных интересов. Так же как и Орджоникидзе, Каганович протестовал против любых попыток тронуть кого-нибудь из работников своей отрасли. В публичных выступлениях Кагановича в тот период содержатся призывы избежать массовых преследований «вредителей». На основании изученных источников Риз пришел к выводу, что и Орджоникидзе, и Каганович на определенном этапе сумели установить неплохие отношения с НКВД. Не следует сбрасывать со счетов и то, что старший брат Кагановича, Михаил Моисеевич, был в то время одним из заместителей Орджоникидзе. Перед нами типичный ведомственный клубок, характеризующийся тесным переплетением аппаратных связей.
Тема сотрудничества бывших оппозиционеров с эмигрантом Л.Д. Троцким – весьма интересна и малоизучена. Сам факт сомнению не подлежит – он подтверждается документами Гарвардского архива Троцкого. В 1937 году, накануне пленума ЦК, намеченного на февраль, Орджоникидзе было поручено подготовить особый доклад, посвященный «вредительству». Он это сделал, и тема «вредительства» там была обозначена довольно слабо. В результате доклад подвергся серьезной правке со стороны Сталина. Вождь особо обращал внимание на политические моменты, требуя, чтобы нарком не замыкался на одних лишь хозяйственных вопросах.
Орджоникидзе с этим не смирился и предпринял нечто вроде контратаки. Он поручил своему наркомату в десятидневный срок осуществить проверку тех предприятий, на которых «вредительство» якобы приняло наиболее широкий размах. Им были назначены три комиссии, которые практически опровергли утверждения о «вредительстве». Есть мнение, что накануне пленума Орджоникидзе готовил выступление, направленное против «охоты на вредителей». Так это или нет, установить сегодня невозможно. Орджоникидзе не дожил до пленума. И до сих пор не совсем ясно, имело ли место самоубийство или же наркому помогли оставить грешную землю умельцы из ежовского ведомства.
18 февраля 1937 года, буквально накануне начала периода массового террора, 50-летний Серго Орджоникидзе скончался. Официальной причиной смерти был объявлен инфаркт. Урну с прахом «товарища Серго» со всеми государственными почестями похоронили в Кремлёвской стене. Уже через несколько дней, на Пленуме ЦК покойному будут пенять на недостаточную бдительность и чрезмерную лояльность к «контрреволюционным элементам». Тем не менее, «врагом народа» посмертно Орджоникидзе объявлять не стали.
А вот близких ему людей затянуло в маховик «большого террора»: были расстреляны старший брат и племянник, в тюрьме оказались вдова Орджоникидзе и ещё один его брат. Погибли многие соратники и сподвижники Серго Орджоникидзе, создававшие тяжёлую промышленность СССР. Среди расстрелянных был основатель и первый директор «Криворожстали» Яков Весник, отец звезды советского кино Евгения Весника.
Всё это наводило многих на мысли о том, что и смерть Серго Орджоникидзе была вызвана вовсе не инфарктом.
Впервые официально версию о самоубийстве озвучил Никита Хрущёв в знаменитом докладе на XX съезде партии: «Берия учинил также жестокую расправу над семьёй товарища Орджоникидзе. Почему? Потому что Орджоникидзе мешал Берии в осуществлении его коварных замыслов. Берия расчищал себе путь, избавляясь от всех людей, которые могли ему мешать. Орджоникидзе всегда был против Берии, о чём он говорил Сталину. Вместо того, чтобы разобраться и принять необходимые меры, Сталин допустил уничтожение брата Орджоникидзе, а самого Орджоникидзе довёл до такого состояния, что последний вынужден был застрелиться».
На XXII съезде Хрущёв вновь коснулся этой темы: «Вспомним Серго Орджоникидзе. Мне пришлось участвовать в похоронах Орджоникидзе. Я верил сказанному тогда, что он скоропостижно скончался, так как мы знали, что у него было больное сердце. Значительно позднее, уже после войны я совершенно случайно узнал, что он покончил жизнь самоубийством… Товарищ Орджоникидзе видел, что он не может дальше работать со Сталиным, хотя раньше был одним из ближайших его друзей. Орджоникидзе занимал высокий пост в партии. Его знал и ценил Ленин, но обстановка сложилась так, что Орджоникидзе не мог уже дальше нормально работать и, чтобы не сталкиваться со Сталиным, не разделять ответственности за его злоупотребления властью, решил покончить жизнь самоубийством».
В мемуарах, написанных после отставки, Хрущёв утверждал, что о самоубийстве Орджоникидзе ему рассказал Анастас Микоян.
Сам Микоян говорил другое. За несколько дней до смерти Орджоникидзе он разговаривал с ним и заметил, что тот очень взволнован: «Он очень взволнованный ходил. Он меня спрашивал: “Не понимаю, почему товарищ Сталин мне не доверяет. Я абсолютно верен товарищу Сталину и не хочу с ним драться, хочу поддержать его, а он мне не доверяет. Здесь большую роль играют интриги Берии. Берия из Тбилиси даёт товарищу Сталину неправильную информацию, а Сталин ему верит"». При этом никаких конкретных слов о самоубийстве «товарищ Серго» Микояну не говорил.