Выполняя указания Екатерины II, адмирал А. Н. Сенявин настойчиво занимается совершенствованием боевого мастерства азовцев, подыскивает новые удобные места для базирования кораблей, разрабатывает перспективы создания регулярного флота на Черном море, предпринимает меры по завершению строительства верфей в Таганроге и закладке на ней крупных военных кораблей.
В связи с тем, что многие корабли и фрегаты, построенные во время войны, утратили свою боеспособность, Сенявин предложил снять с них вооружение и переоборудовать их под торговые и почтовые суда с таким расчетом, чтобы при необходимости их можно было включить в состав военного флота. Предложения адмирала получили одобрение Адмиралтейской коллегии и императрицы.
Летом и осенью 1775 года А. Н. Сенявин побывал в низовьях Днепра. По его инициативе в Днепровском лимане, близ урочища Глубокая Пристань, у крепости Александр-шанс, в 1778 году началось строительство Херсона, на верфи которого уже в 1779 году был заложен первый 66-пушечный корабль «Слава Екатерины», спустя два года — «Святой Павел», а затем — «Мария Магдалина», «Александр», «Владимир» и другие.
Благодаря заботам адмирала, Сенявина вырос количественный и качественный состав Азовской флотилии. В период 1776–1779 годов она состояла из 8 фрегатов, 11 «новоизобретенных» кораблей, 6 ботов, 5 галиотов, 3 шхун, 9 транспортных и множества мелких судов. Разбитая на отряды флотилия охраняет Керченский пролив, побережье Крымского полуострова, Днепровский лиман, ведет съемочные работы, занимается перевозкой воинских частей и их имущества, доставкой строительных материалов.
В мае 1776 года, в связи с обострившимися старыми болезнями, А. Н. Сенявин вынужден был оставить флотилию, передав ее контр-адмиралу Ф. А. Клокачеву[81]
, который ко времени назначения командующим имел большой опыт боевой службы. В 1756–1776 годах он — командир пакетбота, затем фрегата, линейного корабля. Участвовал в Семилетней и русско-турецкой войнах. Командуя линейным кораблем «Европа», отличился в Чесменском сражении 1770 года. С 1772 года он командир эскадр Балтийского флота.Приняв флотилию, Ф. А. Клокачев горячо взялся за дело. При его непосредственном участии в 1776 году в Таганроге был учрежден Главный порт Азовского моря и Главная таможня с подчинением ей таможень Кагальницкой, Темерницкой и таможенной заставы при Петровской крепости в устье реки Берды.
В 1777 году, по настоятельной просьбе контр-адмирала, в Таганрог из Новопавловска были переведены канатный завод и парусная фабрика, что в значительной мере улучшило оснастку кораблей. 8 мая 1778 года Екатерина II подписала указ об устройстве в Таганроге адмиралтейства и корабельной верфи для постройки не только военных, но и частных коммерческих судов.
На эти цели было выделено 167 835 рублей. Под руководством Ф. А. Клокачева реконструкция эллинга на 6 стапелей была проведена в рекордно короткий срок.В конце семидесятых годов Таганрогская верфь представляла собой крупное по тому времени предприятие, насчитывающее более 800 мастеров и работных людей самых различных специальностей, в том числе свыше 200 плотников и более 100 мастеров мачтового, шлюпочного, весельного и конопатного дела. На ходе судостроительных работ сказывалось то, что значительную их часть (окончательная отделка судна, оснастка, вооружение) приходилось делать далеко на рейде. Это приводило к многочисленным затруднениям, излишним материальным затратам, к потере времени. «Построить — неважность, — говорит один из документов, находящихся в ЦГЛ ВМФ, — но важность переводить через мелководье, вооружать на открытом месте, верст 15 от Таганрога, все на транспортах и мелких судах, затруднительность и медлительность бесконечная и потери в материалах тьма…».
Со временем руководители верфи пришли к заключению, что строить корабли лучше всего серийно. На подобранных в серию кораблях примерно одинакового типа работы проводились с некоторым опережением. Выполнив задание на одном корабле, бригада тут же переходила на другой для выполнения аналогичной работы и т. д. При такой последовательности экономилось время, шла своеобразная специализация бригад, позволявшая повышать качество работ.